有人选择臣服，有人选择反抗，这对李旦来说并不觉得有什么稀奇的。此时的明军刚在马尼拉站稳脚跟，并不适合即刻出兵讨伐那些不臣的势力。
不过，路上的事情他管不了，但海面上那就是他责无旁贷的责任了。
于是，他将四十艘巨舰分成了十支分舰队，其中两支往返于广东与菲律宾之间，负责为来往的商船保驾护航，两支驻扎在马尼拉港内外，负责保护明军在菲律宾的落脚点。
另外六支分舰队配备了数十艘四、五级战舰后，在华人向导的带路下，开始了打击菲律宾群岛非法武装的任务上。对于明人来说，任何不愿意臣服于己的势力都被安上了敌人的称谓。自然而然的，他们的船只、城池便都成了明军打击的目标。
对于群岛上的土着来说，捕鱼是他们生存的唯一途径，没了船只就等于断了他们的生路。在他们的首领的率领下，这些土着们乘着小船勇敢的冲向了侵略者。
对于这些螳臂当车的土着，明军只有用炮弹才能宣示自己的存在。在四处激射的炮弹中，无数的土着及他们的小型船只被击沉在群岛各处海域。
直到十二月底，第一任菲律宾总督洪承畴到任时，短短五个月时间，明军舰队共击沉大小土着船只上千艘，俘虏两千余艘。并打死了敢于反抗的土着万余人，俘虏两万余人。
而这五个月的时间，两万步兵也没有闲着，他们以营为单位，开始了自己在吕宋群岛上的征战之路。他们往北征服了依哥洛特诸部，打死两千余土着，俘虏了八千余人，自身仅付出了五十余人的伤亡。
随后，他们又征服了更为北面的伊洛克部落。除了少数逃入深山老林的土着之外，大部分均被明军俘虏，成了总督府免费的矿工。吕宋岛北部自古以来盛产黄金，在西班牙殖民的这几十年时间里，他们以无畏的抗争，使得兵力不足的西班牙人始终无法在该地站稳脚跟。
而明国人一来，却能如此迅速势如破竹的拿下这些地区，主要还是当地贵族仰慕天朝上国的基因在作祟。对于可以团结的力量，总督府自然也不会将他们往敌人的怀抱里推。
对于土着，总督府只有一个明确的方针，那便是二十多年前未参与残杀华人的贵族地主阶级，只要真心拥护明国的统治，便可以到总督府领取明人的户籍。只有领取了户籍的土着，才可以将他们的子女送往总督府在各地区成立的各级学校，学习汉人知识，学说汉语，使用明国的货币——龙元。
能成为光荣的明人，这在菲律宾土着眼中那是八辈子修不来的福分。于是，各地都出现了贫民、奴隶举报某某贵族曾经参加过针对华人的屠杀事件。随即，总督府便派出军队前往逮捕那些罪犯。作为被举报的家族，你不反抗还好，一旦反抗，便成为了军队首要镇压的目标。即便是事后发现是无效检举，总督府也不会再放这个家族重回故土，而是转移至其他地区安置。
在一番连敲带打的组合拳下，各地方固有的势力不断瓦解。而更多的，来自福建、广东、浙江沿海的汉人被充实到菲律宾各个地方，即便是来自这几个省份的普通老百姓，也会在总督府的照应下，摇身一变，成为了菲律宾人上人。
天启八年二月，就任三个月总督的洪承畴，亲率八千火枪兵，踏上了讨伐不臣势力——棉兰老岛的马京达瑙苏丹国。
在得到明军讨伐不臣的消息，顿时，棉兰老岛彻底沸腾。无数个土着部落紧密的联合在了马京达瑙苏丹的周围，同时这个联盟也招募了上万士兵，准备与来自明国的侵略军殊死一搏。
此时，早已投靠明国的苏禄苏丹国自然不会放过这个表现的机会，他们的苏丹同样集结了千余人的士兵，从棉兰老岛南部登陆，配合明军来了个南北夹击。
对于同为伊斯兰教苏丹国，苏禄苏丹国的背叛，棉兰老岛联军是始料不及的，他们被打了个措手不及。在短短的半个月时间里，明苏联军迅速击溃了反抗势力的主力部队，打死、俘虏土着两万余人。
随后的半年时间里，源源不断的来自吕宋的明国土着军抵达棉兰老岛，总督洪承畴发动了对群岛的焦土之战。对岛上的不臣之摩洛、米沙鄢等土着部落展开了疯狂的屠杀。
棉兰老岛的地形以山地高原为主，85%的土地为山地，平原仅分布在沿海地区，森林覆盖率较高，达到了66%。几乎等于说，明军只要占领了全部沿海地区的平原，土着们要想活命，就得往深山老林里钻，而这些原始森林里还有无数的毒虫蛇蚁在等待着他们的到来。
明军在棉兰老岛发起的焦土之战，一直持续到了天启十一年，这场耗时将近三年的战役，使得原本有着五十万人口的棉兰老岛最后仅有不到二十万活了下来。在占领了全部平原地区之后，洪承畴果断的派出了数千装备了火绳枪的土着军负责绞杀丛林中的土着部落。他将以夷制夷的策略运用到了炉火纯青的地步，因此，使得在岛明军士兵少死了数千人。
洪承畴在菲律宾省的声望空前高涨，其对菲律宾土着的心狠手辣，以及对大明子民的宽宏大量，形成了鲜明的对比。被菲律宾无数土着视为魔鬼的他，直到天启十五年离任时，菲律宾再也没有发生任何大规模的反叛。
正是在他的高压统治之下，原本有着两百万人口的土着，最后在天启十五年时，仅活下来不到七十万。而数千座原本生活着的数百个部落、民族，均被其强制性迁徙、安置到了吕宋岛明人活跃的区域。
而几乎被屠戮一空的棉兰老岛，其则迁徙来数十万明国移民，以及数万朝鲜、日本人以及其他东亚人种。
天启十五年，菲律宾全年累计运往国内的黄金达到了一百万两，铜五百万斤，各种香料无数。天启十六年，洪承畴晋升为南安侯，世袭罔替。这也是朱由校对其在菲律宾八年辛勤耕耘的回报。
而那个时候的菲律宾，已经成为了大明在南海的转运站，几座大型岛屿上，生活着三百万来自明国、朝鲜、琉球、日本、安南的移民，这些人成为了明朝在菲律宾的统治基础。借由这些移民的帮助，明朝牢牢掌控了这个南海的窗口，直至数百年之后。
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