十月初，傅安因为没有找到宋晟，只好又来到庭州，和郭骥商量，如何应对日益险恶的西域局势。
“定远侯，我听说帖木儿已经集结了二十余万兵力，准备大举来犯，西宁侯又走了，你还得早拿主意。”
“傅老弟，我也是巧妇难为无米之炊。西宁侯带领三卫人马回内地削藩去了。你看看我这里，除了勃罗哥的伊犁卫十三营人马还算完整，驻守在伊犁河谷。天山卫加上其他三卫留守人员，总共才十六营人马，像胡椒面一样撒在天山南北十余城，中间间隔数千里。”
“如果帖木儿举国来犯，碎叶城加上巡防营，还不到一千二百人，如何应付得了？”
“现在朝廷一心要削藩，根本不管西域安危，我也没有办法。”
“能否请辽王殿下再从辽东派出援军？”
“我听说辽王因为功高震主，为当今陛下所忌，差点在京城丧命。他现在也是自顾不暇，只能靠我们自己了。”
“怎么会是这样？李达送来情报，帖木儿此次光准备的大炮都有上千门。碎叶城只有九门老旧的迫击炮，恐怕这次凶多吉少了。”
“尽人事，知天命吧。辽王殿下对我有知遇之恩，朝廷又封我为定远侯，我郭骥只能以班定远为榜样，与西域共存亡。”
“定远侯尽忠报国，日月可鉴。”
“你老弟到现在还没有一个正式官身，还是把人手都撤到苹果城，交给勃罗哥，自己回辽东投奔辽王去吧。”
“不行！我也算是开国元勋之后，不能辱没了先人威名。辽王对我也有知遇之恩，我怎么能当逃兵？”
“你打算怎么办？”
“我还是先回碎叶城吧，从那里的移民和罪犯中再征集一千多人马，争取多拖住帖木儿大军一、两个月时间。你也赶快就地招募人马，做好应敌准备。”
“兄弟，是条汉子！今晚咱们一醉方休，明日和西域共存亡。”
第二天，傅安还没起床，郭骥就推门而入，大声说道：“傅安，大事不好，帖木儿已经提前动手了。”
傅安问道：“什么时候？”
郭骥答道：“就在你刚离开碎叶城不久，碎叶城已经失守了，关二虎和樊六斤等一千余兄弟全部殉国，只有不到十人逃到了苹果城。”
傅安自责道：“我……我还是大意了。”
郭骥说道：“现在说什么都晚了。我给你准备几匹快马，你赶快回苹果城，协助勃罗哥守住苹果城。那里还有将近一万户移民，原先大多是河南、山东来的军户，还能再临时组织一万人马。”
傅安说道：“你这里怎么办？”
郭骥说道：“我赶紧向西宁侯告急，催他回来主持大局，再从当地部落和和移民中动员招募一万新兵，应该没有大的问题。”
十月底，等傅安赶到苹果城时，听说沙哈鲁已经率领十万人马翻越凌山，向南杀进了伊犁河谷。
傅安和勃罗哥开始也被沙哈鲁的来势汹汹唬住了，觉得帖木儿举国来犯，不宜与之硬拼，于是将所有兵力和屯垦百姓撤到到苹果城和富远城，集中兵力进行防守。
让人感到诧异的是，沙哈鲁只是派人分兵四掠，并没有急于攻占伊犁卫驻地苹果城。
明军在八卦城和那拉提城各驻有一营兵力。其他雪山要隘也驻有大约一营兵力。
八卦城是新王朱守谦参照后世所建，城内七弯八绕，设计复杂，十分利于防守。
狡猾的沙哈鲁只以小部兵力监视八卦城，主要兵力迅速越过八卦城，捕获在八卦城和那拉提城之间定居农垦的汉民。
八卦城和那拉提城明军守军派兵来救，又被沙哈鲁伏击，损失不少。
接着，沙哈鲁利用被俘虏的汉民逼降了那拉提的剩余明军守军，然后回师八卦城。
尽管八卦城设计精巧，但是架不住帖木儿军的五十门大炮的连续轰击。两天后，沙哈鲁终于拿下了八卦城。
到了年底，沙哈鲁陆续攻陷了明军在伊犁河谷筑造的一系列城堡、要隘，消灭了伊犁卫分散驻守的三营人马，并俘虏了来不及撤退的六千户屯垦的汉民。
与此同时，伊犁明军也从最初的惊慌失措中冷静下来。
在沙哈鲁攻入伊犁河谷之前，各屯垦点种植的小麦等作物已经完成收获，粮食大部分送到了苹果城。
苹果城现在除了兵力少一点，粮食再坚持一年都没有问题。
傅安从百姓中紧急招募的四千多新兵，经过突击训练，扩编了八个营，已经可以协助明军主力进行掘壕、巡逻和守城了。
苹果城下游的富远城也进行了进一步加固，傅安又调去三个新兵营，交由锡伯勇士朱大同统一指挥，防止帖木儿军从伊犁河谷下游进犯。
沙哈鲁为明军修筑的苹果城本来就十分坚固，傅安接手之后，又让人在外面掘了两道壕沟，用以迟滞敌军骑兵的冲锋，再加上还有几门牛逼哄哄的山炮助阵，伊犁城还是很稳当的。
一番操作下来，明军迅速稳住了阵脚，还击退了帖木儿军的几次试探性进攻。
防守南疆的明军就没有那么幸运了。
由于路途太远，等郭骥派天山卫指挥佥事张勇从庭州率领两营人马千里迢迢赶到龟兹的时候，帖木儿的二孙子马黑麻已经带领两万精兵和两万印度降兵，携带五十门驼炮，悄悄杀入南疆，迅速吃掉了驻守疏勒的一营明军孤军，并进逼龟兹城。
天山卫和龟兹卫留守兵马合兵一处，不过一千三百多人。
好在明军在龟兹留有三门旧迫击炮，还设有一个小型兵工厂，也能铸造刀剑，再加上临时武装起来的三千移民，总算拼凑起一支四千多人的队伍。
到了建文三年，也就是洪武三十四年二月，张勇指挥明军且战且退，又在南疆重镇铁门关和马黑麻周旋了两个多月。
这时，明军的弹药基本被马黑麻带来的两万印度炮灰军消耗得差不多了。马黑麻突然拿出五十门驼炮，对明军发起总攻，一举攻破了铁门关，将四千明军屠杀殆尽，逃到焉耆避难的平民百姓除了工匠之外，也几乎未能幸免。
马黑麻拿下铁门关后，明军在南疆已经无险可守，吐鲁番乃至迪化、哈密立即暴露在帖木儿大军的威胁之下，陷落也只是个时间问题。