五十六岁，善导大师移驻京师，驻于京师的实际寺，实际寺后改名为温国寺。
六十岁善导大师受唐高宗的敕请，为检校僧。这个检校僧，是个什么职务呢?就是在僧人里面负责检验、 校对、勘验的僧官、有点像建筑上的监理，但是比监理职务大，又基本兼职项目经理，既是建造又是质检一条龙、一手抓、任职具体所为何事?督造洛阳龙门卢舍那大佛以及奉先寺。洛阳龙门石窟卢舍那大佛，便是由善导大师亲自负责督导，60岁开始建造，直到63岁才全部完工。
永隆二年(公元681年)三月十四日，善导大师在长安示现灭度，神返净土。身体柔软，容色如常，空中异香妙乐，久久方歇。这是大师灭度的时候、涅盘时候的奇异的景象。整个长安城大众悲仰，倾城哭送，哀别之盛、万里空巷。
后来，善导大师的弟子怀恽等，将大师的遗骸葬于终南山麓神禾原，立十三层“崇灵塔”，并于塔旁建了赫赫有名的香积寺，作为永志之所。唐高宗皇帝以及武则天经常去礼敬并大兴供养。
五部九卷即善导大师留世的五部作品，《观经四帖疏》，就是《观无量寿经》的注疏，一共有四个章节，简称四帖、叫《观经四帖疏》，其中以此“观经疏”为净土宗开宗立教的根本教典，建立“一向专念弥陀佛名为往生正定业，顺彼佛愿故”以此理论。
古今大德都尊善导大师所着这部《观经四帖疏》为净土宗“楷定疏”或“证定疏”--“此意已经请证定尽”。善导大师在《观经四帖疏》最后告诉大家，我这个《观经四帖疏》已经请佛菩萨论证过，并且已经论证结束，完备无缺啊!后世大家“一字一句，不得加减，欲写者一如经法，应知”。就是要把它像佛祖的经典、经论一样去看，不可以增加跟删减一个字，应知啊应当知道。
因此，《观经四帖疏》作为楷定古今的净土宗开山之作，奉为金科玉律，应崇敬如经文一般。净土宗十三祖 -近代1940年圆寂的苏州灵岩山寺印光大师，赞叹这部《观经四帖疏》为净业行人之指南针。但凡是修净土法门的人，都以《观经四帖疏》为指南。另外《法事赞》、《观念法门》、《往生礼赞》、《般舟赞》这四部,则是分别围绕阿弥陀佛进行读诵、观察、礼拜、赞叹四种助业的净土修行方法。
善导大师在他的理论体系中，一共楷定了五种正业。五种正业里面，念佛是最主要最核心的行业。其他还有四种正业，则属于助业。哪四种助业呢?便是读诵、观察、礼拜、赞叹。因此，其他四部五卷每一部，分别介绍一种助业的修行法门，以导归“一向专称弥陀佛名”的这个正定业。
善导大师对净土修持，“专精”这个问题，特别注重。大师认为修净土行业，要认真、要专、要精、不要夹杂。他认为:能否做到专与精,是决定能否成功往生西方极乐世界的关键!他说:往生极乐世界，十即十生，百即百生，何以故?为什么?因为持名念佛，而且一向专念啊!大师所说十个人念佛十个人生、百个人念佛百个人生，所有都可以成功往生西方极乐世界。什么原因?是因为一向专称弥陀佛名的净土修行众生，可以达到如下效果:无外杂缘得正念故，与佛本愿得相应故，不违教故，随顺佛语故。没有一切外境的乱七八糟的杂缘杂修,一向专念，专念佛名号，便是正念。这个一向专念、认真老实念佛，持续不停念佛，与阿弥陀佛本愿，是完全相应的，是不违背释迦牟尼佛的教义的，是随顺十方三世一切诸佛之语的。
反之，则“百时稀得一二，千时稀得三五”。如果你不修正定业，不修“一向专称弥陀佛名”，而去从事其他杂行杂修的方法，什么念各种大经啦、花大量时间去拜忏啦，用这些自力的些许修行积累，来回向西方极乐世界。麻烦了，靠这样的修行方法想往生安乐国，善导大师认为:百个人里面，可能就一两个能成功；千个人里面，也就三五能成功。为什么呢?因为杂缘乱动，正定业失去，正念失去，与佛本愿不相应，与教相违，不顺佛语故。后续章节我们详细引用大师原作进行讲解，此地不展开。
善导大师的着作中，反复的、苦口婆心的劝诫世人。比如《观经四帖疏》，写的文字非常优美，后世许多大德引用:
归去来，魔乡不可停。旷劫来流转，六道尽皆经。到处无余乐，唯闻愁叹声。毕此生平后，入彼涅盘城。
归去来，魔乡不可停。什么意思?我们在六道里面轮转，在娑婆世界、五浊恶世之中轮回转世，念念贪、嗔、痴、慢、疑、念念财、色、名、食、睡。在这儿受苦，太可怕了!所以大师劝众生:不要在这儿停留啊，赶紧回家去!回哪儿去，哪儿是你的家?西方极乐世界是你的家。不要在这儿停留，否则有的受苦啊!只有到了西方极乐世界之后，你才知道完美世界有多好。那个时候才了解，在我们这里，只能听到愁叹忧苦之声，多么的可怕，因此大师劝导众生要尽此一生，发心老实念佛，一定要入涅盘城!西方极乐世界讲究的是一生成就，所以入彼涅盘城意思就是往生西方极乐世界。
后世还有这样一种说法，净土宗流传后世又分化为三个流派:专称佛名的少康流，重悟解的慧远流，以及教神戒净兼修的慈愍流。那么从善导大师的五部九卷的核心意义去分析，与善导思想最契合的，讲究纯、专精、不掺杂的，应该就是专称佛名的少康流。
其他几个法门对不对呢?应该说都没有错，认真修也可以往生西方极乐世界啊!但是按照善导大师的理论，如斯修行就有一部分是杂行杂修，也就导致有可能功夫打折扣。非上根器之人不一定能成就!当然，各花入各眼，尤其是佛祖灭度已三千年。现今每一个人对于佛经的理解都不一样，每一个人根器也都不一样，各人有各人的因缘。
在善导大师着作的五部九卷中，其阐述的净土思想要点是非常丰富、博大精深的。要点如下:第一，决定深信，相信自己绝对是罪恶生死凡夫。
第二，决定深信，深信阿弥陀佛，本愿摄受众生，绝对没有犹豫。
“四十八大愿”里面第十八愿叫根本愿。“若我成佛，十方众生，愿生我国，称我名字，下至十声:乘我愿力，若不生者，不取正觉”。上面这段文字是善导大师对《无量寿经》中第十八愿的解释。为什么我们凡夫念佛会往生呢?是因为阿弥陀佛的发的大愿，阿弥陀佛慈悲愿力摄取我们去的。我们自己是没本事去。那么愿力如何得以收受?愿力通过一向称念的南无阿弥陀佛六字名号得以收受!
第三，“欲使今时善恶凡夫，同沾九品，深信无疑”。
善导大师的理论要所有的善的凡夫、恶的凡夫，乃至小乘四果、大乘菩萨，从罪恶生死凡夫到一生补处菩萨，同信无疑，乘佛愿力，悉得生也。
当然，他还希望后世净土修行的四众弟子们，在临命终时，心不颠倒、心不错乱、心不失念，身心无多痛苦、身心快乐、如入禅定等等……后文详细讲解。
善导大师还有很多很神奇的感应，非常灵异。今略说一二。
据说，善导大师在作《观经四帖疏》的时候，每夜有一位圣僧(阿弥陀佛化身)到他的梦里面，指示他如何写作。
善导大师在长安城中，每念一声佛，口出一道光明，声声如是。这个就不需要你有证量，凡夫都能看到。可惜，咱们晚了一千多年，没福报，没见着。
善导大师在念佛的时候，如意杖一指，满堂佛像放光为善导大师证诚。
大师手指西方，西方空中马上显现出极乐世界，恶人一见，立即放下屠刀，念佛往生。
善导大师刚到长安的时候，路过浐水，预言三年化满长安。结果就是三年以后，整个长安城家家阿弥陀、户户观世音，长安城里的屠夫都直接下岗了。生意也做不好，肉卖不出去，所以才有了“放下屠刀，立地成佛”的典故!
善导大师往生西方极乐世界一百多年之后，少康大师在洛阳白马寺殿中，看到大师的《西方化导文》屡屡放出光明，光中间又有无数的化佛化菩萨。也因此，少康大师才启发信心，立即前往长安瞻礼大师影堂。在少康大师瞻礼大师遗像的时候，大师的遗像又化为佛声，告诉少康大师:你依照我这个教法，利乐众生，一定同生西方极乐世界，所以后来少康大师每念一声佛，随口便出一道佛光，光中有一尊佛像，少康大师也被称为“后善导”。
时至今日，善导大师以及他的灵塔、着作等神秘的感应事迹，常被世人津津乐道。