三年前被奥米加兽斩碎的数据碎片，在网络世界的缝隙中悄然凝聚。超恶魔兽的轮廓从数据流中浮现，猩红的眼睛闪烁着复仇的寒光。它没有立刻发动攻击，而是将无数幼年期的水母兽通过网络端口，如潮水般涌向现实世界——手机屏幕、电脑主机、街道路灯的控制终端……凡是有电子设备的地方，都钻出了透明的小水母，带着微弱的电流，开始疯狂吞噬能量。
“又出事了！”太一看着新闻里滚动的画面，亚古兽在他脚边不安地低吼，“是超恶魔兽的气息！”
阿和握紧手中的暴龙机，加布兽进化为加鲁鲁兽：“它在现实世界散布水母兽，肯定没安好心。”
阿武和嘉儿也迅速赶到，巴达兽和迪路兽已做好战斗准备：“网络世界的入口不稳定，我们必须进去阻止它！”
四人踏入网络世界，眼前是扭曲的数据流构成的战场。超恶魔兽悬浮在中央，周身环绕着黑色的能量漩涡。“战斗暴龙兽！”“钢铁加鲁鲁兽！”太一与阿和同时下令，两大究极体数码兽展开夹击。
“合体进化——奥米加兽！”
金银相间的圣骑士形态降临，圣剑与加农炮同时锁定超恶魔兽。随着一声巨响，超恶魔兽的身躯再次崩解，化作无数光点消散。
“结束了？”阿武松了口气。
奥米加兽却突然警惕起来：“不对，它的数据流没有消失！”
话音未落，现实世界的警报声此起彼伏——那些散布各地的水母兽突然躁动起来，顺着电子设备的线路疯狂聚集，在城市中心的广场上，凝聚成一颗巨大的黑色数码蛋，蛋壳上布满了诡异的血管状纹路。
“是陷阱！”太一的声音从通讯器传来，“它想利用现实世界的能量重生！”
数码蛋破裂的瞬间，一只遮天蔽日的怪物破壳而出——灭世魔兽！它的身躯由无数水母兽的数据流构成，每一次呼吸都带着足以撕裂空间的威压。
奥米加兽立刻追至现实世界，圣剑挥出的光刃却被灭世魔兽轻易吞噬。“帝皇龙甲兽！”大辅带着V仔兽Ex与小贤的飞虫兽赶到，合体进化的帝皇龙甲兽展开光束炮，却被灭世魔兽的黑暗能量弹回，金色的铠甲上出现裂痕。
“这样下去我们都会被吞噬！”小贤的声音带着焦急，飞虫兽的翅膀在颤抖。
奥米加兽看着不断逼近的灭世魔兽，突然做出了决定。它周身的光芒开始剧烈闪烁，圣剑与加农炮的能量凝聚成一把通体雪白的长剑——奥米加剑。“大辅！接住它！”
长剑化作流光，精准地插入帝皇龙甲兽的武器接口。金色的铠甲上浮现出圣骑士的纹路，帝皇龙甲兽（圣骑士形态）的身影在光芒中成型，手中的奥米加剑散发着净化一切的圣光。
“李阳！”大辅喊道。
“基尔兽进化——古拉兽！大古拉兽！公爵兽！公爵兽：深红形态！”李阳的声音沉稳有力，红莲色的铠甲包裹着公爵兽，手中的无敌剑燃烧着熊熊火焰，“多路兽进化——猛禽龙兽！阿尔法兽！阿尔法兽王龙剑！”
阿尔法兽背后的王龙剑自动出鞘，与公爵兽的深红形态并肩而立。
“就是现在！”
帝皇龙甲兽的奥米加剑划出第一道光痕，公爵兽的“无敌剑”与“君往何处”紧随其后，阿尔法兽王龙剑的究极战刃则劈开了灭世魔兽的能量核心。三道圣光如同流星，从三个方向刺穿了灭世魔兽的身躯。
“不——！”灭世魔兽发出最后的哀嚎，构成它身体的水母兽数据流开始瓦解，被奥米加剑的光芒净化成无害的光点，飘散在空气中。
当光芒散去，帝皇龙甲兽变回机甲龙兽，公爵兽与阿尔法兽也退回成长期。奥米加兽的身影在数据流中渐渐透明，留下最后一句低语：“守护世界的接力棒，交给你们了。”
太一、阿和等人赶到时，只看到孩子们和他们的数码兽互相搀扶着，望着天空中渐渐消散的光点。现实世界的电子设备恢复了正常，水母兽消失的地方，留下了淡淡的圣光。
大辅握着手中的暴龙机，V仔兽Ex蹭了蹭他的脸颊。李阳看着身边的基尔兽和多路兽，露出了微笑。他们知道，只要彼此的羁绊还在，无论未来出现多少黑暗，他们都能像此刻一样，握紧手中的光，并肩战斗下去。