却说卢循、徐道覆回去停泊在蔡洲，静驻了好几日，但见石头城畔，日整军容，一些儿没有慌乱。卢循始自悔蹉跎，派遣战舰十余艘，来攻打石头城外的防栅，刘裕命人使用神臂弓迭射，一发数矢，无不摧陷，卢循只好退兵离去。寻而又埋伏士兵南岸，使老弱兵士乘舟东行，扬言将进攻白石。
白石在新亭左侧，也是江滨要害，刘裕恐他弄假成真，不得不先往防堵。这个时候，刘毅自豫州奔还，来到王宫待罪，晋安帝但降刘毅为后将军，令其仍至军营中效力，带罪图功。
刘毅见了刘裕，未免自感惭愧，刘裕却绝不介意，好言抚慰，即邀他一同前往白石，截击贼船，但留参军沈林子、徐赤特等，扼定查浦，令勿妄动。
及刘裕已经北往，贼众自南岸窃发，攻入查浦，纵火焚张侯桥。徐赤特违令出战，遇到埋伏而败遁，单舸往淮北。独沈林子据栅力战，又经别将刘钟、朱龄石等人，相继入援，贼军方始散去。
卢循引精锐士卒前往丹阳，刘裕闻报驰还，徐赤特亦至，由刘裕责他违背军令，斩首徇众。自己解甲休息，与军士从容坐食，然后出阵南塘，命参军诸葛叔度，及朱龄石分率劲卒，渡淮追贼。
朱龄石部下多鲜卑壮士，手握长槊，追刺贼众，贼军虽然各挟刀械，终究是短不敌长，靡然退去。
朱龄石等亦收军而回。卢循转掠各郡，郡守皆坚壁待着，毫无所得，于是对徐道覆说道：“军队出来时间太长，已经疲惫不堪，我看不如回到寻阳，合力攻取荆州，这样我们占据三分之二的天下，就可以慢慢地再与建康的东晋政权争强斗胜。”
兵法有进无退，一退便要送终了。
七月初十日，卢循从蔡州向南撤退回寻阳，留下他的部将范崇民带领五千人据守南陵。自己则向寻阳退去。
晋朝廷授刘裕太尉中书监，并加黄钺。刘裕受钺辞官，朝旨不许。
刘裕上表推荐王仲德为辅国将军，刘钟为广川太守，蒯恩为河间太守，令与谘议参军孟怀玉等，率众士兵追讨贼军，自己则大治水军，广筑巨舰，楼高十余丈，令与贼船相等。船既筑成，即派将军孙处、沈田子，领着百艘，由海道径袭番禺，直捣卢循老巢。诸将以为海道迂远，跋涉多艰，且自分兵力，尤觉非计。
刘裕笑而不答，但嘱孙处道：“大军至十二月间，必破妖虏。卿为我先捣贼巢，使彼走无所归，不怕他不为我擒了。”
料敌如神。孙处等奉令去讫。
那卢循还入寻阳，派遣人从间道入蜀，联结谯纵，约他夹攻荆州。谯纵复言如约，一面向后秦乞师（请求援兵）。秦主姚兴，封谯纵为大都督，兼相国蜀王，且拨桓谦助纵。桓谦奔秦。谯纵令桓谦为荆州刺史，谯道福为梁州刺史，率众二万寇荆州。秦将军苟林，亦奉秦主姚兴命令，率骑兵前往会合，声势甚盛。
先是卢循东下，荆、扬二州，隔绝音问，荆州刺史刘道规，遣司马王镇之，与天门太守檀道济，广武将军到彦之，入援建业。途次与苟林相遇，正在交锋，忽然由卢循等派兵接应，夹攻镇之，镇之败退。
卢循厚犒秦军，并授苟林为南蛮校尉，分兵为助，令林进攻江陵。苟林系后秦将军，奈何受卢循封职，贪利若此，安得不死！苟林遂入屯江津。桓谦沿途召募旧党，又集众至二万人，进据枝江。两寇交逼，江陵大震，士民多怀观望。刘道规默察舆情，索性大开城门，令士民自择去就，一方面严装待寇。士民不禁忌惮佩服，无人出走，城中反而感觉安堵。刘道规也是权术可爱，不愧为刘裕之弟。
当时，鲁宗之已升任为雍州刺史，自襄阳率士兵援助荆州。或谓鲁宗之情不可测，独刘道规一人一马出来迎接，引导士兵进入城中，叙谈甚欢。竟而留鲁宗之居守，自领各军出发讨伐桓谦，水陆并进，疾抵枝江。
桓谦大陈舟师，与刘道规对仗。刘道规前锋为檀道济，首突谦阵，水陆各军，乘势随上，夹击桓谦，桓谦众士兵大溃。
刘道规鼓全力追，将桓谦射死，遂移军士出江津，前往攻打苟林。
苟林听闻桓谦败死，未战先怯，望尘便遁。刘道规令参军刘遵，从后追赶，驰至巴陵，得将苟林围住，一鼓击毙。
刘遵回军报功，刘道规已返江陵，送归鲁宗之。蓦然听闻徐道覆统众士兵三万人，长驱前来，免不得谣言散布，安而复危。
刘道规欲追召宗之，已是不及，只得部署各军，再出迎战。可巧刘遵得胜回来，遂命刘遵为游军，自己来到豫章口抵御徐道覆。
徐道覆联舟直上，兵势张甚，遇着刘道规前锋部队，兜头接仗，凭着一鼓锐气，横厉无前。
刘道规督军力战，尚是退多进少。徐道覆兴高采烈，步步逼人，不防刘遵自外面杀到，把徐道覆麾下的兵舰，冲作两段。徐道覆顾前失后，顾后失前，禁不住慌张起来。刘遵与刘道规，并力夹击，斩贼军首级万余级，挤溺无数。徐道覆奔还湓口，江陵复安。
刘裕听闻江陵无恙，贼众皆败，遂亲自率领刘藩、檀韶等南讨伐贼党。留刘毅监太尉府，委以内事。诸军方发，接得王仲德捷报，已逐去悍贼范崇民，夺还南陵。刘裕很是感到欢喜安慰，溯流出南陵城，与王仲德等会师，进达雷池。好几日不见贼至，再进军大雷。
翌日黎明，方闻贼众趋至，由刘裕自登船楼，向西眺望，只见舳舻衔接，绵亘江心，几不知有多少战船。他仍不动声色，先拨步骑往屯西岸，嘱他备好火具，待时纵火，然后躬提幡鼓，悉发轻利斗舰，齐力向前。右军参军庾乐生，乘舰徘徊，立命斩首号令。于是各军争奋，万弩齐发，好在风又助顺，水亦扬波，把贼军的船逼往西岸。
岸上早列着步兵，手执火具，各向贼船抛去。火随风炽，风助火威，霎时间，烈焰飞腾，满江俱赤，贼船多半被毁，骇得贼众狂奔。卢循、徐道覆两贼，仓猝逃遁而走，既还寻阳，复趋豫章，就左里竖起密栅，阻遏晋军。
刘裕大获胜仗，留孟怀玉驻守雷池，再督兵前往攻打左里，将到栅前，忽而刘裕所执麾竿，无故自折，沉入水中。大众不禁惶惧，刘裕欣然道：“从前覆舟山一役，幡竿亦折，今复如此，破贼无疑了！”此言辞，无非就是为了稳定众军士之心。遂易麾督攻，破栅直进。贼众虽然死战，始终招架不住，或是饮刃，或是投水，死亡至万余人。
卢循孤舟驰去，余众多降。刘裕还至雷池，派遣刘藩、孟怀玉追剿卢循、徐道覆，自率余军凯旋。
晋安帝司马德宗派遣侍中黄门诸官，出郊迎劳，俟得刘裕入阙，面加奖赏，授刘裕为大将军扬州牧，给仪卫二十人，刘裕又固辞。假惺惺做甚？略称卢循、徐道覆未诛，怎可受封？晋安帝于是收回成命。
那卢循收集散卒，尚不下万人，走还番禺。徐道覆退保始兴。始兴尚幸无恙，番禺早入晋朝军队的手中。晋将军孙处、沈田子等自海道袭番禺，番禺虽有贼党守着，毫不防备。孙处等率军掩至，天适大雾，咫尺不辨，及晋军四面登城，城中方才惊觉，百忙中如何对敌，顿时夺门逃散，有许多生得脚短的，都做了刀头鬼。处安抚旧民，捕戮贼渠亲党，勒兵谨守，全城大定。又遣沈田子等分击岭表诸郡，依次克复。
卢循闻巢穴被破，惊慌得了不得，连忙率领众士兵驰攻番禺，由孙处独力固守，相持不下。
刘藩、孟怀玉分追卢循、徐道覆，孟怀玉来到了始兴，攻破城池，阵斩徐道覆；刘藩则进入粤境，正好与沈田子遇着，即分军与田子，令救番禺。田子引兵至番禺城下，捣入卢循军营，喊杀声震彻城中。
孙处闻有援兵到来，也出兵助战。一场合击，杀死贼党数千名，卢循向南窜去。孙处与田子奋力追蹑，至苍梧、郁林、宁浦诸境，三战皆捷。卢循势穷力竭，逃入交州，交州刺史杜慧度，发兵至龙编津，截住卢循的去路。
卢循之众尚有三千人，舟约数十艘，被慧度掷炬纵火，毁去卢循的船只，岸上又飞矢如雨，无隙可钻。
卢循势力丧败，知道不能免死，先把妻子儿女十余人毒死，又召集妓妾问道：“我要自杀，谁愿意跟我一起死？”
多数人说：“麻雀老鼠还贪生，去死实在是人情所难。”
有的则说：“官家还准备死呢，我岂能想活着！”于是把那些不愿随死的人全部毒杀，便投水自尽。杜慧度捞出卢循的尸体斩首，连同他的父亲卢嘏一同处死。同党全部擒获，把首级传送到京都。南方逆党，至此才平。了结卢循、徐道覆。
会荆州刺史刘道规，因病求代，晋廷遣刘毅往镇荆州，调道规为豫州刺史。刘道规在荆州数年，秋毫无犯，惠及人民。
刘道规牧守荆州七年，任内管治有道，政法清明，深受荆州士民的敬畏、拥戴。及调任豫州，没多久即而殁世，荆州百姓听闻讣告，深感悲痛，相率流涕。有善必录。
刘毅自豫州败后，与刘裕同朝相处，外似逊顺，内益猜疑。
刘裕出身行伍，不擅长文学创作，而刘毅具有文学才能，常在宴会上赋诗展示才华。所以刘毅因文学能力获得文臣支持，朝右词臣喜欢与刘毅相结纳。仆射谢混，丹阳尹郗僧施，往来尤为密切。及刘毅出镇荆州，多为反对刘道规旧政，檄调豫州文武旧吏，隶置麾下。且求兼督交广，请任郗僧施为南蛮校尉，毛修之为南郡太守。
刘毅刚猛沉勇果敢，然而凶狠固执喜欢独断专行，与刘裕协同合作完成恢复大业，而功居其次，但却常自居功自夸，不愿推崇佩服刘裕。
做了一方诸侯后，常怏怏不得志,刘裕每每以宽柔随顺他。刘毅因此骄纵跋扈越加严重，每次读史书，读至蔺相如屈让廉颇处，便大为感叹，认为将相和的故事是不可能。曾说过：“恨不能生在刘邦、项羽之世，与他们争夺天下。”又对郗僧施说：“从前刘备之有孔明，犹如鱼之有水。今天我与足下虽然才能不及古代圣贤,但事同此言。”
众人都厌恶他为人傲慢不逊。及至桑落洲惨败，刘毅深知人情不归向自己，内心更加愤激不满。当初，刘裕征讨卢循，凯旋而归，晋安帝司马德宗在西池设宴慰劳刘裕，诏令群臣赋诗颂扬。
刘毅赋诗道：“六国多雄士，正始出风流。”他这是自知军事武功不及刘裕，便故意显示自己文雅有余。后来在宰相府里聚众樗蒲赌博，一次判定输赢可达数百万钱，其余人都只掷出黑犊就退下阵去，惟有刘裕及刘毅仍在场上较量。刘毅依次掷出白雉，大喜，提起衣服绕过胡床，叫着对同座说：“ 不是不能掷得卢，不想如此罢了。”
刘裕讨厌他的轻薄，便两手抓起五枚色子揉搓了好久，说：“老兄尝试为你作答。”一会儿四枚色子都以黑面呈现，另一枚色子跳转不定，刘裕厉声吆喝，五枚色子俱黑成卢。刘毅心中十分不快，但向来皮黑，其面如铁色，而竟勉强自己和言对刘裕道:“ 我本知道明公不会就此相让!”出镇西藩后，虽然占据上流，享有统辖荆州大权，但朝内所有职权顿时失却，于是又颇为忌恨不满，因此打算扩充自己势力，伺机打垮刘裕，终于招致失败。
当初，江州刺史庾悦，隆安年间为司徒长史，曾到过京口。刘毅当时十分穷困贫寒，到庾悦府上借用东堂与亲友习射其中。而庾悦后来与同僚佐吏径直来到东堂，刘毅告诉他说:“刘毅困顿之人，会集一处习射游戏非常艰难。足下到其他堂房都行，希望今日务必将东堂让我借用。”庾悦不答应。习射者都走散离去，只有刘毅停留不走习射如故。以后庾悦吃鹅，刘毅请求得到未吃完之鹅,庾悦又不予理睬，刘毅因此常常怨恨，怀恨在心。义熙年间刘毅故意夺取庾悦的豫章郡，解散其军府，派人向庾悦表露他的用心，庾悦气愤忧惧而死。刘毅就是如此器量狭小性情浮躁。
刘裕在朝览表，一一允行，将军胡藩对刘裕说道：“公谓刘将军终为公屈么？”
刘裕沈吟半晌，方才说道：“卿意如何？”
胡藩答道：“统百万雄师，战必胜，攻必取，刘毅原愧不如公，若涉猎传记，一谈一咏，却自命为豪雄。近见搢绅文士，多半归附，恐未必终为公下！”
刘裕微笑道：“我与刘毅协同规复，功不可忘，过尚未着，怎得无故害人？”仿佛郑庄之待叔段。胡藩默然趋出。
刘裕复因刘藩讨伐逆党有功，擢任兖州刺史，出镇广陵。这个时候，刘毅在任遇疾，郗僧施劝刘毅上表，乞请调任刘藩为副帅。刘毅依言表闻，刘裕始有心防备刘毅，佯装依从刘毅之所请，召刘藩入朝。
而刘藩自广陵入京都，甫至阙下，即由刘裕饬令卫士，收捕刘藩下狱。
然后并向朝廷上请诏书，诬称刘毅兄弟，与仆射谢混，共谋不轨，立命一并把谢混拿下，与刘藩同日赐死。
晋安帝于是下诏说：“ 刘毅傲慢骄纵凶狠残暴，长期行走霜上而不警惕严寒冰冻将至，中间招致覆灭惨败，早应明正典刑处决示众。但晋法宽大仁厚，依旧受到宠信并授予要职。而刘毅不引咎自责，心怀不满日甚一日。幸赖宰相包容宽恕，使他随其心意而不加遏止，又推荐并帮助他经略西方重镇，使其光宠荣耀增长到极点，希望他能感恩戴德洗心革面，改过自新。而刘毅不思悔改，立志做行恶奸徒，欺上凌下,放纵无度。既已解除都督职任，江州不再归他统辖，而他竟擅自迁移部众，带走全部军资，指挥命令过去的部下，大树亲信党羽。豫州西府二局，文武将佐一万有余，刘毅将其全部强行留用，不曾向朝廷回报片言只语。恣肆骄纵，欲望膨胀，目无朝廷。又与其堂弟刘藩遥相呼应，招聚剽悍狡诈之徒，修缮战甲拥兵自重，外托看视兄长疾病，实则窥伺时机，同党相互帮衬,图谋统领荆郢之地。尚书左仆射谢混凭借家世资望，超格蒙受朝廷厚遇，竟轻佻浮躁，行为不检，造成了祸乱，煽动内外，与刘毅相勾结图谋不轨，是可忍，孰不可忍！”
刘裕于是一面自请讨伐刘毅，刻日召集诸军，仗钺西征。真是辣手。
授前镇军将军司马休之为平西将军荆州刺史，随同前往，且遣参军王镇恶，龙骧将军蒯恩，带领前队军士，掩袭江陵。王镇恶用轻舸百艘，昼夜兼行，伪充刘兖州旗号，直至豫章口，荆州人士，尚未知刘藩死状，总道是刘藩西来，绝不疑忌。王镇恶舍舟登岸，径达江陵。
刘毅探悉实信，急欲下关，已经被王镇恶闯入，关不及键，兵不及甲，顿时全城鼎沸。刘毅率左右数百人，驰突出城，夜晚的时候投靠佛寺，寺中僧人不肯收纳，无奈之下，仓猝自缢而死。
王镇恶搜得刘毅的尸体，枭首市曹，并将刘毅的所有子侄，一并杀毙。
越数日，刘裕军队至江陵，捕杀郗僧施，宥免毛修之，宽租省调，节役缓刑，荆州人民甚为大悦。遂留司马休之镇守江陵，自己则率领大军返回京师。
先是刘裕西行时，留豫州刺史诸葛长民，监太尉军府事，又加刘穆之为建威将军，使佐长民。诸葛长民听闻刘毅被杀，私语亲属道：“昔日醢彭越，今日斩韩信，恐我等亦将及祸了！”
诸葛长民的弟弟诸葛黎民献议道：“刘氏灭亡，诸葛氏岂能独免？宜乘刘裕未归时，速图为是。”
诸葛长民听了，犹豫未决，潜问刘穆之道：“人言太尉与我不平，究为何因？”穆之道：“刘公泝流远征，以老母稚子委节下，若与公有嫌，怎肯出此？”
诸葛长民意终未释，复贻冀州刺史刘敬宣书，有共图富贵等语。刘敬宣竟而把信寄与刘裕。
刘裕阳言某日入都，诸葛长民等逐日出候，并未见到，不意刘裕夤夜入府，除刘穆之外，无人得闻。
越日天晓，刘裕升堂视事，诸葛长民才得闻知，惊趋入门。刘裕下堂握着诸葛长民的手，屏退左右之人与语，备极欢洽。
诸葛长民方欲告别，忽然帐后突然冲出一个壮士，一把抓住了诸葛长民，把他勒死，舆尸付廷尉。而诸葛长民弟黎民、幼民，及从弟秀之，均遭到逮捕。诸葛黎民素来骁勇，格斗而死，幼民、秀之则被杀。
当时都下传语道：“勿跋扈，付丁旿。”看官道是何说？原来刘裕埋伏着的壮士，叫作丁旿。勒死诸葛长民，毙黎民，都是出自丁旿之手。
大众畏他强悍，所以有此传闻。丁旿亦典韦流亚。
这且休表。且说刘裕既而翦灭二憾，于是命朱龄石为益州刺史，令与宁朔将军臧熹，河间太守蒯恩，下邳太守刘钟等人，率军队二万人，前往讨伐西蜀。时人多谓朱龄石名望太轻，难当重任，刘裕独排众议道：“龄石既具武干，又练吏职，此去必能成功。诸君不信，待后便知！”另眼看人。当下召入朱龄石，密谈数语，且付一锦函，上书六字道：“待至白帝乃开。”
朱龄石持函走出京都，泝江西行。诸将听闻朱龄石受刘裕密计，究竟不知他如何进取，但一路随着，晓行夜宿。好容易到了白帝城，朱龄石于是披发锦函，但见函中藏有一纸，上面写着：
众军悉从外水取成都，臧熹从中水取广汉，老弱乘高舰，从内水向黄虎，速行不误。违令毋赦！
刘敬宣前些时讨伐蜀地，道出黄虎，无功而还。此次独令众军取道外水，明明是惩着前辙，改道行军。又恐蜀人预料，特令龄石派遣老弱，作为疑兵，牵制蜀人。复命臧熹从中水进兵，亦无非是分蜀兵势。伪蜀王谯纵，果疑晋军仍薄黄虎，急遣谯道福出守涪城，严防内水。那龄石已自外水趋平模，距成都只二百里，谯纵才得知晓。派秦州刺史侯晖，尚书仆射谯诜，率众士兵万余，出发屯守平模对岸，筑城拒守。
天适盛暑，赤日炎炎，朱龄石颇费踌躇，于是与刘钟秘密商议道：“今天天气正炎热，贼现依险固守，进攻很难夺取，徒使我军困顿。我要养精蓄锐暂时休战，寻找机会进攻，你看怎么样？”
刘钟听后，说道：“此计错了！我军以内水为疑兵，此前扬言你由水路进攻，所以谯道福不敢放弃涪城，现在大军逼近，出其不意，侯晖之徒已经吓破胆了。正可以趁势攻击，一定能战胜他。攻克平模之后，可以大张旗鼓向前进攻，成都一定能夺下来。如果缓兵相持，被对方探听到虚实，涪城守军再来，恐怕抵挡不住。进不能作战，退没有资财支援，两万多人都要被蜀中小子俘虏了，岂不可虑！”
朱龄石闻言，愕然道：“非君言，几误大事！”遂麾兵齐进，共集城下。
蜀人筑有南北城，北城倚山靠水，地阴兵多，南城较为平坦。诸将请先攻南城，朱龄石道：“攻坚难，抵瑕易，我能先拔坚城，贼众自靡，南城可以立取。这才是一劳永逸呢！”于是拥众攻打北城，前仆后继，半日即下。
侯晖谯诜，先后战死，蜀兵大败。朱龄石引兵趋南城，南城守卒，已经溃散，寂无一人。于是毁去二垒，舍舟步进。臧熹从中水趋入，阵斩蜀将谯抚之，击走蜀吏谯小苟， 据住广汉，留兵戍守，自率亲军来会合朱龄石。两军直向成都，势如破竹。
谯纵迭接败耗，吓得魂飞天外，急弃成都出走。谯纵他女儿年仅及笄，涕泣谏纵道：“逃跑也一定不能逃脱，只是取得更多的侮辱，同样是死，可以死在祖先的墓旁。”
谯纵不听从，辞墓即行，女儿竟然撞死于墓侧。还是此女烈毅，可惜生于谯家。
谯道福听说平模失守，从涪城带兵赶来救援，谯纵前去投奔他。谯道福看见谯纵，大怒说：“大丈夫有这样伟大的功名事业，却把它丢弃了，你要回到哪里去！一个人谁能不死，怎么怕成这个样子！”于是把佩剑狠狠地向谯纵掷去，只是砍中了他的马鞍。谯纵只好离去，自己上吊而死，西蜀政权灭亡。巴西人王志将他的脑袋砍下来，送给朱龄石。
焦道福尽散金帛，犒赏军士，再拟背城一战，偏偏那些军士得了赏给，仍然散去。焦道福孑身远窜，为巴民杜瑾所执拿，也送到了朱龄石军前。朱龄石已经入了成都，搜诛谯纵亲属，余皆不问。及焦道福执至，因系谯氏宗族，亦枭首而示军门。
蜀尚书令马耽，封闭府库，留献晋军。朱龄石独将马耽流放至西南边陲越巂郡（今四川西昌地区。
马耽叹息道：“朱公不送我入京，无非欲杀我灭口，我必不免了！”求荣反辱，虽悔曷追？于是盥洗而卧，引绳自缢而死。
既而朱龄石使人来到，果然来杀马耽。看见马耽已死，戮尸归报。朱龄石驰书奏捷。诏命朱龄石进监梁、秦州六郡军事，赐爵丰城县侯。有诗咏道：
锦函授策似先知，外水长驱计独奇；
莫道蚕丛天险在，王师履险竟如夷！
朱龄石平定蜀乱，其谋划出自刘裕，当然叙功加封。欲知封赏大略，且至下节表明。
刘裕统一南方之战，结束了东晋中央羸弱，豪强士族割据的局面，巩固了中央集权，是刘宋王朝的立国之战。同时，它使内乱不稳多年的南方安定下来，对促进南方经济生产开发起着重大作用。自刘裕统一南方一直到南梁末年的侯景之乱的一百多年的时间内，南方基本相对稳定，未发生过大的影响生产的动乱。同时在北方少数民族政权尚未汉化，对南方虎视眈眈，而当时主要的汉族政权东晋自司马道子当政后上层统治的士族腐朽不堪，国力日趋衰退，随时有被“五胡”吞并的危险，刘裕统一南方建立一个强大稳定的政权对悍卫和延续华夏文明有重大贡献，其历史功绩不容磨灭。