对于朝廷来说，比较重要的是活佛索南加措死后的承袭问题，格鲁派一向是采取转世灵童的制度，如索南加措就是上一代活佛根敦嘉措的转世灵童，嘉靖二十五年，哲蚌寺正式迎请了他的转世灵童，此即出生于堆龙德庆地方一贵族家的三世达赖喇嘛索南嘉措。
现在索南加措去世，按照之前朱载坖所颁布的诏书，新活佛的产生是要经过大明朝廷的承认才行的，同时新活佛还可以继承索南加措的朵儿只唱称号，活佛关系到朝廷对于蒙古、青藏的控制，干系甚大，所以太子是不好决定的，这种事情，必须要朱载坖亲自拍板才行。
三边总制郑洛详细上疏说明了此事，按照藏传佛教的说法，佛有法身、报身和应身三身，活佛就是佛在人世间的化身，又叫做应身。他们认为，佛之所以以活佛这种化身在人世间活动，为的就是更好的传播佛法，教化世人，用佛法来化解人世间的痛苦与灾难，用这种无差别的办法来帮助世人弃恶从善，并最终达到佛教的终极目标即超脱于轮回之苦。
所以这副皮囊只是一个躯壳罢了，上一代活佛去世之后，会转世成为新一代的活佛，即所谓的转世灵童，之前活佛的继承都是采取的寻找转世灵童的方式，选出下一任的活佛，其实在坐的都是玩政治的老手，当然明白所谓的转世灵童是个什么东西，虽然说子不语怪力乱神，但是要大明的这些重臣们相信这些活佛真有这么大的本事能转世，他们可没有这么好糊弄。
张四维当即就指出，所谓的转世灵童，根本就是子虚乌有的事情，郑洛考察了各活佛转世灵童的来源，一般都是活佛辖区的大土司家中，这就奇了怪了，这活佛投胎是给阎王拿了钱还是怎么的？就能够稳稳的投胎到这些大土司家中，这种花活大家都看得很清楚，只不过是宗教权力和世俗权力的更易罢了，当地的土司和活佛本就是一体两面的东西，活佛是宗教领袖，而土司则是世俗权力，通过所谓转世灵童的把戏，牢牢地将宗教权力也控制在这些土司们手中。
这点不管是朱载坖还是太子朱翊釴和在坐的重臣们都是很清楚的，所以为什么之前朱载坖在册封索南加措的时候特地在诏书中强调朵儿只唱和活佛都必须大明朝廷承认方能履行活佛职能，就是为了今天，现在索南加措去世，他们肯定是要选择所谓的转世灵童，同时请求朝廷将之前的种种称号和权力赐予新活佛，但是朝廷现在就有主动权了。
朱载坖要求内阁和礼部、理藩院等相关的衙门落实有关朵儿只唱和活佛继承的这个问题，朱载坖认为，朝廷要在活佛的继承上要更加积极的参与进来，不能够放任他们在朝廷面前肆意的玩弄的政治手腕。
朱载坖直接批复三边总制郑洛，认为现行的所谓转世灵童制度并不可靠，事实上方逢时、王崇古等熟悉情况的重臣们之前就曾经上疏讨论过此事，认为所谓的转世灵童根本就是这些土司们糊弄朝廷的手段的，在之前的活佛圆寂后，寻找转世灵童的重任往往落入那些自称享有宗教权威的专门为转世继承服务的灵媒手中，那些灵媒被称为吹忠。
这些所谓的吹忠，自称可以通过降神祈祷做法，来寻找转世灵童的所在。一些藏蒙的上层土司或大喇嘛往往采取行贿的办法，收买吹忠，吹忠在受贿之后，往往采取各种非法手段暗中操作，以期达到土司们的的指示，以便于能够将活佛的转世灵童指定为自己信赖或者可以控制的人。
一直以来，活佛的继承都是依靠这些所谓的吹忠通过降神的方式来指示。吹忠完成所谓灵魂附体的仪式之后，就能够指出转世灵童的所在方位。然后人们按照他们的指示会找到不止一个符合条件的孩童，然后再将那些符合条件的孩童记录起来。最后吹忠将会再次做法，最终来决定真正的转世灵童。
朱载坖当即御批道：“所奏甚为荒谬，彼何以能通神乎？既能通神，何必径行指定，呼名直指乎？”
朱载坖当然知道这种所谓的转世灵童，实际上不过是一种变相世袭罢了，这点其实大家都清楚，之前朝廷不管，你们可以随意这么糊弄，现在活佛既然是要接受朝廷的封号，你们再这么糊弄朝廷，自导自演就有些说不过去了，而且大明之前是管不了这些活佛，现在大明能够管了，自然就不能放任了。
朱载坖命令郑洛详细查探相关的情况，将寻找和确定转世灵童的权力收归朝廷所有，而不是由这些土司们决定，朱载坖首先是命令陕西三边和宣大等镇加强戒备，然后晓谕三边总制和宣大总督，要求他们召集各活佛和头人、酋长等，和朝廷一道商量应该怎么确定转世灵童的问题。
至于所谓的吹忠，他们自称有所谓的神力，这些吹忠在降神的时候，为了糊弄百姓，常常会用一些类似江湖把戏的东西来博取大家的信任，比如用刀扎自己而亳发无损等等，朱载坖认为这也很简单，要用科学的办法反迷信，朱载坖一方面请龙虎山、武当山的道士们前往青藏，当面揭穿他们，因为大家都是从事一个行当的，彼此非常之熟悉，这些道士们也很擅长这个，甚至比这些所谓的吹忠更加擅长，将他们揭穿之后，再按照朝廷所制定的规矩来。
不过朱载坖也很清楚，官军必须保持强大的压力，才能够使得这些土司、酋长们听话，同时朱载坖还下旨给顺义王，要求土默特部配合大明，作为现在蒙古诸部中实力最强的，只要顺义王能够听大明的，蒙古就能够安定下来，大明就可以专心对付青藏了。