三年时光匆匆流逝，原本宁静的“绿之家”被怪物全面入侵，居民们被迫背井离乡，踏入充满未知危险的外界。林晚晴望着怀中漆黑如怪物的小女孩，满心都是纠结与痛苦，她曾动过杀念，可终究狠不下心。而沈星河竟奇迹般还活着，这些年他将小女孩悉心抚养长大。林晚晴只能远远守望，内心满是疑惑，为何小女孩出生就似怪物，她怀疑是自己的欲望作祟 。当那群神秘人现身，激活了小女孩体内的怪物力量，从那以后，林晚晴便给小女孩戴上手套，生怕她被坏人利用。
苏念安被救起，惊讶地发现救自己的人是沈星河，才明白之前误以为是苏念晨救自己是个误会。沈星河神情冷漠地转身离开，小女孩无法相信沈星河的态度，她满心厌恶人类，觉得人类就像自己的妈妈一样，总是伤害自己。沈星河得知她们的房子起火，心头涌起不祥预感，急忙朝着船上狂奔而去。小女孩能敏锐感应到林晚晴对自己的不喜，这让她对人类更加难以产生好感。
林晚晴回到船上，却因火势太过凶猛而晕倒。曾经那只小小的怪物出现，一心想要救她，却因体力不支也受了伤。沈星河赶到时，看到她们晕倒在地，赶忙将她们救下。林晚晴醒来后满心自责，她觉得自己想要杀死小女孩的念头被察觉了，实在无法接受自己的孩子是怪物这一事实。
沈星河将昏迷的林晚晴安置在临时搭建的避难所，小女孩蜷缩在角落，漆黑的指尖无意识地抠着地面，留下道道焦痕。突然，避难所外传来金属摩擦的刺耳声响，沈星河警惕地抄起自制长矛，却见一个身披残破机甲的身影缓缓走来——是失踪已久的陆野。
“小心！他身上有神秘人的能量波动！”苏念安突然从暗处冲出，手中的激光切割器直指陆野。陆野摘下头盔，露出半边机械义体，眼中闪烁着诡异的蓝光：“我是来帮你们的。”他扔出一枚数据芯片，里面是神秘人基地的全息地图，“小女孩的怪物形态，是他们用远古基因库改造的实验品。”
林晚晴挣扎着起身，抓住芯片的手微微颤抖：“你怎么知道这些？”陆野沉默片刻，机械义眼投射出一段记忆画面：实验室里，神秘人首领正对着巨大的培养舱狞笑，舱内漂浮的胚胎赫然与小女孩有着相同的黑色纹路。
就在这时，地面突然剧烈震动，无数藤蔓破土而出缠住避难所。小女孩惊恐地尖叫，身上的怪物纹路开始疯狂蔓延。沈星河将她护在身后，却发现藤蔓在接触到小女孩的瞬间，竟转化成散发着恶臭的黑色液体。陆野神色凝重：“是神秘人的追踪孢子，他们知道我们的位置了。”
苏念安迅速启动随身携带的干扰器，可孢子群却像有了智慧般，避开干扰区域继续逼近。林晚晴突然抓住小女孩的手：“试试用你的力量！就像那次保护我一样！”小女孩眼中闪过一丝犹豫，随即周身爆发出耀眼的金光，所有孢子在光芒中化为灰烬。
远处传来神秘人的冷笑，无数飞行器遮蔽了天空。陆野展开机甲的防护罩：“往西南方向跑，那里有个废弃的地下城。”沈星河背起林晚晴，苏念安垫后，一行人在怪物与炮火中拼命奔逃。而小女孩回头望向天空，金色瞳孔中倒映着神秘人的标志，记忆深处似乎有什么正在苏醒……
救援行动与意外冲突，陈勇毅决心去救林宇轩，周明远派许博士与他一同前往，吴嘉城也主动请缨加入。神父组织告解会，林诗瑶在会上尽情发泄心中的不满与压抑，她对神父的故事充满好奇，可神父却沉默不语，没什么可说的。赵队长察觉到事情不对劲，便找林诗瑶帮忙。
陈勇毅一行人出发前往栗岛营救林宇轩，途中许博士去上厕所时惊动了怪物，双方瞬间展开激烈打斗，谁也没注意到许博士偷偷拿走了怪物的东西。与此同时，苏小棠误给宋子谦吃了毒蘑菇，导致他中毒，差点丢了半条命。
张叔一直喜欢林诗瑶，却遭到拒绝。一次偶然，张叔听到奇怪的声音，周明远等人随后发现体育馆内藏着怪物。周明远神色凝重，警告大家不要轻易相信任何人，甚至亲手割伤手臂，让大家时刻保持警惕，千万别被怪物吞噬。赵队长对此提出质疑，可关键时刻突然停电了，大家都没看到，周明远割伤的手臂竟自动愈合了。
栗岛的密林中，陈勇毅一行人与怪物的打斗声惊起无数飞鸟。吴嘉城举着自制火把挡在前方，火光映照出许博士藏在背包里的神秘物体——那是一枚散发着幽绿色光芒的晶体，表面纹路如同活物般蠕动。“快跟上！”陈勇毅斩断缠来的藤蔓，却没发现许博士悄悄将晶体揣进怀中，眼中闪过一丝阴鸷。
另一边，基地内气氛愈发诡异。林诗瑶在停电瞬间摸到了周明远愈合的手臂，冰凉的触感让她毛骨悚然。恢复供电后，她将此事告知赵队长，两人决定暗中监视周明远。而张叔仍不死心地跟在林诗瑶身后，无意中听到周明远在废弃储物间与神秘人通话：“实验体即将苏醒，该执行b计划了......”
栗岛上，众人终于找到囚禁林宇轩的洞穴。然而洞内空无一人，只留下满地干涸的血迹和刻在岩壁上的奇怪符号。许博士突然癫狂大笑，晶体爆发出强烈光芒，无数触手从地下钻出将众人缠住：“你们以为真能救人？栗岛本就是培育怪物的温床！”关键时刻，吴嘉城用匕首刺向许博士手中的晶体，爆炸产生的冲击波将众人掀翻在地。
基地这边，周明远察觉到事情败露，启动了体育馆的防御系统。巨型铁门轰然落下，将林诗瑶和赵队长困在中央。四周墙壁裂开缝隙，数十只变异怪物蜂拥而出。千钧一发之际，张叔举着从厨房抢来的液化气罐冲进战场：“诗瑶！带着其他人走！”随着一声巨响，火光吞噬了张叔和大部分怪物，林诗瑶含泪转身，却看见周明远带着一队神秘人站在安全区，手中拿着控制怪物的遥控器。
而在爆炸的余波中，昏迷的陈勇毅恍惚间看到一个熟悉身影——本该被囚禁的林宇轩浑身浴血，眼神空洞地站在悬崖边，身后是密密麻麻的怪物大军，天空中更有无数不明飞行物朝着基地方向飞去......
栗岛探险与未知恐惧，历经一年，栗岛已重回原始丛林的模样。陈嘉远和林景行分成两组行动，可双方都遭遇了诡异之事。子航突然被攻击并被带走，两组之间的信号也被切断。许博士四处乱跑，竟闯进了怪物孵化窝，看到巨大的怪物蛋，他兴奋不已。陈嘉远赶忙提醒他别碰任何东西，当务之急是去找梓轩。林景行联系不上陈嘉远，慌乱中眼睁睁看着子航被怪物带走，这一幕差点让他精神崩溃。雨薇赶紧使劲拉住林景行，将他带到安全的地方。
苏若璃奄奄一息，全身被严重烧伤，陆承安急忙将她带到叶知夏所在之处。老周对陆承安充满怀疑，直接开枪射击，叶知夏见状，用小棠威胁老周。小棠经过一番思考，想通了，拉着老周离开，说不想再管他们的事。周正再次产生幻觉，他在镜子里看到了另一个自己，怪物的模样在他脑海中浮现，让他不禁想起女儿和妻子的死，内心满是愧疚。
在栗岛深处，许博士不听劝阻，伸手触碰怪物蛋表面黏液，瞬间被一道猩红光束笼罩。无数细小的怪物幼体从蛋中钻出，顺着他的手臂疯狂钻入体内。陈嘉远挥刀砍向怪物群，却见许博士身体开始膨胀变形，皮肤下凸起蠕动的肿块，最终化作一只浑身长满尖刺的巨型怪物，发出震耳欲聋的嘶吼。
与此同时，林景行和雨薇躲在废弃的研究所里，发现了一本沾满血渍的日记。日记显示，栗岛本是秘密生物实验基地，而他们寻找的梓轩，竟是最重要的活体实验样本。还没等他们反应过来，墙壁轰然倒塌，一只形似章鱼的怪物伸出触须将雨薇缠住，林景行举起信号枪扣动扳机，刺眼的光芒暂时逼退怪物，却也暴露了他们的位置。
在基地这边，苏若璃在叶知夏的救治下勉强保住性命。陆承安看着她布满烧伤的脸庞，暗暗发誓要查出真相。此时，老周和小棠在撤离途中，发现了周正与神秘组织的通信记录，原来他一直在暗中协助对方进行怪物培育实验，而他的幻觉，正是逐渐被怪物基因侵蚀的征兆。
当老周愤怒地质问周正时，周正突然暴起攻击，他的手臂化作利爪，眼中闪烁着诡异的红光。混乱中，小棠为保护老周被划伤，伤口处迅速浮现黑色纹路。陆承安等人赶到时，只看到倒在血泊中的老周，和已经彻底怪物化的周正。而小棠躲在角落，身体正发生着可怕的异变。
栗岛上，陈嘉远在与变异的许博士战斗时，意外触发了基地的自毁程序。倒计时开始的警报声中，他与林景行等人会合，却发现梓轩已被改造成半人半机械的怪物，眼神空洞地执行着神秘组织的指令。在爆炸的轰鸣声中，众人带着重伤的梓轩拼命逃亡，身后的栗岛化作一片火海，而更大的危机，正朝着幸存者们悄然逼近......
栗岛的爆炸声如闷雷滚过海面，陈嘉远背着昏迷的梓轩跌跌撞撞冲向海岸。林景行举着燃烧的树枝开路，却在沙滩上发现密密麻麻的黑色脚印——那些脚印边缘带着黏液，蜿蜒向停泊在礁石后的快艇。
“有埋伏！”雨薇话音未落，子弹突然穿透她头顶的树干。陈嘉远将梓轩推进掩体，转身时看见数十个蒙着防毒面具的人从阴影中走出，为首者举起扩音器：“交出实验体，饶你们不死。”林景行这才惊觉，梓轩机械义眼正闪烁着诡异的红光，像是某种信号发射器。
另一边，小棠的手臂传来撕裂般的疼痛，黑色纹路顺着血管爬向心脏。陆承安死死按住她，将许博士遗留的晶体按在她伤口上。晶体接触皮肤的瞬间，所有快艇突然爆炸，火光中爬出无数蜘蛛状机械体，金属腿摩擦地面的声响令人头皮发麻。
苏若璃在废墟中翻出一台老式收音机，滋滋啦啦的电流声里，传来沙哑的冷笑：“栗岛不过是开胃菜，你们每个人……都是钥匙。”话音未落，收音机炸成碎片。林景行突然头痛欲裂，记忆如潮水涌来——他曾被绑在手术台上，戴着白大褂的人拿着注射器靠近他的脖颈。
周正的怪物形态再次出现，这次身后跟着大批变异者。老周临终前砸毁的监控器突然自动重启，屏幕上浮现许博士的脸——他的半边身体已替换成金属，机械臂正操控着蜘蛛群。“游戏才刚刚开始。”他的声音混着电流刺进众人耳膜，“你们以为自己是幸存者？不过是被圈养的实验品罢了。”
陈嘉远握紧沾着怪物血液的匕首，发现刀刃竟在微微发烫。小棠的异变纹路在晶体作用下开始消退，但她的瞳孔深处闪过一抹不属于人类的幽绿。许博士的机械大军逼近时，天空突然降下暴雨，雨水冲刷着沙滩，露出地下埋藏的巨大石碑——上面刻满了与梓轩机械义眼相同的符号。
“这些年你们寻找的‘真相’，其实是场骗局。”许博士的投影扫过众人，最终定格在小棠身上，“而她，才是打开‘深渊计划’的关键……”话音未落，远处传来警笛声。众人望着警车闪烁的红蓝灯光，不知这场暴雨，究竟是救赎，还是更黑暗阴谋的开始。