清晨的阳光透过帝丹小学的玻璃窗，在1年b班的课桌上投下长方形的光斑。工藤夜一背着书包走进教室时，灰原哀已经坐在靠窗的位置上，手里拿着一本摊开的科学绘本，指尖轻轻划过书页上的行星图案。
“早啊，灰原。”夜一放下书包，自然地坐在她旁边的座位，从背包里掏出一盒草莓味的牛奶，“昨天路过便利店买的，还是冰的，你要不要喝？”
灰原抬起头，眼底带着刚睡醒的浅淡暖意，她接过牛奶，指尖碰到冰凉的纸盒，轻声说：“谢谢。”晨光落在她的发梢，把浅棕色的头发染成了柔和的金色，夜一看着她拆开吸管包装的小动作，嘴角不自觉地弯了弯。
上课铃响起时，小林老师抱着教案走进教室，黑板上很快写满了算术题和假名。灰原听得很认真，偶尔会在笔记本上记些什么；夜一则时不时转头看她，有时会在她遇到难题时，悄悄用铅笔在草稿纸上写下解题思路，推到她面前。柯南坐在斜前方，偶尔回头看到这一幕，总会露出了然的笑容。
一天的课程过得很快，放学铃声响起时，元太已经迫不及待地背上书包，冲到教室门口：“夜一！灰原！柯南！快走吧，少年侦探团的活动室今天有新零食哦！”光彦和步美也跟在后面，手里拿着刚画好的侦探团徽章。
六人一起往活动室走去，路上，步美蹦蹦跳跳地说：“听说今天会有同学来委托我们帮忙呢！”元太眼睛一亮：“委托？是找失踪的猫咪，还是找回丢失的玩具？不管是什么，只要能破案，我就请大家吃鳗鱼饭！”
刚走进活动室，就看到一个瘦小的男孩坐在角落的椅子上，双手紧紧攥着书包带，看起来有些紧张。看到他们进来，男孩立刻站起身，小声说：“你们就是少年侦探团吗？我叫俊也，是2年c班的，我想请你们帮忙找我哥哥。”
柯南走过去，蹲下身和他平视：“俊也，你哥哥什么时候不见的？他有没有说过要去什么地方？”
俊也的眼眶微微发红：“昨天下午放学，哥哥说要去给我买漫画，就再也没回来。我们去派出所报了警，可警察叔叔说还没到失踪时间，让我们再等等……”他说着，从口袋里掏出一张照片，照片上的男孩穿着蓝色校服，背着黑色的书包，笑容很阳光，“这是我哥哥，他叫直树。”
夜一接过照片，仔细看了看：“你哥哥有没有什么特别的习惯？或者最近有没有提到过什么特别的人或事？”
俊也皱着眉头想了想，突然眼睛一亮：“对了！哥哥房间里有一幅夏目漱石的肖像画，前几天有个穿黑色连衣裙的女人来我们家，说很喜欢那幅画，想花很多钱买下来，但哥哥说那是爸爸留下的遗物，没卖给她。”
“黑衣女人？”柯南的眼神瞬间变得严肃起来，他立刻追问，“那个女人长什么样子？有没有说过自己的名字？”
俊也摇了摇头：“她戴着墨镜和帽子，看不清脸，说话声音很低，没说名字，只问了画的事情。哥哥说她看起来很奇怪，让我以后看到她要躲远一点。”
柯南和夜一对视一眼，都从对方眼里看到了警惕——黑衣、神秘、对特定物品感兴趣，这些特征都和他们一直在追查的黑衣组织隐隐重合。夜一拍了拍俊也的肩膀：“别担心，我们会帮你找到哥哥的，现在先带我们去你家看看那幅画吧。”
众人跟着俊也来到他家，那是一栋老旧的两层小楼，院子里种着几棵樱花树。走进直树的房间，首先映入眼帘的就是挂在墙上的夏目漱石肖像画，画框有些陈旧，但画面保存得很完好。柯南仔细观察着画像，没发现什么特别的痕迹，夜一则在房间里四处查看，书桌抽屉里放着几本漫画书和笔记本，书架上摆着很多文学类书籍，看起来没什么异常。
“你哥哥有没有说过这幅画有什么特别的地方？”灰原走到画像前，手指轻轻拂过画框边缘，“比如画的背面，或者有没有藏着什么东西？”
俊也挠了挠头：“哥哥说这幅画是爷爷传下来的，除了是遗物，好像没什么特别的……不过前几天他好像在画的背面贴了什么东西，我问他，他说只是张便签。”
夜一小心地把画从墙上取下来，翻到背面，果然看到一张黄色的便签纸，上面用铅笔写着一串数字：“3-15，7-22，12-9”。柯南皱着眉头：“这看起来像是坐标，或者是某种暗号？”
就在这时，元太的肚子咕咕叫了起来，他不好意思地摸了摸肚子：“那个……我们能不能先去吃点东西？我知道附近有一家便利店，里面的三明治超好吃！”
众人只好暂时放下线索，跟着元太往便利店走去。刚走进便利店，柯南就注意到收银台前站着一个穿黑色夹克的男人，他正拿着一张万元纸币付账，收银员接过钱后，皱着眉头看了看，又对着灯光照了照，小声说：“先生，这张钱好像有点问题，能不能换一张？”
男人的脸色瞬间变得阴沉，他一把夺过钱，恶狠狠地说：“你什么意思？这钱是假的？我看你是不想做生意了！”说完，他转身就往店外走，脚步匆匆，看起来很慌张。
柯南立刻跟了上去，对身后的众人小声说：“那个人的钱肯定有问题，我们跟着他，说不定能找到假钞团伙的窝点！”夜一立刻点头，示意大家保持距离，不要被发现。
男人沿着街道往前走，时不时回头张望，确认没人跟踪后，拐进了一条偏僻的小巷。柯南等人躲在巷口的拐角处，看着男人走进一栋破旧的居民楼。夜一拿出手机，悄悄拍下了居民楼的地址，然后对柯南说：“我们先回去报警，等警察来了再行动，这里太危险了。”
柯南点点头，刚要转身，就看到男人又从居民楼里走了出来，手里多了一个黑色的背包，他快步走向巷口，似乎要去什么地方。柯南当机立断：“我们跟上去，看看他要去哪里！”
众人跟着男人穿过几条街道，来到一个废弃的工厂门口。男人左右看了看，推开虚掩的大门走了进去。柯南等人躲在工厂外的草丛里，透过窗户看到里面有三个男人正在整理一叠叠的纸币，地上还放着几台印刷机——这里果然是假钞团伙的窝点！
夜一立刻用手机拨打了报警电话，向警方说明情况和地址。没过多久，警车就呼啸而至，警察们冲进工厂，将正在制作假钞的团伙一网打尽。那个在便利店使用假钞的男人也被当场抓获，他看着突然出现的警察和少年侦探团，脸色惨白，再也没有了之前的嚣张。
解决了假钞事件后，众人送俊也回家。在路上，灰原突然停下脚步，对柯南说：“柯南，我有话要跟你说，关于黑衣组织的事情。”
柯南和夜一都愣住了，他们没想到灰原会突然提起这个。三人走到路边的公园长椅上坐下，元太、光彦和步美则在不远处的滑梯旁玩耍。
灰原看着地面，声音很轻，却带着不容置疑的认真：“柯南，你其实就是工藤新一吧？你被黑衣组织灌下的药物，名叫Aptx4869，而研制这种药物的人，就是我。”
柯南的身体瞬间僵住，他瞪大了眼睛看着灰原，不敢相信自己听到的话：“你……你说什么？Aptx4869是你研制的？”
“没错。”灰原抬起头，眼底带着一丝痛苦和愧疚，“我原本是黑衣组织的成员，代号‘雪莉’，负责药物研发。我姐姐宫野明美因为反抗组织，被琴酒杀害，我为了替姐姐报仇，故意销毁了部分药物资料，结果被组织囚禁起来。后来我吞下了Aptx4869，身体缩小，才从组织里逃了出来，被阿笠博士收留。”
夜一坐在旁边，脸色也变得严肃起来：“所以，俊也提到的黑衣女人，会不会就是组织的人？他们找夏目漱石的肖像画，是不是和药物资料有关？”
灰原摇了摇头：“不确定，但组织一直在寻找和药物相关的资料，我之前销毁的只是一部分，还有一些资料散落在外面。我记得有一位名叫广田正巳的教授，他曾经和我一起研究过Aptx4869，手里有一张保存着重要资料的软盘，说不定组织已经盯上他了。”
柯南立刻站起身：“我们必须尽快找到广田教授，不能让软盘落入组织手里！”他拿出手机，拨通了阿笠博士的电话，“博士，你知道广田正巳教授的地址吗？我们有很重要的事情找他！”
阿笠博士很快就发来了地址，三人立刻告别元太等人，坐上出租车往广田教授家赶去。路上，柯南看着灰原，轻声说：“对不起，之前一直不知道你的经历……”
灰原摇摇头，嘴角露出一丝淡淡的笑容：“没关系，现在我们是同伴，不是吗？”夜一看着两人，轻轻点了点头——从今天起，他们又多了一个共同的目标，那就是对抗黑衣组织，保护彼此。
出租车停在一栋白色的小楼前，这里就是广田教授的家。柯南按了按门铃，却没有人应答。阿笠博士也赶到了，他皱着眉头说：“我刚才给教授打电话，一直没人接，不会出什么事吧？”
夜一试着推了推大门，发现门没有锁，他轻轻推开一条缝，小声说：“里面好像没人，我们进去看看。”
四人走进客厅，一股奇怪的味道扑面而来。客厅里一片狼藉，电话掉在地上，书散落得到处都是，一副西洋棋被打翻在茶几上，棋子滚得满地都是。最让人触目惊心的是，客厅角落的柜子倒在地上，柜子下面似乎压着什么东西。
柯南快步走过去，小心翼翼地掀开柜子，发现广田教授躺在地上，脸色苍白，已经没有了呼吸。阿笠博士立刻拨打了急救电话和报警电话，声音带着颤抖：“教授……他已经死了……”
灰原站在原地，看着倒在地上的广田教授，眼底满是震惊和悲伤——这是又一个因为Aptx4869而失去生命的人，而她，就是药物的研制者。夜一走到她身边，轻轻拍了拍她的肩膀，无声地安慰着她。
很快，目暮警官带着高木涉和佐藤美和子赶到了现场。经过法医初步检查，广田教授的死因是头部受到重击，而重击他的正是倒下的柜子，死亡时间大概在昨天晚上7点到9点之间。现场的门窗都没有被破坏的痕迹，门是用钥匙从里面锁上的，警方初步判断这是一起意外——教授可能在整理柜子时，不小心让柜子倒下来砸到了自己。
“这不是意外。”柯南蹲在地上，仔细观察着散落的物品，“你们看，电话的听筒掉在地上，电话线却没有被扯断，说明是有人故意把听筒放在地上的；还有这些书，虽然散落一地，但都是从书架上同一层掉下来的，不像是不小心打翻的；最奇怪的是西洋棋，黑棋的国王和王后都被放在了白棋的区域，这不符合下棋的规则，更像是有人刻意摆放的。”
夜一也在旁边补充道：“我刚才检查了柜子，柜子的底部有被撬动的痕迹，而且柜子上的灰尘分布不均匀，说明有人移动过柜子。这绝对是一起谋杀案，凶手制造了密室的假象，让人以为是意外。”
目暮警官皱起眉头：“既然是谋杀案，那凶手是怎么从里面锁上门，然后离开的呢？还有，凶手的动机是什么？”
高木涉立刻汇报了调查结果：“根据邻居的证词，昨天晚上7点到9点之间，有三个人来过广田教授家，分别是教授的学生白仓阳、同事细矢和彦，还有出版社的编辑盛冈道夫。白仓阳是来向教授请教问题的，细矢和彦是来讨论合作项目的，盛冈道夫则是来催教授交稿的。这三个人都有作案嫌疑。”
目暮警官立刻让人把三人叫到现场，开始逐一询问。白仓阳穿着一件白色的衬衫，戴着眼镜，看起来很斯文，他说：“我昨天晚上7点左右到教授家，请教了一个关于计算机编程的问题，大概7点半就离开了，离开的时候教授还好好的。”
细矢和彦穿着西装，手里拿着公文包，他皱着眉头说：“我是8点到的，和教授讨论了一下合作研究的事情，因为意见不合，我们吵了几句，我8点半就走了，当时教授虽然生气，但身体没什么问题。”
盛冈道夫穿着休闲装，手里拿着记事本，他有些紧张地说：“我是8点50分到的，敲了半天门没人应答，还以为教授不在家，就离开了，没想到……”
柯南在旁边仔细观察着三人的表情，白仓阳看起来很平静，细矢和彦有些不耐烦，盛冈道夫则很紧张，但这并不能作为判断凶手的依据。他又回到现场，重新检查了一遍散落的物品，电话、书、西洋棋、柜子……这些东西之间到底有什么联系？凶手是怎么利用这些东西制造密室的？
就在柯南陷入瓶颈的时候，灰原走到他身边，小声说：“你有没有注意到，电话旁边的磁带播放器里，有一盘磁带是倒着放的？还有，西洋棋的棋子都是空心的，里面可以放东西。”
柯南眼前一亮，他立刻跑到电话旁边，拿起磁带播放器里的磁带，发现磁带果然是倒着放的，而且磁带的边缘有一道细微的划痕。他又拿起一颗西洋棋，打开底部的盖子，发现里面是空的，但内壁上有一些细小的纤维，像是磁带的材质。
“我知道了！我已经知道凶手是谁了，还有他制造密室的方法！”他让阿笠博士坐在沙发上，然后站在阿笠博士身后，用蝴蝶结变声器调整到阿笠博士的声音，“目暮警官我知道凶手是谁了，凶手就是白仓阳！”
白仓阳的脸色瞬间变得苍白，他大声说：“你胡说！我7点半就离开了，怎么可能是凶手？”
“你确实7点半就离开了，但你在离开之前，就已经布置好了杀人陷阱。”柯南的声音透过变声器传来，“你先把教授骗到柜子旁边，趁他不注意，用重物击打他的头部，然后把他放在柜子下面，再移动柜子，让柜子看起来像是不小心倒下的。接下来，你就开始布置密室。”
柯南指着地上的西洋棋和电话：“你先把西洋棋的棋子倒空，然后把磁带的一端穿过钥匙圈，再把磁带放进磁带播放器里，倒着放好。接着，你把多余的磁带绕在西洋棋的棋子上，把棋子放在电话旁边，再把书堆在棋子周围，固定住棋子的位置。最后，你走出房间，用钥匙从外面锁上门，然后通过公共电话拨打教授家的电话。”
“电话铃声响起时，磁带播放器会自动开始播放，磁带转动的时候，会带动钥匙穿过门缝，慢慢回到房间里。当钥匙回到原位后，磁带继续转动，会把绕在棋子上的磁带拉下来，磁带播放器里的磁带也会因为倒放而自动停止。这样一来，就形成了一个完美的密室，让人以为是意外。”
夜一在旁边配合着柯南的推理，他拿起一颗西洋棋，将磁带穿过钥匙圈，然后演示了一遍磁带转动带动钥匙移动的过程，每一个步骤都和柯南说的一模一样。“而且，”夜一拿出从磁带播放器里取出的磁带，“这盘磁带上有白仓阳的指纹，虽然你戴了手套，但在安装磁带的时候，不小心留下了指纹，警方只要检查一下磁带上的指纹，就能确认你的罪行。”
白仓阳看着夜一手里的磁带，身体开始发抖，他再也无法掩饰自己的罪行，双腿一软，跪倒在地上：“是我……是我杀了教授……”
他的声音带着哭腔：“我一直跟着教授研究计算机，可他却把最重要的资料都给了细矢和彦，还说我没有天赋，永远成不了气候。我求他把广田教授手里的软盘给我，那里面有我和他一起研究的成果，可他不仅不给，还嘲笑我……我一时冲动，就……”
高木涉拿出手铐，走到白仓阳面前：“白仓阳，你涉嫌故意杀人，现在请跟我们回警局接受调查。”白仓阳没有反抗，任由高木涉把他带走，脸上满是悔恨的泪水。
警方带走白仓阳后，柯南和夜一、灰原、阿笠博士留在现场，四处寻找那张保存着药物资料的软盘。灰原在教授的书桌抽屉里找到了一个上锁的盒子，夜一用铁丝轻轻撬开盒子，里面果然放着一张软盘。
“太好了，终于找到软盘了！”柯南拿起软盘，脸上露出了欣慰的笑容，“有了这张软盘，我们就能更了解Aptx4869，说不定还能找到解毒剂的线索！”
灰原看着软盘，眼底也露出了希望的光芒：“谢谢你，柯南，谢谢你帮我找到它。”夜一拍了拍两人的肩膀：“我们是同伴，互相帮助是应该的。不过现在还不能掉以轻心，”夜一的目光扫过窗外，语气变得谨慎，“组织的人既然能找到俊也家的肖像画，说不定也已经盯上了广田教授。我们得尽快把软盘带回博士家，做好加密和备份，绝不能让它落入组织手里。”
阿笠博士点点头，立刻从口袋里掏出一个黑色的U盘：“我带了U盘，先把软盘里的资料复制一份，原件我们妥善保管起来。”四人不敢多留，收拾好软盘后，便匆匆离开了广田教授家。临走前，柯南特意叮嘱目暮警官，要加强对现场的保护，留意是否有可疑人员打探消息——他总觉得，这起谋杀案背后，或许还藏着黑衣组织的影子。
坐上车往阿笠博士家赶时，灰原一直紧紧攥着装有软盘的盒子，指尖因为用力而有些发白。夜一注意到她的紧张，悄悄将自己的外套披在她肩上：“别担心，有我们在，不会让组织得逞的。”灰原抬头看了他一眼，轻轻“嗯”了一声，眼底的不安稍稍褪去了一些。
回到阿笠博士家，博士立刻将软盘插入电脑。屏幕上很快跳出一个加密界面，需要输入复杂的密码才能打开。灰原皱着眉头，盯着屏幕上的密码框：“这是教授常用的加密方式，需要结合他研究的课题关键词和个人纪念日……我记得他曾经提过，夏目漱石是他最尊敬的作家，或许密码和夏目漱石有关？”
柯南眼前一亮，立刻拿出手机搜索夏目漱石的作品：“教授书房里有很多夏目漱石的书，俊也家也有夏目漱石的肖像画，说不定密码就是他的作品名或者出版年份！”夜一则在旁边翻找博士家的文学词典，很快找到了夏目漱石的代表作《我是猫》《少爷》《心》的出版信息。
三人尝试着输入“吾辈は猫である”（《我是猫》日文原名），屏幕提示密码错误；又输入《心》的出版年份“1914”，依旧不对。就在大家陷入僵局时，灰原突然想起什么：“教授曾经说过，他和我姐姐明美是在夏目漱石的诞辰那天认识的，夏目漱石的诞辰是2月9日，加上他的研究代号‘cAt’，会不会是‘209cAt’？”
柯南立刻在键盘上输入“209cAt”，随着“叮”的一声轻响，加密界面消失，软盘里的资料终于显示在屏幕上。里面不仅有Aptx4869的早期研发数据、药物成分分析，还有一份未完成的解毒剂实验记录。灰原看着屏幕上熟悉的公式和数据，眼眶微微泛红——这是她和姐姐曾经渴望摧毁的东西，如今却成了她寻找解毒剂、摆脱组织阴影的希望。
阿笠博士一边快速复制资料，一边感叹：“这些数据太重要了！有了这些，我或许能和灰原一起，加快解毒剂的研发进度。”柯南也松了口气，靠在椅背上说：“太好了，只要能研发出解毒剂，我就能变回新一，到时候就能更直接地对抗组织了！”
就在这时，柯南的手机突然响了起来，是步美打来的。电话那头，步美的声音带着焦急：“柯南！不好了！俊也说他哥哥直树回来了，但直树好像受了伤，还说有黑衣人在追他！”
柯南的心瞬间提到了嗓子眼：“步美，你们现在在哪里？让俊也千万不要乱跑，我们马上过去！”挂了电话，他立刻拿起外套：“组织的人果然盯上了直树！他们肯定是冲着夏目漱石的肖像画来的，说不定画里还藏着其他线索！”
四人立刻驱车赶往俊也家。路上，灰原看着窗外飞速倒退的街景，轻声说：“夏目漱石的作品里，有很多关于‘秘密’和‘救赎’的主题，教授和直树的父亲可能是用这幅画传递某种信息，比如组织的秘密据点，或者其他资料的隐藏地点。”
夜一点点头：“很有可能。直树说不定知道画里的秘密，所以才会被组织追杀。我们得尽快找到他，保护好他和那幅画。”
车子刚停在俊也家附近，就看到巷口围了一群人。柯南挤进去，发现直树靠在墙上，手臂上有一道明显的划伤，俊也正抱着他哭。看到柯南等人，直树挣扎着站起身：“你们是俊也找的侦探团吧？有……有穿黑衣服的人跟踪我，他们问我要夏目漱石的画，我说画在家里，他们就想抓我……我好不容易才逃回来的。”
夜一立刻检查了直树的伤口，还好只是皮外伤，他从背包里拿出急救包，帮直树消毒包扎：“你先别急，慢慢说，那些黑衣人长什么样子？有没有说为什么要找那幅画？”
直树皱着眉头回忆：“他们戴着黑色的帽子和墨镜，说话声音很沙哑，好像故意压低了声音。他们说‘画里有他们要的东西’，还说如果我不把画交出来，就对我和俊也不客气。”
柯南和夜一对视一眼，更加确定画里藏着关键线索。他们扶着直树走进屋里，夜一将夏目漱石的肖像画取下来，仔细检查画框和画布。柯南则在房间里四处查看，突然注意到画框背面的挂钩处，有一道细微的裂缝，像是被人撬动过。
“灰原，你来看一下这个。”柯南招呼灰原过来，“画框的挂钩好像被动过手脚，说不定里面藏着东西。”灰原拿出放大镜，仔细观察裂缝处，发现裂缝里夹着一张小小的纸片。夜一用镊子小心地将纸片夹出来，展开一看，上面是一串用暗号写的数字和字母：“S-19，m-07，L-23，N-15”。
“这看起来像是书架的坐标！”光彦突然开口，他指着直树书架上的书，“S可能是‘夏目漱石’的首字母，m、L、N说不定是其他作者的首字母，数字可能是书的层数和位置！”
众人立刻围到书架前，直树的书架上果然摆满了不同作者的书。柯南按照暗号，先找到了夏目漱石（S）的书，在第19层的位置，抽出了一本《我是猫》；接着找到m开头的作者“森鸥外”的书，在第7层抽出一本《舞姬》；然后是L开头的“鲁迅”的书（直树的父亲喜欢中国文学），第23层的《呐喊》；最后是N开头的“尼采”的书，第15层的《查拉图斯特拉如是说》。
四本书抽出来后，书架后面竟然露出了一个小小的暗格！暗格里放着一个棕色的信封，信封上没有署名。柯南小心翼翼地打开信封，里面是一张泛黄的照片和一张纸条。照片上有两个男人，一个是直树的父亲，另一个竟然是广田教授！两人站在一栋老旧的建筑前，手里拿着一张图纸，笑容很灿烂。
纸条上的字迹有些潦草，是直树父亲的笔记：“广田君，组织的据点藏在‘黄昏馆’的地下室，图纸我藏在夏目漱石的画框里，若我遭遇不测，务必将此信息交给值得信任的人，摧毁组织的阴谋。”
“黄昏馆？”柯南的眼睛瞬间亮了，“我记得之前听博士说过，黄昏馆是一栋废弃的别墅，位于市郊的山上，几十年前因为一场火灾被废弃，后来一直没人敢靠近。”
灰原的脸色却变得凝重起来：“黄昏馆……组织确实有一个秘密据点在市郊，我之前在组织里的时候，听琴酒提过一次，说那里藏着组织的核心资料和实验设备。”
夜一握紧拳头：“看来我们必须去一趟黄昏馆，找到组织的据点，把他们的核心资料销毁，绝不能让他们再用Aptx4869伤害更多人！”
柯南点点头，转头对直树说：“直树，你和俊也先跟我们去阿笠博士家，那里比较安全。等我们处理完黄昏馆的事情，再送你们回来。”直树感激地点点头：“谢谢你们，如果不是你们，我和俊也可能早就被黑衣人抓走了。”
众人收拾好照片和纸条，带着直树和俊也往阿笠博士家赶。路上，柯南给目暮警官打了个电话，简单说明了黄昏馆的情况，希望警方能配合行动。目暮警官虽然对“黑衣组织”的存在还有些怀疑，但考虑到广田教授的死和直树被追杀的事情，还是同意派警力支援。
到达阿笠博士家后，博士立刻根据照片上的图纸，绘制出黄昏馆的大致结构。灰原则在电脑上查阅黄昏馆的历史资料，发现那栋别墅曾经的主人，竟然是一位和黑衣组织有过合作的企业家，后来因为分赃不均，被组织灭口，别墅也被一把火烧了。
“看来黄昏馆的地下室，就是组织在那场火灾后秘密重建的。”灰原指着电脑屏幕上的资料，“地下室里可能有通风管道和秘密出口，我们进去的时候要多加小心，琴酒和伏特加很可能也在那里。”
夜一从背包里拿出一把折叠刀和一个手电筒：“我准备了一些应急工具，等会儿我们和警方汇合后，一起进入黄昏馆。柯南，你和灰原跟在我后面，注意保护好自己，不要轻易分开。”
柯南点点头，从口袋里掏出麻醉针手表和足球腰带：“我也准备好了，要是遇到组织的人，我能拖延一点时间。”
一切准备就绪后，众人分成两拨：阿笠博士带着直树和俊也留在家里，负责远程支援，通过电脑监控黄昏馆周围的情况；柯南、夜一、灰原则和目暮警官带领的警力汇合，前往黄昏馆。
车子行驶在通往市郊的山路上，夜色越来越浓，周围的树木在月光下投下诡异的影子，让人心里发毛。灰原靠在车窗上，看着外面的夜色，小声对夜一说：“我总觉得，这次去黄昏馆，不会那么顺利。组织的人很狡猾，说不定早就设好了陷阱。”
夜一握住她的手，轻声安慰：“别担心，我们有警方支援，还有柯南在，一定能应付。就算遇到陷阱，我们也会一起想办法解决。”灰原看着夜一坚定的眼神，心里的不安渐渐消散，她轻轻回握住夜一的手，点了点头。
半小时后，车子到达黄昏馆附近。目暮警官让警员们在周围布控，防止组织的人逃跑，然后带着柯南、夜一、灰原，小心翼翼地靠近别墅。黄昏馆的外墙已经被大火烧得漆黑，窗户破碎不堪，门口杂草丛生，看起来阴森恐怖。
柯南拿出手电筒，照亮门口的地面：“大家小心，地上可能有陷阱。”夜一则仔细检查门口的门锁，发现门锁已经生锈，但上面有新鲜的划痕，说明最近有人来过。
“门锁是被人撬开的，组织的人肯定已经在里面了。”夜一从口袋里掏出一根铁丝，轻轻插入锁孔，很快就打开了门。四人走进别墅，一股灰尘和霉味扑面而来，客厅里的家具早已腐烂，地上散落着破碎的玻璃和木头。
“地下室的入口应该在书房里。”灰原根据图纸的提示，带领众人往书房走去。书房里的书架已经倒塌，地上有一个被木板盖住的洞口，木板上有明显的挪动痕迹。
目暮警官示意警员们做好准备，然后和夜一一起掀开木板。洞口下面是一段陡峭的楼梯，散发着一股阴冷的气息。柯南用手电筒照了照楼梯，发现楼梯上没有灰尘，说明经常有人上下。
“我们下去吧，注意保持安静。”柯南带头走下楼梯，夜一和灰原跟在后面，目暮警官和几名警员殿后。楼梯下面是一条长长的走廊，走廊两侧的墙壁上，每隔一段距离就有一盏应急灯，发出微弱的红光，将周围的影子拉得很长。
走了大概几十米，走廊尽头出现了一扇铁门。铁门上有一个密码锁，密码锁旁边贴着一张纸条，上面写着：“解开夏目漱石的谜题，才能打开真相之门。”
“又是夏目漱石的谜题！”柯南皱起眉头，开始思考。灰原则盯着密码锁，轻声说：“密码锁是四位数，夏目漱石的作品里，有没有和数字相关的内容？”
夜一突然想起什么：“《我是猫》里，主人公曾经说过‘我出生在明治三十八年’，明治三十八年就是1905年；还有《少爷》的出版年份是1906年，《心》是1914年……”
“不对，”柯南摇摇头，“之前教授的软盘密码是结合了诞辰和代号，这次的谜题可能和画里的暗号有关。画里的暗号是‘3-15，7-22，12-9’，如果把这些数字转换成月份和日期，3月15日是夏目漱石的忌日，7月22日是《我是猫》的首发日，12月9日是他的结婚纪念日……”
“忌日、首发日、结婚纪念日……”灰原突然眼前一亮，“这些日子对应的数字，会不会就是密码？315、722、1209，但密码锁是四位数，说不定是取每个日期的最后两位？15、22、09，不对……”
就在这时，柯南注意到密码锁旁边的墙壁上，刻着一行小字：“猫的眼睛，看到了数字的秘密。”他立刻想到《我是猫》里，主人公经常透过窗户看外面的世界，“猫的眼睛……窗户！书房里的窗户，是不是对应着什么数字？”
众人立刻回到书房，柯南仔细观察书房的窗户。窗户是方形的，分成了九宫格，其中有几格玻璃上有细微的划痕，组成了数字“1”“9”“0”“5”——正是《我是猫》主人公出生的年份1905年！
“密码是1905！”柯南立刻跑回地下室，在密码锁上输入“1905”。随着“咔哒”一声，铁门缓缓打开，里面是一个巨大的实验室。实验室里摆满了各种实验设备，架子上放着很多装着液体的试管，墙上的屏幕上显示着Aptx4869的实验数据。
“这里就是组织的核心实验室！”灰原看着眼前的一切，身体微微发抖——这里和她曾经在组织里待过的实验室一模一样，充满了冰冷的药水味和死亡的气息。
突然，实验室的灯光瞬间亮起，琴酒的声音从扬声器里传来，带着冰冷的嘲讽：“雪莉，我们就知道你会来这里。你以为找到软盘，找到黄昏馆，就能摧毁组织吗？太天真了。”
柯南和夜一立刻警惕起来，环顾四周：“琴酒！你出来！别躲在暗处装神弄鬼！”
“别急，”琴酒的声音继续传来，“我给你们准备了一份礼物。实验室的通风管道里，装满了易燃气体，只要我按下开关，这里就会变成一片火海。你们只有十分钟的时间，要么交出软盘和画里的线索，要么和这里一起毁灭。”
夜一立刻检查通风管道，发现里面果然有气体泄漏的声音。目暮警官赶紧让警员们寻找出口：“大家快找出口，我们不能被困在这里！”
柯南则盯着墙上的屏幕，突然发现屏幕上的实验数据里，有一串奇怪的代码：“E-07，S-12，w-03，N-18”。“这是经纬度！”柯南立刻拿出手机，输入代码，发现对应的位置是市郊的一个废弃工厂——和之前假钞团伙的窝点很近！
“琴酒肯定把核心资料转移到了那个工厂！”柯南大声说，“我们必须尽快离开这里，去那个工厂！”
灰原看着实验室里的设备，突然想到什么：“通风管道里的易燃气体，是通过管道从外面输送进来的，只要找到输送管道的阀门，就能关闭气体供应！”她带领众人往实验室的角落跑去，那里果然有一个红色的阀门，上面写着“气体控制阀”。
夜一立刻转动阀门，气体泄漏的声音渐渐消失。琴酒的声音再次传来，带着愤怒：“可恶！雪莉，你以为这样就能逃掉吗？我会让你们付出代价的！”扬声器里传来一阵电流声，然后就没了动静。
众人松了口气，目暮警官立刻联系外面的警员，让他们去柯南找到的经纬度位置埋伏。然后带领众人从实验室的秘密出口离开，回到了地面。
“虽然没能抓住琴酒，但我们毁掉了组织的核心实验室，还找到了他们的新据点，已经算是成功了。”柯南看着远处的夜空，轻声说，“而且我们还有软盘里的资料，只要研发出解毒剂，就能彻底摆脱组织的威胁。”
夜一拍拍他的肩膀：“没错，接下来我们要做的，就是和博士、灰原一起，加快解毒剂的研发，同时配合警方，摧毁组织的新据点。总有一天，我们会把组织彻底消灭，让所有被他们伤害的人，都能得到救赎。”
灰原看着两人坚定的眼神，嘴角露出了一丝淡淡的笑容。她知道，未来的路还很长，还会有很多困难和危险，但只要和柯南、夜一、阿笠博士，还有少年侦探团的大家在一起，她就有勇气走下去，去迎接属于自己的光明。
车子行驶在回家的路上，月光透过车窗，洒在众人的脸上。柯南拿出手机，给阿笠博士打了个电话，告诉他们事情的经过。电话那头，直树和俊也的声音传来，带着感激和安心。
夜一转头看向灰原，发现她已经靠在椅背上睡着了。她的呼吸很轻，长长的睫毛在月光下投下浅浅的阴影，原本紧蹙的眉头也舒展开来，看起来少了平日的清冷，多了几分柔和。夜一放慢了呼吸，悄悄调整了座椅角度，让她靠得更舒服些，又把外套往上拉了拉，盖住她露在外面的手腕。
柯南从后视镜里看到这一幕，嘴角勾起一抹浅笑，悄悄把手机调成了静音模式——他可不想打扰这份难得的安宁。目暮警官坐在副驾驶座上，看着窗外掠过的路灯，轻声感叹：“没想到真的有这样的组织存在，还好有你们这些孩子，不然我们还被蒙在鼓里。”
车子驶入市区时，天边已经泛起了鱼肚白。阿笠博士早已在门口等候，看到他们回来，立刻迎了上去：“怎么样？有没有遇到危险？直树和俊也一直在担心你们。”
“放心吧博士，我们没事。”柯南跳下车，伸了个懒腰，“虽然让琴酒跑了，但我们毁掉了他的实验室，还找到了新据点的线索，算是大获全胜！”直树和俊也也从屋里跑出来，看到夜一和灰原平安归来，脸上露出了开心的笑容。
灰原被门口的动静吵醒，揉了揉眼睛，看到熟悉的环境，心里瞬间安定下来。夜一伸手扶她下车，轻声说：“累了吧？先去楼上休息一会儿，早餐我让博士准备你爱吃的三明治。”灰原点点头，跟着阿笠博士往门口走去，走了两步，又回头看了夜一一眼，眼底带着一丝不易察觉的暖意。
接下来的几天，少年侦探团暂时停下了委托任务，全力协助阿笠博士和灰原研发解毒剂。柯南把黄昏馆的经纬度信息交给了警方，目暮警官带领警力对废弃工厂进行了秘密监控，只等合适的时机一举捣毁组织的新据点。
直树和俊也的父母从外地赶回来后，特意带着兄弟俩来到阿笠博士家道谢。直树把夏目漱石的肖像画送给了柯南，说：“这幅画里藏着爸爸的心愿，现在交给你们，一定能帮爸爸完成摧毁组织的目标。”柯南郑重地接过画，说：“我们一定会的，绝不会让你爸爸的努力白费。”
周末的清晨，帝丹小学的操场上，少年侦探团的五人围坐在一起。元太啃着鳗鱼饭团，含糊不清地说：“下次我们还要一起破案！最好是能抓住那些黑衣人，让他们再也不能欺负人！”光彦推了推眼镜，点头附和：“没错！我们还要帮博士找到解毒剂！”
步美看着柯南和灰原，笑着说：“柯南和灰原总是一起研究资料，就像小夫妻一样呢！”灰原的脸瞬间红了，连忙低下头假装看草地；柯南也有些尴尬，挠着头说：“步美，别乱说啦！我们只是在研究解毒剂而已！”夜一坐在旁边，看着两人慌乱的样子，忍不住笑了起来——他知道，这份悄悄萌发的情愫，会和他们对抗组织的决心一起，慢慢生根发芽。
夕阳西下时，夜一送灰原回家。走到阿笠博士家楼下，灰原突然停下脚步，从口袋里掏出一个小小的玻璃瓶，递给夜一：“这是我用软盘里的资料，调配出的初步解毒剂样本，虽然还不能让人完全变回原样，但能暂时缓解药物的副作用。”
夜一接过玻璃瓶，看着里面淡蓝色的液体，心里满是感动：“谢谢你，灰原。”
“不用谢。”灰原的脸颊微微泛红，“其实……要谢谢你一直保护我，在我害怕的时候给我勇气。”她顿了顿，抬头看向夜一的眼睛，认真地说：“以后不管遇到什么危险，我们都要一起面对，好不好？”
夜一用力点头，握紧了手里的玻璃瓶：“好！不管是组织的阴谋，还是解毒剂的研发，我们都会一起面对，永远不会分开。”
夕阳的余晖洒在两人身上，把他们的影子拉得很长。灰原转身走进阿笠博士家，走到门口时，又回头对夜一挥了挥手。夜一站在门外，看着她的身影完全进入阿笠博士家，嘴角一直保持着上扬的弧度——他知道，只要身边有灰原，有柯南，有少年侦探团的大家，就算未来还有无数的困难和危险，他们也一定能勇敢地走下去，直到把黑衣组织彻底摧毁，迎来真正的光明。