刘棉花不情不愿地致仕后，凡是跟随刘棉花起家的众多官员，纷纷改换门庭，要知道一位内阁执政长达十八年首辅大佬，突然致仕，势必在官场兴起一股动荡，朝廷中大佬致仕本来也没什么，当得知是当今已借口赶走后，就变得很奇妙了。官场上吵闹声不断，都是围绕着刘吉起用的官员。可是要想跟刘吉撇清关系，还真的不太可能，光是刘吉主持的乡试不下十场会试就有八场，这些人不管是为官还是有没有跟刘吉进一步关系，都是刘吉的门生。为此吏部尚书王恕会同其余户部尚书李敏、礼部尚书耿裕、兵部尚书马文升、刑部尚书何乔新、工部尚书贾俊上疏部院大计，天下布、按二司及府州县等官。
就是官场大考核，这个大计可比京察的面还要广泛，明代对于文官考课主要方式则为考察,考察又称为大计,与监察制度有着紧密的联系,此制则为明代一独创制度。明代的文官考察制度主要分为在京文官的考察和地方文官的考察即外察，外察又分巡视考察和朝觐考察两种方式。除此之外，还有因事考察,主要是发生某些事情,如日食、星变、灾变等自然现象,君主因为这些事情的发生而下令考察全体或部分官员,明代的文官考察对官员有比较严格的一套规定:“凡内外官遇该考察,有央求势要嘱托者,即以不谨黜退”。如果某一官员在考察过程中遭到诬枉,几乎不可能得到纠正,因为他若自己上书为自己奏辩,就很可能被视为摭拾忘奏,将会受到处罚。
京官考察顾名思义是针对在京的文官的考察,包括南北两京的在京文官。明代的京官每六年进行一次考察,其中四品以上的官员采取上书自陈的方式,最后由皇帝来定夺。而五品以下的官员就必须要按照规定的程序进行考察。在四品官考满之后，皇帝准予其留职。拾遗主要是在品行等方面对其进行考核，拾遗进行的非常严格：“拾遗所攻击，无获免者”。考核结果或是称职之语，或是平常之语，或是为不称职之语，三年为一周期，九年通考黜陟。四品以上官员的任满黜陟，由皇帝直接决定。因此这些官员都非常注重自己的品行，以被拾遗到自己某一方面的品行为耻。明代的皇帝比较重视京官考察，也收到了一定的效果。
为此朝廷起用了刘大夏为右副都御史，一年的大计就这样进行中，共降斥一千四百人，杂职一千一百三十五人。请如例罢黜并调用。朱佑樘以人才难得，告谕道：两司郡守，年未六十，虽疾不妨视事，素行不谨在前任、见任不谨罢软，非本部确访，或只一处开列，并其余到官未二年，非老疾贪酷严重者，俱予留用。同月二十七日，吏部奉命复奏留外五十人。
弘治二年时任兵部职方司郎中刘大夏接到了父亲去世的消息，便火急火燎地赶回老家处理丧葬事宜。刘大夏守丧完毕，被提拔为广东右布政使，后被相继调任为广东左布政使、浙江左布政使。直到这一次的大计为右副都御史，章子俊入京述职途中，黄河出现了决口，在吏部尚书王恕的推荐下，刘大夏以右副都御史前去处理治水救灾事宜。
章子俊人还没到京，以都察院右副都御史职接任了刘大夏的大计，要继续清查各地官员。随即章子俊提出，考满制度规定京官九年通考黜陟，而京察十年一行，京察时不少京官或已改任它职，因此京官十年一考察具有不完善性。自有吏部郎中黄宝率先提出京察十年一次时间过长，上疏提议京官六年或九年进行一次考察。吏部复议南京吏部尚书林瀚等人，重提京察周期过长，地方官员三年入京一次进行朝觐考察。
内外武职官员也要五年接受一次考选，只有两京五品以下官员的考察十年才进行一次，间隔时间太久。朱佑樘对此也表示认同，但没有将六年一察以法令的形式规定下来，也并未严格遵守。五月，吏科给事中许天赐以灾变上奏，再次请求京官六年一次考察。
自从章子俊提出京官九年通考黜陟后，想不到吏部郎中黄宝、南京吏部尚书林瀚、吏科给事中许天赐等官员相继附议，看来官场上许多人在给章子俊烧冷灶了。或迫于朝中大臣的反复提议，六月，朱佑樘规定：“令两京吏部各会同都察院并各衙门堂上官从公考察，今后每六年一次，着为令。”六年一察着为令后，由于特殊情况有时并未严格遵守六年一察，或因新皇帝继位、或因发生天灾异变、或因当权者排除异己的需要，都会临时举行京察，称为闰察。就此各地又降斥官一千一百三十四人，杂职官一千二百二十一人。
可是章子俊犯了一个严重的错误，想不到二十年后这个闰察，成为权臣倾陷忠厚之深坑。如隆庆时期权臣高拱，借风霾以行闰察，万历时期权臣张居正借星变以行闰察，二人皆是借闰察排除异己。由于闰察被别有用心的操控，“自是京察之大典不见信于天下”。直到万历十三年（1585年），明神宗下旨规定，“京外官三六年正考之后不得妄请闰考”。此后终明一世京察除了具体举行的月份前后不一，年份皆按定制巳、亥年举行。
所以说凡事多有两面性，看似合情合理的事情，其实并不合理，考功司是吏部直接负责京察的部门，主要负责京察的具体工作，科道主要负责京察前一系列准备工作，及京察后的拾遗工作，对官员的考察结果最终“以听上裁”，由皇帝决定被察官员的去留。
南京官员的考察“俱该南京吏部、都察院会同考察，径自具题”，南京京官的考察不由北京部、院职掌，全权由南京部、院负责。
这里需要对内阁进行特别说明。从制度规定来看，阁臣并没有考察官员的职权，但在皇帝有意无意的特许之下，阁臣常常干预京察的过程和结果。
京察制度看似公平，实质有许多可以操作的空间，其一，在京察之前，阁臣认为主察官员对自身不利时，可私下题请他官主持京察。
其二，阁臣票拟四品以上京官的自陈疏，如首辅沈一贯曾言：“今日蒙发各官自陈本，令臣票拟。”其三，阁臣对考察结果不满时，可通过密揭的形式向皇帝暗进谗言，一定程度上可改变对官员的考察结果。其四，京察拾遗时，阁臣可利用自身权威，暗示科道官对与自身利益不同的官员进行弹劾。
可以说阁臣利用京察打击异己的行为，严重违背了京察的公平，破坏了京察制度澄清吏治的初衷。当初朱元璋取消了宰相制，内阁制度的设立使得明朝无有善治，京察中斗争不已，其中不乏阁臣从中作梗。反过来看章子俊这一次的闰察，也不算是什么严重错误了，又不是章子俊提出来要大计考核，内阁才是最后拍板的黑手。
这一次的大计，前前后后降斥官员达三千多人，杂职二千多人，不入流的衙役官员五千多人，《明史·职官志》如是记载：“凡文官之品九，品有正、从，为级一十八，不及九品曰未入流。”
未入流的官员是指十八级之外的官员，未入流的数量十分可观，京师各衙门以及外省府、州、县三级机构中，就设有很多未入流的职务。比如翰林院孔目、各部院的库使、地方的盐茶大使，厅州库大使，州县税课司大使，驿丞，闸官，府州县的一些僧道官，县典史，各州学正等等。不管是在哪一级单位，未入流者虽然没有品级，但其岗位都是有明文规定的，也就是说，不能将未入流看作是“非职官”，而且也并非没有品级。在地方官中，未入流与从九品官之间的差别并不大，也都有各自分管的事务，更没有隶属关系，这就像现在的科员与实习科员一样。
主持这种事非常容易得罪人，虽然只是底下报上来，章子俊只是批示一下，不管是好还是坏，全要算在章子俊的头上，直到王恕致仕，章子俊火急火燎回京复命交差，赶在王恕致仕前一天总算把手续办完，此时在王恕府邸大门外，车马轿顶已经排了三里长，这些全是京城内大小不等的官员，说是来给尚书大人送行，其实是想利用最后的时光，让王恕办点私事，内中不乏有四品五品高官以及王恕的众多门生。