陶谦去世后，曹操打算趁机攻取徐州，回头再来平定吕布。荀彧劝谏道：“昔日，汉高祖凭借关中作为根基，光武帝依靠河内之地站稳脚跟，他们都是通过巩固根本，以此来掌控天下。进，足以战胜敌人；退，也能够坚守阵地。所以即便经历困境、遭遇失败，最终还是成就了大业。将军您最初在兖州起兵，平定了山东地区的祸乱，百姓们对您心悦诚服。况且黄河、济水一带，乃是天下的战略要地。如今虽说这一地区有所残破，但仍然比较容易据守自保，这里就如同将军您的关中、河内，是万万不可不先稳固的。如今已经击败了李封、薛兰，如果分兵向东攻打陈宫，陈宫必定不敢再向西进犯。我们正好可以利用这段时间，组织兵力收割成熟的麦子，节省粮食、储存谷物，如此一来，一举便可击败吕布。打败吕布之后，再向南与扬州方面结盟，共同讨伐袁术，进而兵临淮水、泗水一带。倘若舍弃吕布，向东进攻徐州，留下过多兵力则不够用来攻打徐州，留下太少兵力又会导致百姓都据城自保，连砍柴都无法进行。吕布要是趁机趁虚而入，肆意侵扰，民心将会更加不稳。到那时，恐怕只有鄄城、范县、卫县还能保全，其余地方都将不再为我们所有，这样一来，兖州也就没了。要是徐州没能平定，将军您又能回到哪里去呢？况且，陶谦虽然死了，但徐州并非那么容易被攻克。他们有了往年战败的教训，必定会因为恐惧而相互结盟，彼此呼应、互为表里。如今东方地区的麦子都已经收割完毕，他们一定会坚壁清野，等待将军您前去。将军您要是去攻打，却无法攻克城池，想要劫掠物资，又一无所获，不出十天，十万大军还未交战，便会自行陷入困境。（臣松之认为，当时徐州尚未平定，兖州又发生叛乱，此时提到十万之众，虽说有夸张的成分，但也说明军队并非人数稀少。由此更能知道，官渡之战时，曹操的兵力绝不可能不满万人。）之前攻打徐州时，咱们实施了严厉的惩罚措施（据《曹瞒传》记载：自从京师遭遇董卓之乱，百姓纷纷向东流亡，大多聚集在彭城一带。曹操大军到达后，在泗水河边坑杀了男女数万人，以至于泗水都因尸体堵塞而断流。陶谦率领他的军队驻守在武原，曹操无法前进，便率军从泗南攻打虑县、睢陵、夏丘等县，所到之处皆进行屠杀，连鸡犬都未能幸免，城中一片荒芜，不见行人。），徐州百姓的子弟们念及父兄所遭受的耻辱，必定人人都会拼死守城，绝无投降的想法。就算咱们能够攻破徐州，也难以真正占有它。凡事本就有舍弃一方而谋取另一方的情况，但前提是用大的利益去交换小的利益，用安稳的局面去取代危险的处境，或者权衡一时的形势，并且不用担心根基不稳。可如今这三种情况都对我们不利，还望将军您仔细斟酌。”曹操听后，便放弃了攻打徐州的计划。他组织军队大规模收割麦子，之后再次与吕布交战，同时分兵平定各个县城。最终，吕布战败逃走，兖州也得以平定。
建安元年，曹操击败黄巾军。此时，汉献帝从河东返回洛阳。曹操就奉迎天子并迁都许昌一事进行商议，有人认为山东地区尚未平定，韩暹、杨奉刚刚护送天子抵达洛阳，还与北面的张杨联合，目前还无法立刻控制局势。荀彧则劝说曹操：“昔日，晋文公接纳周襄王，诸侯们纷纷像影子一样追随他；汉高祖为义帝发丧，身着白色丧服，使得天下人心归附。自从天子流亡在外，将军您最先倡导起兵勤王，只是因为山东地区局势混乱，无法长途跋涉前往关右护驾。即便如此，您仍然分派将帅，冒着危险与朝廷互通使者。虽然在外抵御祸乱，但您的心始终系于王室，这正是您匡扶天下的一贯志向。如今，天子的车驾返回洛阳，可洛阳城却荒芜破败。忠义之士有着匡复汉室的想法，百姓们也因感怀往昔而更加哀伤。如果能在此时奉迎天子，顺应百姓的期望，这是大顺之道；秉持公正无私的态度，以此来使各路豪杰信服，这是深谋大略；弘扬正义，吸引天下英才前来归附，这是大德之举。天下即便有叛逆之人，也必定无法对我们造成阻碍，这是显而易见的。韩暹、杨奉又怎敢加害我们！倘若不及时做出决定，四方的势力一旦有了别的心思，日后再考虑这件事，就来不及了。”曹操听后，便率军前往洛阳，奉迎天子迁都许昌。天子任命曹操为大将军，同时晋升荀彧为汉侍中，兼任尚书令。荀彧常常在朝中秉持稳重的行事风格（据《典略》记载：荀彧礼贤下士，为了接待贤才，常常坐不安席。他在尚书台任职时，从不因个人私欲而影响自己的判断。荀彧有一位堂兄弟，才能和品行都很平庸，有人对荀彧说：“以您现在的地位，难道不应该让他做个议郎吗？”荀彧笑着回答：“官职是用来彰显才能的，如果按照你说的做，众人会怎么看我呢！”他就是这样秉持公正之心。），曹操虽然在外征战，但军中事务和国家大事都会与荀彧一同谋划（据《典略》记载：荀彧容貌俊美。另外，在《平原祢衡传》中记载：祢衡字正平，建安初年，他从荆州北上前往许都。祢衡自恃才华出众，性格傲慢，对人评价往往言过其实，遇到不如自己的人，便不屑与之交谈，因此人们都很厌恶他。唯有少府孔融看重他的才能，上书向曹操举荐祢衡，书中写道：“祢衡资质美好，品格坚贞，才华卓越出众。刚刚涉猎文学艺术，便能深入领悟其中的精妙之处；凡是眼睛看过一遍的内容，就能诵读出来，耳朵短暂听到的话语，也能牢记于心。他的性情与大道相契合，思维敏捷如同有神助。桑弘羊善于计算，张安世记忆力超群，与祢衡相比，也不足为奇。”当时祢衡年仅二十四岁。那时许都刚刚建立，人才济济。祢衡曾写好一张名帖带在身上，可时间久了，名帖上的字迹都模糊不清了，也不知道该去拜访谁。有人问他：“为什么不去投奔陈群（字长文）、司马朗（字伯达）呢？”祢衡回答道：“你竟然想让我跟那些市井之徒为伍！”那人又问：“当今许都之中，谁是最值得结交的人呢？”祢衡说：“大儿是孔文举（孔融），小儿是杨德祖（杨修）。”那人接着问：“曹操、荀令君（荀彧）、赵荡寇（赵俨）都算得上是盖世之才吧？”祢衡对曹操评价并不高；又看到荀彧容貌出众，赵俨身材高大，便回应道：“文若（荀彧）的脸可以借来去吊丧，稚长（赵俨）可以派去监厨请客。”他的意思是荀彧徒有外表，而赵俨只知道贪吃。于是众人都对祢衡恨得咬牙切齿。祢衡知道大家对他不满，便打算南下返回荆州。临行前，众人在城南为他饯行，事先设置了供帐，并相互告诫：“祢衡多次出言不逊，等他来晚了，我们就坐着不起来，以此作为回应。”等祢衡到了，众人果然都坐着不动。祢衡见状，便放声大哭。众人问他为何如此，祢衡说：“在这一群行尸走肉之间，能不让人感到悲哀吗？”祢衡南下见到刘表，刘表对他以礼相待。将军黄祖驻扎在夏口，黄祖的儿子黄射与祢衡交好，祢衡便跟随黄射到了夏口。黄祖欣赏祢衡的才华，每当席中有贵宾时，就会让祢衡与他们交谈。后来祢衡变得骄横傲慢，回答黄祖的话时，言辞轻慢，黄祖认为祢衡是在辱骂自己，大怒之下，命令侍从将祢衡拉出去。左右的人便把祢衡架了出去，最终将他杀害。臣松之因为本传中没有提及荀彧的容貌，所以在这里引用《典略》和《祢衡传》的内容来说明。另外，潘勖为荀彧撰写的碑文里，称赞荀彧“容貌英俊，仪表不凡”。《张衡文士传》记载：孔融多次向曹操举荐祢衡，希望曹操能与祢衡见面，可祢衡厌恶曹操，心中常常愤懑不平。因为祢衡患有狂疾，不肯前往，还多次发表不当言论。曹操听闻他的名声，想要羞辱他一番，便任命他为鼓史。后来到了八月初一，曹操大宴宾客，众人齐聚一堂。当时，按照规矩，鼓史击鼓完毕后，都要脱下旧衣服，换上新衣。轮到祢衡击鼓时，他演奏了一曲《渔阳参挝》，神情姿态与众不同，节奏精妙绝伦。在座的宾客听了，无不情绪激昂。祢衡演奏完后，却没有换衣服，官吏上前呵斥他，祢衡竟然当着曹操的面，一件一件地脱下衣服，裸身站立，然后慢悠悠地穿上裤子、戴上帽子，穿戴整齐后，又接着击鼓演奏《渔阳参挝》，脸上毫无羞愧之色。曹操见状，大笑着对在座的人说：“我本来想羞辱祢衡，没想到反被他羞辱了。”如今流传的《渔阳参挝》，就是祢衡创作的。孔融严厉地责备了祢衡，并传达了曹操的意思，希望祢衡能与曹操见面。祢衡答应了，说：“我会为了你去见他。”到了十月初一，孔融先去见曹操，说祢衡想要来拜见。可一直等到天色已晚，祢衡穿着粗布单衣，戴着粗布头巾，脚蹬草鞋，坐在曹操的军营门外，用手杖捶打着地面，大声辱骂曹操。曹操下令让外面的马厩立刻准备三匹精良的马，派两名骑兵护送，然后对孔融说：“祢衡这个小子，竟敢如此放肆！我杀了他就如同杀死一只麻雀、一只老鼠那样容易，但这个人向来有些虚名，远近皆知。如今要是杀了他，别人会说我心胸狭隘，容不下人。现在把他送给刘表，看看最终会怎么样。”于是命令骑兵把祢衡架到马上，由两名骑兵挟持着送到南阳。《傅子》记载：祢衡能言善辩，但言辞过于尖刻。他见到荆州牧刘表时，极力与刘表结交，刘表很高兴，把他当作上宾对待。祢衡对刘表的赞美之词不绝于口，但对刘表身边的人却毫不留情地批评。于是，刘表身边的人便趁机诋毁祢衡，他们对刘表说：“祢衡称赞将军您的仁德，连西伯侯都比不上，只是认为您做事不够果断；最终不能成就大业，必定是因为这个原因。”实际上，这些话是在指责刘表才智不足，并非祢衡的本意。刘表没有仔细调查，便疏远了祢衡，将他赶走。祢衡与刘表绝交，又在黄祖那里施展不出才华，最终身死名灭，成为天下人的笑柄，这都是那些诋毁他的人造成的。）。
曹操问荀彧：“谁能够代替你为我出谋划策呢？”荀彧回答说：“荀攸、钟繇可以。”在此之前，荀彧举荐谋士时，推荐过戏志才。戏志才去世后，他又推荐了郭嘉。曹操认为荀彧很有识人之明，他所举荐的人都很称职，只有严象担任扬州刺史、韦康担任凉州刺史时，后来遭遇了失败身亡的结局。（据《三辅决录注》记载：严象字文则，是京兆人。他年少时聪慧博学，有胆有识。以督军御史中丞的身份前往扬州讨伐袁术，恰逢袁术病逝，于是他便被任命为扬州刺史。建安五年，严象被孙策的庐江太守李术杀害，年仅三十八岁。严象的同郡人赵岐撰写了《三辅决录》，他担心当时的人不能完全理解他的意图，所以将这本书藏了起来，只给严象看过。韦康字元将，也是京兆人。孔融在给韦康的父亲韦端的信中写道：“之前元将（韦康）前来，我发现他才华出众，品德高尚，风度高雅，志向远大，是当世的杰出人才。昨日仲将（韦诞）又来，他性情忠厚老实，文思敏捷，为人诚恳，是能够守护家族的人。没想到，您这只老蚌，竟然孕育出两颗如此珍贵的珍珠，实在令人珍视。”韦端从凉州牧的职位上被征召为太仆，韦康接替他担任凉州刺史，当时的人都认为这是很荣耀的事。后来，韦康被马超围困，坚守了很长时间，但救援的军队一直没有赶到，最终被马超杀害。仲将就是韦诞，他的事迹在《刘邵传》中有记载。）