在朱由检的铁腕手段下，涌进京师的十余万难民很快得到安置。除了少数投靠亲友外，绝大多数难民被安置在外城通远门内临时搭建的帐篷内。因为现在是初秋季节，天气也不冷，所以还不用考虑御寒问题。
需要注意的只有三点，一是吃饭问题，二是防火，二是保持秩序。吃饭这一点，由户部开设粥厂，朱由检委派户部尚书王在晋专门负责，粮食先从户部仓库拨付，如不够就动用内库的战略储备。朱由检的要求是一定要管饱，因为难民、尤其是来自通州的难民，是朝廷的原因导致他们失去家园的，朝廷当然要负责到底。
防火和保持秩序方面，难民区实行严格的军管，由北城兵马司专门负责。不论男女老幼，是贫是富，在京师戒严期间都严禁随意走动，包括大小便都在固定地点解决，没事都得呆在自己的帐篷里。各帐篷之间也留出一定的安全距离，严禁互串。若是被巡逻的士兵逮住，第一次警告，第二次打板子，第三次就要投入大牢了。这些命令虽然不近人情，但非常局势之下须有非常之策，这么做最起码保证了这些难民不给京师添乱。
不光是难民，整个京师也实行严格的戒严。内外城的所有城门，都由五城兵马司和皇城警卫团设卡检查，夜间实行严厉的宵禁，像清楼、酒楼等专做夜间生意的，干脆强制歇业。凡是无故在街上乱逛者，都会被视作奸细，抓进锦衣卫北镇抚司严加审问。
朱由检还特别注意物价问题，尤其是粮价。他已命令五洲商社和陕西商帮，要按照戒严之前的价格正常售米，必要时动用战略储备平抑米价。
经过大半年的积累，战略储备库中已有近百万石存粮，按照一个成年人每天吃一斤粮食算，一石粮食够一个人吃四个月的，百万石存粮足可支撑全城军民吃三个月以上。而后金军围城超过三个月的可能性微乎其微，所以粮食方面朱由检并不担心。
至于可能出现的奸商哄抬米价，朱由检已经给锦衣卫下了一道密令：谁敢这么干，就随便编个理由把他抓进诏狱。其实按照他本来的想法，像敌军围城这种特殊情况，是完全可以实行“战时**”，所有资源统一调配的；但考虑到士绅阶层肯定会强烈抗拒，进而影响守城大计，朱由检只能采取这种“曲线救国”的方法，总之只要达到稳定粮价、稳定民心的目的就行了。
至于军事方面的安排，郝永忠的三千营原有二万五千人马，李定国和李来亨带走一万，在刚发生的战斗中又伤亡千人，现在只剩一万四千人了，朱由检让他们担任预备队，不但不承担守城任务，还转移到京师以西的山区之中。他们目前的任务就是保存自己，只要不被后金军围歼就行。
而解胜的五军营和神机营，合计三万步军，责无旁贷地承担起了守城重任。解胜把这三万人平均分成五支，每支六千人。一支做预备队，其余四支各守一面城墙。
扩建后的京师外城长达百里，单面城墙平均长二十五里，六千人驻防，平均每丈才有不到二名士卒，这显然是不够的。好在三大营整编时裁汰下来六万多人，这些人仍然保留军籍。前段时间他们负责修筑工事，现在则全部调入城中，担任诸如搬运弹药、抢救伤员、巡逻瞭望之类的辅助作战任务。一旦战事吃紧，主力军队伤亡过重时，也就不得不从这些官军中选拔士卒顶上去了。
趁着这个“机会”，朱由检又宣布了一项重要措施：在京师临时施行义务兵役制。具体做法是不分官民、户籍，只要是京师户口的，每户凡是被选到，必须出一年龄在十五岁以上，六十岁以下的男丁，加入新组建的“新军营”，服役一年。除非这一户没有符合条件的男丁，才能豁免兵役。
义务兵役制，也是朱由检对大明军事制度的一项重大改革。其实这种兵役制度古已有之，名为“征兵制”，是与募兵制相对的一种筹集兵源的制度。所谓“征兵”，就是强制符合条件的国民从事军职；而募兵顾名思义，就是花钱招兵，愿者参加。
这两种兵役制度各有优缺点。征兵制的优点是几乎全体国民都在应征范围之内，最起码兵源数量充足；而且成本较低，因为征兵是强制性的，只要让士兵能吃饱饭就行了。
征兵制的缺点亦很明显，一是兵源质量良莠不齐，战斗力难以保证；二是因为强迫入军，士卒的意志力和战斗精神普遍较差，基本上就是在混日子；三是战争频繁时，老百姓都知道当兵就意味着死亡，会出现大量的逃役情况，官府就不得不“拉壮丁”。
而募兵制截然相反，优点一是兵源质量高，因为参募者一般都是身强力壮、好勇斗狠的人；二是忠于领军将领，敢于死战，因为将领就是他们的“老板”，只要作战勇敢，就有大把的粮饷可拿。
至于缺点，一是兵源不足，尤其是当百姓生活水平较高时，本来自己日子过得不错，谁吃饱了撑的豁出命去当兵？二是募兵成本高，需要大量的真金白银，对财政是一个沉重的负担；三是所募之兵容易成为领兵将领的“私兵”。
在中国历史上，征兵制和募兵制都不乏先例，像战国、秦、西汉都属于征兵制，而东汉、唐代中后期、两宋时期，都属于募兵制。
而明代的“军户制”，非军户者不用服役，军户则世代服役，可以视为一种有限范围内的征兵制。但是现在军户制已名存实亡，各地的民团、乡勇实际上都是募兵，就连朱由检创建的秦兵也是募兵。至于传统的军户，因为生存不下去逃亡的占了一大半，剩下的战斗力也严重退化，而且可征之兵越来越少。在经历了萨尔沪之战、广宁之战等几次惨败后，明军消耗了大量兵力，兵源已经出现了枯竭的迹象。
在兵源枯竭、财政困难的情况下，朱由检知道自己只有一个选择，那就是普遍征兵，也就是义务兵役制。但这项制度改革，无疑是动摇了明朝户籍制度的根基，他也预料到旨意一下，必然会遭到激烈反对。
果不其然，就在第二天清晨，上百名官员齐聚天坛，联名上奏，请求皇帝撤销征兵决定！