从癸卯年（公元 403 年）到甲辰年（公元 404 年），共两年时间。
晋安帝司马德宗元兴二年（癸卯，公元 403 年）
春季，正月
卢循派司马徐道覆侵犯东阳（今浙江金华）；二月，辛丑日（初八），建武将军刘裕击败徐道覆。徐道覆，是卢循的姊夫。
乙卯日（二十二日），朝廷任命太尉桓玄为大将军。
丁巳日（二十四日），桓玄杀害冀州刺史孙无终。
桓玄上奏表请求率领各路军队平定关中、洛阳地区，随后又暗示朝廷下诏不准，接着就说：“遵奉诏令，所以停止出兵。” 桓玄起初想要整治行装，先下令制作轻便的小船，用来装载服饰玩物、书法绘画。有人问他原因，桓玄说：“打仗凶险，万一发生意外，这些东西轻便容易搬运。” 众人都嘲笑他。
夏季，四月，癸巳朔日（初一）
发生日食。
南燕君主慕容备德的旧部下赵融从长安来，慕容备德才得知母亲和兄长的死讯，他痛哭不止，甚至吐血，因此病倒。
司隶校尉慕容达谋反，派牙门皇璆率领部众攻打端门，殿中帅侯赤眉打开城门接应；中黄门孙进搀扶慕容备德翻墙逃出，藏在孙进家中。段宏等人听说皇宫内发生变故，率领士兵驻守四面城门。慕容备德回到皇宫，处死侯赤眉等人。慕容达逃奔北魏。
慕容备德优待从外地迁徙来的百姓，让他们长期免除徭役；百姓因此互相包庇隐瞒，有的上百户合为一户，有的上千个壮丁共用一个户籍，以此逃避赋税徭役。尚书韩讠卓请求加以核查，慕容备德听从了他的建议，派韩讠卓巡视各郡县，查出被包庇隐瞒的户口五万八千户。
泰山叛贼王始聚集数万人，自称 “太平皇帝”，设置公卿百官；南燕桂林王慕容镇率军讨伐，活捉王始。临刑前，有人问他的父亲和兄弟在哪里，王始说：“太上皇（指父亲）流亡在外，征东将军、征西将军（指兄弟）被乱兵杀害。” 他的妻子生气地说：“你就是因为这张嘴惹祸，怎么到现在还这样！” 王始说：“皇后不懂，自古以来哪有不灭亡的国家！朕就算死了，国号也绝不更改！”
五月
后燕王慕容熙修建龙腾苑，方圆十多里，征发民夫两万人。在苑内修筑景云山，地基宽五百步，山峰高十七丈。
秋季，七月，戊子日（二十七日）
北魏君主拓跋珪向北巡视，在豺山修建行宫。
平原太守和跋奢侈豪纵，喜好名声，拓跋珪厌恶他，将他处死，让他的弟弟和毗等人去和他诀别。和跋说：“A212 水（今桑干河支流）以北土地贫瘠，可迁到水南居住，努力治理家业。” 又让和毗等人转过身去，说：“你们怎么忍心看着我死！” 和毗等人明白他的意思，假称是朝廷使者，逃入后秦。拓跋珪大怒，诛灭和跋全家。中垒将军邓渊的堂弟、尚书邓晖与和跋交好，有人向拓跋珪诬陷说：“和毗出逃，其实是邓晖送他走的。” 拓跋珪怀疑邓渊知道他们的密谋，赐邓渊死。
（凉州局势）
南凉王秃发傉檀和沮渠蒙逊互相出兵攻打吕隆，吕隆对此深感忧虑。后秦的谋臣对后秦王姚兴说：“吕隆凭借祖先的基业，独占黄河以西地区，如今虽然饥饿窘迫，还能勉强支撑，如果将来物资丰足，终究不会归我们所有。凉州地势险要隔绝，土地肥沃，不如趁他危难时夺取。” 姚兴于是派使者征召吕超到朝廷任职。吕隆考虑到姑臧最终无法保全，就通过吕超请求归降后秦。姚兴派尚书左仆射齐难、镇西将军姚诘、左王乞伏乾归、镇远将军赵曜率领四万步兵、骑兵，到河西迎接吕隆，南凉王秃发傉檀撤出昌松、魏安两处戍守的军队，避让后秦军。八月，齐难等人抵达姑臧，吕隆乘坐素车白马，在路边迎接。吕隆劝说齐难攻打沮渠蒙逊，沮渠蒙逊派臧莫孩抵抗，击败后秦军的前锋。齐难于是和沮渠蒙逊结盟，沮渠蒙逊派弟弟沮渠挐到后秦进贡。齐难任命司马王尚代理凉州刺史，配给三千士兵镇守姑臧，任命将军阎松为仓松太守，郭将为番禾太守，分别驻守两城；将吕隆的宗族、僚属以及一万户百姓迁徙到长安，姚兴任命吕隆为散骑常侍，吕超为安定太守，其余文武官员根据才能提拔任用。
当初，郭黁常说 “取代吕氏的是姓王的人”，所以他起兵时，先推举王详，后推举王乞基；等到吕隆向东迁徙，王尚最终取代了吕氏在凉州的地位。郭黁跟随乞伏乾归投降后秦，又说 “消灭后秦的是晋朝”，于是逃奔晋朝，后秦人追上他，将他杀死。
沮渠蒙逊的伯父、中田护军沮渠亲信，以及临松太守沮渠孔笃，都骄横放纵，成为百姓的祸患。沮渠蒙逊说：“扰乱我的法令的，是这两位伯父。” 逼迫他们自杀。
后秦派使者梁构抵达张掖，沮渠蒙逊问：“秃发傉檀被封为公，而我却只是侯，为什么？” 梁构说：“秃发傉檀凶恶狡诈，忠诚的心意还不明显，所以朝廷用尊贵的爵位、虚假的名声笼络他。将军您的忠诚可昭日月，应当入朝辅佐皇室，朝廷怎么会用不信任的态度对待您呢！圣朝封爵必定依据功劳，比如尹纬、姚晃，是辅佐先帝的重臣；齐难、徐洛，是一时的猛将，他们的爵位都不过是侯伯，将军您为什么要比他们先受更高爵位呢！从前窦融恳切地坚决辞让，不愿位居旧臣之上，没想到将军您会突然提出这样的疑问！” 沮渠蒙逊又问：“朝廷为什么不就近封我为张掖侯，却要远封西海侯呢？” 梁构说：“张掖，将军您已经自己占据了，之所以远封西海，是想扩大将军您的国土啊。” 沮渠蒙逊很高兴，于是接受任命。
（桓玄势力调整）
荆州刺史桓伟去世，大将军桓玄任命桓修接替他。从事中郎曹靖之劝桓玄说：“桓谦、桓修兄弟分别控制朝廷内外，权势太重了。” 桓玄于是任命南郡相桓石康为荆州刺史。桓石康，是桓豁的儿子。
刘裕在永嘉击败卢循，追击到晋安（今福建福州），多次击败他，卢循乘船向南逃走。
何无忌暗中去见刘裕，劝刘裕在山阴（今浙江绍兴）起兵讨伐桓玄。刘裕和当地豪强孔靖商议，孔靖说：“山阴距离京城路途遥远，起兵难以成功；而且桓玄还没篡位，不如等他篡位之后，在京口（今江苏镇江）图谋他。” 刘裕听从了孔靖的建议。孔靖，是孔愉的孙子。
九月
北魏君主拓跋珪前往南平城，规划测量 A212 水以南地区，准备修建新都。
侍中殷仲文、散骑常侍卞范之劝大将军桓玄早日接受禅让，暗中撰写加授九锡的文书和册命。桓玄任命桓谦为侍中、开府、录尚书事，王谧为中书监、兼任司徒，桓胤为中书令，加授桓修抚军大将军。桓胤，是桓冲的孙子。丙子日（十六日），朝廷册命桓玄为相国，总揽朝政（总百揆），封给他十个郡，封为楚王，加授九锡，楚国内可以设置丞相以下的官员。
桓谦私下问彭城内史刘裕：“楚王功勋德行卓着，朝廷上下的心意，都认为应当举行禅让大典，您觉得怎么样？” 刘裕说：“楚王是宣武公（桓温）的儿子，功勋德行盖世。晋朝皇室衰弱，民心早已转移，顺应天命举行禅让，有什么不可以的？” 桓谦高兴地说：“您说可以，那就可以了。”
新野人庾仄，是殷仲堪的党羽，听说桓伟去世、桓石康还没到荆州，就起兵在襄阳袭击雍州刺史冯该，赶走了他。庾仄拥有七千部众，设置祭坛，祭祀晋朝七代祖庙，声称要讨伐桓玄，江陵地区震动。桓石康抵达荆州后，发兵攻打襄阳，庾仄战败，逃奔后秦。
（南燕的决策）
高雅之上表给南燕君主慕容备德，请求讨伐桓玄，说：“即使不能平定吴郡、会稽地区，也能夺取长江以北的土地。” 中书侍郎韩范也上奏说：“如今晋朝皇室衰败混乱，长江、淮河南北地区，户口没剩下多少，军队薄弱。再加上桓玄叛逆，朝廷上下离心离德；凭陛下的神威武勇，出动一万步兵、骑兵逼近他们，晋朝必定土崩瓦解，军队不用滞留就能取胜。夺取晋朝领土后，后秦、北魏都不值得对抗了。开拓疆土、建立功勋，就在今天。错过时机不夺取，等晋朝的豪杰诛杀桓玄，再推行德政，到那时不仅建康得不到，长江以北也没希望了。” 慕容备德说：“朕因为旧有的国土沦陷，想先平定中原，再扫荡荆州、扬州，所以还没向南进军。现在就召集公卿大臣商议这件事。” 于是在城西举行军事演习，展示兵力：步兵三十七万人，骑兵五万三千匹，战车一万七千辆。公卿大臣都认为桓玄刚得势，不可图谋，这件事就搁置了。
冬季，十月
楚王桓玄上奏表请求返回封地，又让安帝亲手写下诏书坚决挽留他。他还谎称钱塘临平湖（今浙江杭州临平）湖水开通（古代认为是祥瑞）、江州降下甘露，让文武百官聚集庆贺，以此作为自己接受天命的征兆。又因为前代都有隐士，他耻于自己在位时没有，就找到西晋隐士安定人皇甫谧的六世孙皇甫希之，供给他财物用度，让他隐居在山林中；然后征召皇甫希之为着作郎，让他坚决推辞不接受，之后朝廷下诏表彰礼遇他，称他为 “高士”。当时的人都称皇甫希之为 “充隐”（凑数的隐士）。桓玄又想废除钱币，改用粮食、布帛作为货币，还想恢复肉刑（砍脚、割鼻等刑罚），制度变革杂乱无章，没有固定的想法，反复更改，最终都没有施行。他生性还贪婪鄙陋，士人百姓有珍贵的书法、好的绘画以及精美的宅院，他必定通过赌博的方式夺取；尤其喜爱珍珠宝玉，手不离珠玉。
乙卯日（二十六日），北魏君主拓跋珪立儿子拓跋嗣为齐王，加授相国之位；立拓跋绍为清河王，加授征南大将军；拓跋熙为阳平王；拓跋曜为河南王。
丁巳日（二十八日），北魏将军伊谓率领两万骑兵袭击高车族残余部落袁纥、乌频；十一月，庚午日（十一日），大败这两个部落。
（桓玄禅让称帝）
朝廷下诏，允许楚王桓玄使用天子的礼仪音乐，他的王妃为王后，世子为太子。丁丑日（十八日），卞范之撰写禅让诏书，让临川王司马宝逼迫安帝亲笔书写。司马宝，是司马曦的曾孙。庚辰日（二十一日），安帝亲临殿前，派兼太保、兼任司徒的王谧捧着传国玉玺和绶带，将皇位禅让给楚王桓玄。壬午日（二十三日），安帝搬出皇宫，居住在永安宫。癸未日（二十四日），将太庙的神主迁到琅邪国（司马德文的封国），穆章何皇后和琅邪王司马德文都迁居到司徒府。文武百官前往姑孰（桓玄的驻地）劝桓玄登基。十二月，庚寅朔日（初一），桓玄在九井山以北修筑祭坛，壬辰日（初三），正式登基称帝。禅让册文中有很多贬低晋朝皇室的内容，有人劝谏他不要这样，桓玄说：“禅让的文书，正是要向百姓说明真相，怎么能欺骗上天呢！” 宣布大赦，改年号为永始。将南康郡的平固县（今江西吉安永丰）封给安帝，称平固王；降封何皇后为零陵县君，琅邪王司马德文为石阳县公，武陵王司马遵为彭泽县侯。追尊父亲桓温为宣武皇帝，庙号太祖，追尊南康公主为宣皇后，封儿子桓昇为豫章王。任命会稽内史王愉为尚书仆射，王愉的儿子、相国左长史王绥为中书令。王绥，是桓氏的外甥。戊戌日（初九），桓玄进入建康皇宫，登上皇帝宝座时，御床突然塌陷，文武百官大惊失色。殷仲文说：“这是因为陛下圣德深厚，大地都承载不住。” 桓玄非常高兴。梁王司马珍之的属官孔朴护送司马珍之逃奔寿阳（今安徽淮南寿县）。司马珍之，是司马曦的曾孙。
戊申日（十九日），后燕王慕容熙尊奉后燕主慕容垂的贵嫔段氏为皇太后。段氏，是慕容熙的养母。己酉日（二十日），慕容熙立苻贵嫔为皇后，宣布大赦。
辛亥日（二十二日），桓玄将安帝迁到寻阳（今江西九江）。
后燕任命卫尉悦真为青州刺史，镇守新城；任命光禄大夫卫驹为并州刺史，镇守凡城（今河北承德平泉）。
癸丑日（二十四日），桓玄将桓温的神主迁入太庙。桓玄亲临听讼观（朝廷审案的地方）审查囚徒，无论罪行轻重，大多被赦免释放；有拦路乞讨的人，有时也会体恤救济。他就是这样喜欢施行小恩小惠。
这一年
北魏君主拓跋珪开始命令有关部门制定官员的冠服制度，根据官阶品级区分等级。但制度刚刚创立，大多没有依据古代礼法。
晋安帝元兴三年（甲辰，公元 404 年）
春季，正月
桓玄立妻子刘氏为皇后。刘氏，是刘乔的曾孙女。桓玄因为祖父桓彝以上的祖先名声地位不显赫，就不再追尊立庙。散骑常侍徐广说：“敬重父亲，儿子才会愉悦，请依照旧例建立七代祖庙。” 桓玄说：“按照礼仪，太祖庙应当居中向东，子孙庙分列左右（左昭右穆）。晋朝建立七代祖庙，宣帝司马懿却不能处在居中向东的太祖之位，有什么值得效仿的！” 秘书监卞承之对徐广说：“如果宗庙祭祀竟然连祖先都顾不上，由此可以知道楚朝的国运不会长久了。” 徐广，是徐邈的弟弟。
桓玄自从登基后，内心常常不安。二月，己丑朔日（初一）夜里，江水暴涨，涌入石头城（今江苏南京城西），淹死很多人，喧哗声震动天地。桓玄听到后，害怕地说：“奴才们要造反了！”
（桓玄统治的危机）
桓玄生性苛刻琐碎，喜欢自夸自耀。主管官员上奏事情，有时一个字书写不规范，有时一句话有差错，他必定加以指责纠正，以此显示自己聪明。尚书省回复诏书时，误把 “春蒐”（春季狩猎）写成 “春菟”，从左丞王纳之以下，所有参与签署的官员，都被降职罢免。他有时还亲手批注任免官吏，有时亲自选用令史（低级官吏），诏令杂乱繁多，主管部门来不及处理回复，而朝廷法度混乱，奏章案卷堆积如山，他却无法了解实情。他又生性喜欢游乐打猎，有时一天出去好几次。他迁居到东宫，又修缮宫殿房屋，土木工程同时兴起，督促进度非常紧迫，朝廷内外骚动不安，想要作乱的人很多。
桓玄派使者加授益州刺史毛璩为散骑常侍、左将军。毛璩扣留桓玄的使者，不接受他的任命。毛璩，是毛宝的孙子。桓玄任命桓希为梁州刺史，分别命令将领驻守三巴地区（巴郡、巴东、巴西，今重庆、四川东部）防备毛璩。毛璩向远近地区传递檄文，列举桓玄的罪状，派巴东太守柳约之、建平太守罗述、征虏司马甄季之击败桓希等人，随后率领部众进军驻守白帝城（今重庆奉节）。
（刘裕密谋起兵）
刘裕跟随徐、兖二州刺史、安成王桓修入朝。桓玄对王谧说：“刘裕风骨不凡，是人才中的豪杰啊。” 每次游乐聚会，必定殷勤接待刘裕，赏赐非常丰厚。桓玄的皇后刘氏，有见识和洞察力，对桓玄说：“刘裕走路如龙似虎，目光不凡，恐怕最终不会屈居人下，不如早点除掉他。” 桓玄说：“我正要平定中原，除了刘裕没有可用的人；等平定关中、黄河地区后，再另作打算吧。”
桓玄任命桓弘为青州刺史，镇守广陵（今江苏扬州）；任命刁逵为豫州刺史，镇守历阳（今安徽马鞍山和县）。桓弘，是桓修的弟弟；刁逵，是刁彝的儿子。
刘裕和何无忌同乘一条船返回京口，秘密谋划恢复晋朝皇室。刘毅的家在京口，也和何无忌谋划讨伐桓玄。何无忌说：“桓氏势力强盛，能图谋他们吗？” 刘毅说：“天下之事本来就有强弱变化，如果行事违背道义，即使强大也会变弱，只担心找不到主持大事的人罢了。” 何无忌说：“天下民间并非没有英雄。” 刘毅说：“我所看到的，只有下邳太守刘裕。” 何无忌笑着不回答，回去后把刘毅的话告诉刘裕，于是和刘毅确定谋反计划。
当初，太原人王元德和弟弟王仲德曾为前秦苻氏起兵攻打后燕主慕容垂，失败后逃奔晋朝，朝廷任命王元德为弘农太守。王仲德看到桓玄称帝，对人说：“自古以来改朝换代，确实不止一个家族，但如今起兵的人，恐怕不足以成就大事。”
平昌人孟昶担任青州主簿，桓弘派孟昶到建康，桓玄见到孟昶后很喜欢他，对刘迈说：“在出身寒微的士人里找到一个可做尚书郎的人，你和他是同乡，难道不认识吗？” 刘迈一向和孟昶关系不好，回答说：“我在京口时，没听说孟昶有什么特殊才能，只听说他们父子之间常常互相赠送诗歌罢了。” 桓玄笑着不再提这件事。孟昶听说后，对刘迈心怀怨恨。孟昶回到京口后，刘裕对他说：“民间应当会有英雄崛起，你听说过吗？” 孟昶说：“如今的英雄还能有谁，正是您啊！”
于是刘裕、刘毅、何无忌、王元德、王仲德、孟昶，以及刘裕的弟弟刘道规、任城人魏咏之、高平人檀凭之、琅邪人诸葛长民、河内太守随西人辛扈兴、振威将军东莞人童厚之，共同谋划起兵。刘道规担任桓弘的中兵参军，刘裕派刘毅到长江以北去找刘道规和孟昶，一起杀死桓弘，占据广陵；诸葛长民担任刁逵的参军，派他杀死刁逵，占据历阳；王元德、辛扈兴、童厚之留在建康，让他们聚集部众攻打桓玄，作为内应；约定日期，同时行动。
（起兵前的准备）
孟昶的妻子周氏家境富裕，孟昶对她说：“刘迈在桓玄面前诋毁我，让我一生都无法得志，我决定要起兵反桓玄了。你最好早点和我断绝关系，如果我将来得到富贵，再迎接你也不晚。” 周氏说：“您的父母还在世，您要谋划非凡的大事，岂是妇人能劝阻的！如果事情不成功，我就到宫中奚官署（管理宫女、罪人妻子的机构）里侍奉您的父母，绝没有回娘家的想法。” 孟昶怅然失意，过了很久才起身。周氏叫住孟昶，让他坐下，说：“看您的举动，不是要和我商量，不过是想要财物罢了。” 于是指着怀里的儿子说：“这个孩子就算能卖掉换钱，我也不会吝惜。” 随后拿出全部家产资助孟昶。孟昶的弟弟孟顗的妻子，是周氏的堂妹，周氏骗她说：“昨天夜里我做了个很不吉利的梦，家里红色的东西应该全部取来，用来镇邪消灾。” 堂妹相信了她的话，把家里的红色物品都给了她，周氏把这些东西全部缝制成士兵的战袍。
何无忌夜里在屏风后起草讨伐桓玄的檄文，他的母亲是刘牢之的姐姐，登上凳子，从缝隙里偷看他，哭着说：“我比不上东海吕母（西汉末年反王莽的女性领袖），这是很明显的了。你能这样做，我还有什么遗憾！” 她问何无忌和谁一起谋划，何无忌说：“刘裕。” 母亲更加高兴，于是向他分析桓玄必定失败、起兵必定成功的道理，鼓励他。
乙卯日（二月二十七），刘裕借口打猎，和何无忌聚集部众，共得一百多人。丙辰日（二十八日）清晨，京口城门打开，何无忌穿着传达诏令的官服，自称是皇帝的使者，走在前面，部众跟在后面一起进城，当即斩杀桓修，并将他的尸体示众。桓修的司马刁弘率领文武属官赶来救援，刘裕登上城墙对他们说：“江州刺史郭昶之已经在寻阳拥戴陛下复位，我们都奉了秘密诏书，诛杀叛逆党羽，如今逆贼桓玄的头颅应当已经挂在朱雀航（大航）上示众了。各位难道不是大晋的臣子吗？现在赶来想做什么？” 刁弘等人相信了他的话，收兵撤退。
刘裕问何无忌：“现在急需一名府中主簿，去哪里找呢？” 何无忌说：“没人比刘道民更合适。” 刘道民，就是东莞人刘穆之。刘裕说：“我也认识他。” 立即派人骑马送信去征召他。当时刘穆之听到京口传来喧哗声，一早就起身，走到街头，恰好和刘裕派来的使者相遇。刘穆之盯着使者看了很久，一言不发，随后回到家中，把粗布衣裳改缝成裤子，前去拜见刘裕。刘裕说：“我们刚发起大义之举，正处在艰难时刻，急需一名军吏，您觉得谁能胜任？” 刘穆之说：“您的府署刚刚建立，军吏确实需要有才能的人，仓促之间，大概没有比我更合适的了。” 刘裕笑着说：“您能屈就，我的大事就成了。” 当即在座位上任命刘穆之为主簿。
孟昶劝说桓弘在当天出去打猎，天还没亮，桓弘就打开城门，让打猎的人出城；孟昶和刘毅、刘道规率领几十名壮士径直闯入府中，当时桓弘正在喝粥，当即被斩杀。他们趁机收编桓弘的部众，渡过长江。刘裕派刘毅诛杀了刁弘。
在此之前，刘裕派同谋周安穆进入建康，把起兵计划告诉刘迈，刘迈虽然口头答应，内心却非常惶恐。周安穆担心事情泄露，就骑马返回京口。桓玄任命刘迈为竟陵太守，刘迈想尽快去赴任。当天夜里，桓玄写信给刘迈说：“北府军的人心怎么样？你最近见到刘裕，他说了些什么？” 刘迈以为桓玄已经知道了密谋，一早就去报告桓玄。桓玄大为震惊，封刘迈为重安侯。不久又嫌弃刘迈没有抓住周安穆，让他逃走，于是杀了刘迈，又把王元德、辛扈兴、童厚之等人全部处死。
众人推举刘裕为盟主，总管徐州事务，任命孟昶为长史，镇守京口，檀凭之为司马。彭城人中前来应募的人，刘裕全部交给郡主簿刘钟统领。丁巳日（二月二十九日），刘裕率领徐、兖二州的部众一千七百人，在竹里（今江苏南京江宁北）驻军，向远近地区发布檄文，宣称 “益州刺史毛璩已经平定荆楚，江州刺史郭昶之在寻阳拥戴陛下复位，镇北参军王元德等人已率领部众占据石头城，扬武将军诸葛长尼已占据历阳”。
桓玄迁回皇宫，召集侍从官员都住进宫中官署；加授扬州刺史、新安王桓谦为征讨都督，任命殷仲文代替桓修为徐、兖二州刺史。桓谦等人请求立即派兵攻打刘裕，桓玄说：“刘裕的军队锐气很盛，抱着必死的决心作战，如果我们有差错，他们就会士气大振，而我的大事就完了；不如把大军驻扎在覆舟山（今江苏南京玄武区）等待他们。刘裕的军队空跑二百里，一无所得，锐气已经受挫，突然见到我们的大军，一定会惊慌失措；我们按兵不动，坚守阵地，不与他们交战，他们求战不得，自然会溃散，这是上策。” 桓谦等人坚持请求进攻，桓玄才派顿丘太守吴甫之、右卫将军皇甫敷相继北上迎击。桓玄内心特别担忧恐惧，有人说：“刘裕等人是乌合之众，兵力薄弱，肯定成不了事，陛下何必如此深忧！” 桓玄说：“刘裕足以成为一代枭雄，刘毅家里连一石粮食的储备都没有，却敢在赌博时一掷百万，何无忌酷似他的舅舅刘牢之；他们共同起兵，怎么能说成不了事！”
南凉王秃发傉檀畏惧后秦的强大，于是去掉年号，撤销尚书丞、尚书郎等官职，派参军关尚出使后秦。后秦王姚兴说：“您（秃发傉檀曾任车骑将军）向我称臣纳贡，却擅自兴兵修筑大城，这难道是臣子该有的做法吗？” 关尚说：“王公修筑险要工事来守卫自己的国家，是先王定下的制度。车骑将军地处偏远的藩镇，靠近强大的敌人，修筑城池是为国家加固边防，没想到陛下竟然对此产生疑虑。” 姚兴认为他说得对。秃发傉檀请求兼任凉州刺史，姚兴没有答应。
当初，袁真杀了朱宪，朱宪的弟弟朱绰逃奔桓温。桓温攻克寿阳后，朱绰挖开袁真的坟墓，鞭笞袁真的尸体。桓温大怒，想杀了朱绰，桓冲求情，朱绰才得以幸免。朱绰侍奉桓冲如同父亲，桓冲去世后，朱绰吐血而亡。刘裕攻克京口后，任命朱绰的儿子朱龄石为建武参军。三月，戊午朔日（初一），刘裕的军队和吴甫之在江乘（今江苏南京栖霞东）相遇。即将交战时，朱龄石对刘裕说：“我家世代受桓氏厚恩，不想用兵器与他们对抗，请求让我留在军队后方。” 刘裕认为他有义气，答应了他的请求。吴甫之是桓玄手下的猛将，他的士兵非常精锐。刘裕手持长刀，大声呐喊着冲锋，吴甫之的士兵纷纷溃散，刘裕当即斩杀吴甫之，进军到罗落桥（今江苏南京江宁东北）。皇甫敷率领几千人迎战，宁远将军檀凭之战败身亡。刘裕作战更加勇猛，皇甫敷把他包围了好几层，刘裕靠着大树顽强抵抗。皇甫敷说：“你想怎么死！” 拔出长戟就要刺向刘裕，刘裕瞪大眼睛呵斥他，皇甫敷被吓得后退。刘裕的部众很快赶到，用箭射中皇甫敷的额头，皇甫敷倒地，刘裕拔刀上前。皇甫敷说：“您有天命，我的子孙就托付给您了。” 刘裕斩杀皇甫敷，之后厚待他的儿子。刘裕把檀凭之统领的士兵交给参军檀祗。檀祗，是檀凭之的侄子。
桓玄听说吴甫之、皇甫敷两位将领战死，非常恐惧，召集各种会道术的人推算吉凶，还施行镇邪法术。他问大臣们：“我会失败吗？” 吏部郎曹靖之回答说：“百姓怨恨，神灵愤怒，臣实在为陛下担忧。” 桓玄说：“百姓或许会怨恨，神灵为什么会愤怒？” 曹靖之说：“晋朝的宗庙神主漂泊在长江边，您大楚的祭祀，连祖先都顾及不到，这就是神灵愤怒的原因。” 桓玄说：“你为什么不早点劝谏？” 曹靖之说：“宫中的大臣都认为现在是尧、舜那样的盛世，臣怎么敢说这话！” 桓玄沉默不语。他派桓谦和游击将军何澹之驻守东陵（今江苏南京玄武区东），派侍中、后将军卞范之驻守覆舟山西侧，兵力合计两万人。
己未日（三月初二），刘裕的军队吃完饭后，把剩下的粮食全部丢弃，进军到覆舟山东侧，派老弱士兵登上山头，挥舞旗帜作为疑兵，分几路同时前进，旗帜布满山谷。桓玄的侦察兵回来报告说：“刘裕的军队到处都是，不知道有多少人。” 桓玄更加担忧恐惧，派武卫将军庾赜之率领精锐士兵去支援各路军队。桓谦等人的士兵大多是北府军旧部，一向敬畏刘裕，没有斗志。刘裕和刘毅等人把军队分成几队，突进桓谦的阵地；刘裕身先士卒，将士们都拼死作战，无不以一当百，喊杀声震动天地。当时东北风刮得很猛，刘裕趁机放火焚烧敌军阵地，浓烟火焰冲天，鼓声呐喊声震动京城，桓谦等各路军队大败溃散。
桓玄当时虽然派兵抵抗刘裕，却早已决定逃跑，暗中派领军将军殷仲文在石头城准备船只；听说桓谦等人战败，就率领几千名亲信，声称要去迎战，随后带着儿子桓昇、侄子桓浚从南掖门逃出。途中遇到前相国参军胡籓，胡籓拉住桓玄的马缰绳劝谏说：“现在宫中还有八百名羽林射手，都是愿意为陛下死战的人，西边来的士兵也受了桓氏几代人的恩惠，不派他们打一仗，一旦放弃这里，想去哪里安身呢！” 桓玄不回答，只是举起马鞭指向天空，随后鞭打马匹逃跑，向西直奔石头城，和殷仲文等人乘船向南逃走。桓玄一整天没吃东西，身边的人献上粗米饭，他咽不下去，桓昇抱着他的胸口轻轻抚摸，桓玄悲痛得不能自已。
刘裕进入建康，王仲德抱着王元德的儿子王方回出来迎接刘裕，刘裕在马上抱着王方回，和王仲德相对而哭。刘裕追赠王元德为给事中，任命王仲德为中军参军。刘裕在桓谦过去的营地驻扎，派刘钟占据东府。庚申日（三月初三），刘裕驻守石头城，设立临时朝廷（留台），任命百官，在宣阳门外焚烧了桓温的神位，制作晋朝新的宗庙神主，送入太庙。他派将领们追击桓玄，派尚书王嘏率领百官前往寻阳迎接安帝，诛杀了留在建康的桓玄宗族。刘裕派臧熹进入皇宫，收缴图书、器物，封闭府库；看到有镶金的乐器，刘裕问臧熹：“你难道不想要这个吗？” 臧熹神色严肃地说：“皇上被幽禁逼迫，流亡在外，将军您首先发起大义之举，为皇室操劳，我虽然不才，也实在对乐器没有兴趣。” 刘裕笑着说：“我只是跟你开玩笑罢了。” 臧熹，是臧焘的弟弟。
壬戌日（三月初五），桓玄的司徒王谧和众人商议，推举刘裕兼任扬州刺史，刘裕坚决推辞，于是任命王谧为侍中、兼任司徒、扬州刺史、录尚书事；王谧又推举刘裕为使持节、都督扬、徐、兖、豫、青、冀、幽、并八州诸军事、徐州刺史，任命刘毅为青州刺史，何无忌为琅邪内史，孟昶为丹阳尹，刘道规为义昌太守。
刘裕刚到建康时，各种重大决策都交给刘穆之处理，仓促之间制定的制度，没有不符合民心的。刘裕于是把刘穆之当作心腹，一举一动都向他咨询；刘穆之也尽心竭力，毫无隐瞒。当时晋朝的政令宽松混乱，法度不立，豪门大族放纵妄为，百姓穷困窘迫，再加上司马元显政令错乱。桓玄虽然想整顿，却制定了繁杂严密的法令，众人都不愿遵守。刘穆之根据当时的实际情况，灵活矫正政令；刘裕以身作则，首先用威严的法令约束众人；朝廷内外的官员都恭敬地履行职责，不到十天，社会风气就有了明显改变。
当初，诸葛长民到了豫州，没能按时起兵。刁逵抓住诸葛长民，用囚车把他送往桓玄那里。走到当利（今安徽马鞍山和县东）时，恰逢桓玄战败，押送的人一起砸开囚车，放出诸葛长民，诸葛长民返回历阳。刁逵放弃城池逃跑，被他的部下抓住，押到石头城斩首，他的子侄无论老少都被处死，只赦免了他的弟弟、给事中刁骋。刁逵过去的属官藏起他的侄子刁雍，送到洛阳，后秦王姚兴任命刁雍为太子中庶子。刘裕任命魏咏之为豫州刺史，镇守历阳，任命诸葛长民为宣城内史。
当初，刘裕名声低微，地位低下，行为轻浮狡诈，世家大族都不愿和他交往，只有王谧特别看重他，对刘裕说：“您会成为一代英雄。” 刘裕曾经和刁逵赌博，没能按时缴纳赌债，刁逵把他绑在拴马桩上。王谧见到后，斥责刁逵，放了刘裕，还替他还清了赌债。因此刘裕对刁逵深恶痛绝，而对王谧心怀感激。
萧方等（南朝梁史学家）评论说：蛟龙潜伏时，鱼虾也敢轻视它。所以汉高祖赦免雍齿，魏武帝宽恕梁鹄，怎么能因为平民时的嫌隙，就造成帝王与臣子之间的隔阂呢！如今王谧位列三公，刁逵全族被灭，刘裕酬谢恩人、报复仇人的做法，心胸多么狭隘啊！
尚书左仆射王愉和他的儿子、荆州刺史王绥密谋袭击刘裕，事情泄露，全族被诛杀，王绥的侄子王慧龙被僧人释彬藏起来，得以幸免。
北魏因为中原地区人口稀少，下令撤销户数不满一百的县。
丁卯日（三月初十），刘裕迁到东府驻守。
桓玄到达寻阳，郭昶之给了他器物用具和兵力。辛未日（三月十四日），桓玄逼迫安帝向西前往江陵，刘毅率领何无忌、刘道规等各路军队追击。桓玄留下龙骧将军何澹之、前将军郭铨和郭昶之驻守湓口（今江西九江东）。桓玄在途中亲自撰写《起居注》（记录皇帝日常言行的史书），叙述讨伐刘裕的事情，自称谋划策略没有一点失误，是各路军队违背命令，才导致失败。他一心专注于着述，没有时间和手下商议时事。《起居注》写成后，还向远近地区展示。
丙戌日（三月二十九日），刘裕声称接受安帝的秘密诏书，让武陵王司马遵以 “承制”（代理皇帝职权）的身份总管百官事务，加授侍中、大将军，随即宣布大赦，只有桓玄一族不被赦免。
刘敬宣、高雅之联合青州的豪门大族和鲜卑族豪强首领，谋划杀死南燕主慕容备德，推举司马休之为首领。慕容备德任命刘轨为司空，非常宠信他。高雅之想邀请刘轨一起谋划，刘敬宣说：“刘公年老体弱，有安定齐地的心思，不能告诉他。” 高雅之最终还是告诉了刘轨，刘轨没有同意。密谋渐渐泄露，刘敬宣等人向南逃跑，南燕人抓住刘轨，杀了他，又追上高雅之，把他也杀了。刘敬宣、司马休之逃到淮河、泗水之间，听说桓玄战败，就前来归附晋朝，刘裕任命刘敬宣为晋陵太守。
南燕主慕容备德听说桓玄战败，命令北地王慕容钟等人率领军队，想夺取江南地区，恰逢慕容备德生病，才停止行动。
夏季，四月，己丑日（初三），武陵王司马遵进入东宫居住，朝廷内外都对他恭敬有加；任免百官的文书称为 “制书”，下达的指令称为 “令书”。任命司马休之为监荆、益、梁、宁、秦、雍六州诸军事、兼任荆州刺史。
庚寅日（初四），桓玄挟持安帝到达江陵，桓石康接纳了他们。桓玄重新任命百官，任命卞范之为尚书仆射。他自认为战败逃亡后，担心政令无法推行，于是更加严厉地施行刑罚，众人更加离心离德，心怀怨恨。殷仲文劝谏，桓玄发怒说：“如今因为将领们不遵守纪律，天象也不吉利，所以才回到旧楚之地（江陵）；而你们这些小人却纷纷乱发议论！正应当用严厉的手段纠正，不能施行宽纵的政策。” 荆州、江州各郡听说桓玄流亡，有人上奏表问候他的起居，桓玄都不接受，反而命令各地官员祝贺他迁都江陵。
当初，王谧是辅佐桓玄篡位的核心大臣，桓玄接受禅让时，王谧亲手解下安帝的玉玺绶带；等到桓玄战败，众人都认为王谧应该被处死，刘裕却特意保全了他。刘毅曾经在朝会时，问王谧 “玉玺绶带在哪里”。王谧内心不安，逃奔到曲阿（今江苏镇江丹阳）。刘裕写信给武陵王司马遵，请求迎接王谧回来，恢复他的职位。
桓玄的侄子桓歆带领氐族首领杨秋侵犯历阳，魏咏之率领诸葛长民、刘敬宣、刘钟一起击败他们，在练固（今安徽马鞍山和县西北）斩杀杨秋。
桓玄派武卫将军庾稚祖、江夏太守桓道恭率领几千人，到湓口和何澹之等人会合，共同防守。何无忌、刘道规进军到桑落洲（今江西九江东北长江中），庚戌日（四月二十五日），何澹之等人率领水军迎战。何澹之平时乘坐的战船装饰着羽毛仪仗，旗帜非常显眼，何无忌说：“贼军主帅一定不在这艘船上，这是想欺骗我们，应该立即攻打它。” 众人说：“何澹之不在船上，攻占它也没用。” 何无忌说：“如今我们寡不敌众，作战不可能全胜，何澹之既然不在这艘船上，船上的士兵一定薄弱，我们用精锐士兵攻打，一定能攻占它；攻占之后，贼军的气势就会受挫，我们的士气则会倍增，趁机逼近他们，一定能击败贼军。” 刘道规说：“说得对！” 于是进军攻打，攻占了那艘战船，随即大声传令：“已经抓住何澹之了！” 何澹之的军队顿时陷入混乱。何无忌的部众也信以为真，乘胜进攻何澹之等人，大败贼军。何无忌等人攻克湓口，进军占据寻阳，派使者护送晋朝宗庙的神主返回京城…… 朝廷加授刘裕为都督江州诸军事。
桑落洲之战中，胡籓乘坐的战船被官军烧毁，胡籓穿着全套铠甲跳入水中，潜水游了三十多步，才得以登岸。当时前往江陵的道路已经断绝，他就返回豫章（今江西南昌）。刘裕一向听说胡籓为人忠诚正直，征召他担任参领军军事。
桓玄收编荆州的士兵，不到三十天，就聚集了两万人，战船、武器装备都很充足。甲寅日（四月二十九日），桓玄再次率领各路军队，挟持安帝向东进军，任命苻宏兼任梁州刺史，担任前锋；又派散骑常侍徐放先行出发，劝说刘裕等人：“如果你们能撤军解甲，我会和你们重新开始，各自授予官职，保证你们不失名分。”
刘裕任命诸葛长民为都督淮北诸军事，镇守山阳（今江苏淮安）；任命刘敬宣为江州刺史。
柔然可汗社仑的堂弟悦代大那谋划杀死社仑，没有成功，逃奔北魏。
后燕王慕容熙在龙腾苑修建逍遥宫，有几百间相连的房屋，还开凿了曲光海（人工湖）。当时正是盛夏，士兵们得不到休息，中暑而死的人超过一半。
西凉世子李谭去世。
刘毅、何无忌、刘道规、下邳太守平昌人孟怀玉率领部众从寻阳向西进军，五月，癸酉日（十七日），在峥嵘洲（今湖北武汉新洲西长江中）与桓玄相遇。刘毅等人的兵力不足一万，而桓玄的士兵有几万人，众人都很畏惧，想退回寻阳。刘道规说：“不行！敌众我寡，强弱形势悬殊，如今如果畏惧退缩，必定会被敌人趁机进攻，就算退回寻阳，又怎能守住呢！桓玄虽然名义上是雄豪，内心其实怯懦；再加上他之前已经战败逃亡，部众没有坚定的斗志。两军对阵决战，勇猛的将领才能取胜，胜负不在于兵力多少。” 于是指挥部众率先前进，刘毅等人也跟着进军。桓玄早就命令在大船旁系上小船，以防战败逃跑，因此部众都没有斗志。刘毅等人乘风放火，全军精锐奋勇争先，桓玄的军队大败溃散，桓玄烧毁军用物资，连夜逃跑。郭铨向刘毅投降。桓玄过去的部将刘统、冯稚等人聚集四百名党羽，袭击并攻破寻阳城。刘毅派建威将军刘怀肃讨伐，平定了叛乱。刘怀肃，是刘怀敬的弟弟。
桓玄挟持安帝乘坐单船向西逃跑，把永安何皇后和王皇后留在巴陵（今湖南岳阳）。殷仲文当时在桓玄的船上，请求离开大船，另乘小船去收集溃散的士兵，趁机背叛桓玄，侍奉两位皇后逃往夏口（今湖北武汉武昌），随后返回建康。
己卯日（二十三日），桓玄和安帝抵达江陵。冯该劝说桓玄再次东下决战，桓玄不听，想逃往汉中投奔桓希，但人心涣散，政令无法推行。庚辰日（二十四日）夜里，桓玄安排好出发事宜，城内却已大乱，他只好和一百多名亲信心腹骑马从城西逃出。到城门时，身边的人在暗中砍杀桓玄，没有砍中，他的部下反而互相残杀，尸体横七竖八。桓玄勉强逃到船上，身边的人纷纷离散，只有卞范之还在身边。
辛巳日（二十五日），荆州别驾王康产侍奉安帝进入南郡府衙，太守王腾之率领文武官员担任侍卫。
桓玄准备前往汉中，屯骑校尉毛修之是毛璩的侄子，引诱桓玄进入蜀地，桓玄听从了他的建议。宁州刺史毛璠是毛璩的弟弟，在任上去世。毛璩派他哥哥的孙子毛佑之和参军费恬率领几百人，护送毛璠的灵柩返回江陵。壬午日（二十六日），他们在枚回洲（今湖北荆州江陵西南长江中）遇到桓玄。毛佑之、费恬迎击桓玄，箭如雨下，桓玄的宠臣丁仙期、万盖等人用身体掩护桓玄，都被射死。益州督护汉嘉人冯迁抽刀上前，准备击杀桓玄，桓玄拔下头上的玉簪（玉导）递给冯迁，说：“你是什么人，敢杀天子！” 冯迁说：“我杀的是弑君叛贼！” 于是斩杀桓玄，又斩杀桓石康、桓浚、庾赜之，抓住桓昇送往江陵，在街市上斩首。安帝在江陵恢复帝位，任命毛修之为骁骑将军。甲申日（二十八日），朝廷宣布大赦，所有因畏惧逼迫而追随叛逆的人，一概不予追究。戊寅日（二十二日，此处日期或为前文疏漏，按上下文应为后续日期），朝廷将晋朝宗庙神主送入太庙。刘毅等人把桓玄的头颅传送到建康，挂在朱雀航（大桁）上示众。
刘毅等人战胜后，认为大事已定，没有紧急追击桓玄残部，又遇到大风，船只无法前进，桓玄死后将近十天，各路军队还没赶到江陵。当时桓谦藏匿在沮中（今湖北宜昌远安一带），扬武将军桓振藏匿在华容浦（今湖北荆州监利北），桓玄过去的部将王稚徽驻守巴陵，派人告诉桓振说 “桓歆已经攻克京城，冯稚又攻克寻阳，刘毅等人的军队都已中途败退”。桓振大喜，聚集两百名党羽，袭击江陵，桓谦也聚集部众响应他。闰五月，己丑日（初三），桓振等人再次攻陷江陵，杀死王康产、王腾之。桓振在安帝的临时住处拜见安帝，骑马持戈，径直走到台阶下，问桓昇在哪里。得知桓昇已死，他瞪着眼睛对安帝说：“我桓氏家族哪里辜负了国家，竟被如此屠杀！” 琅邪王司马德文走下坐床说：“这哪里是我们兄弟的意思啊！” 桓振想杀安帝，桓谦苦苦劝阻，桓振才下马，收敛神色，行礼后退出。壬辰日（初六），桓振为桓玄举办丧事，设立灵堂，追谥桓玄为武悼皇帝。
癸巳日（初七），桓谦等人率领大臣向安帝进献玉玺绶带，说：“陛下（指桓玄）当初效法尧禅让给舜，如今楚朝国运不长，百姓之心又回归晋朝了。” 桓谦任命琅邪王司马德文兼任徐州刺史，桓振为都督八州诸军事、荆州刺史，自己恢复侍中、卫将军之职，加授江、豫二州刺史，安帝身边的侍从，都是桓振的亲信。
桓振年轻时品行不端，桓玄不把他当作子侄看待。到这时，桓振感叹说：“桓公过去不早点任用我，才导致这样的失败。如果桓公还在，我担任前锋，平定天下不在话下。如今独自做这些事，能有什么归宿呢！” 于是放纵地沉迷酒色，肆意杀人。桓谦劝说桓振率军东下决战，自己留守江陵，桓振一向轻视桓谦，不听他的建议。
刘毅抵达巴陵，诛杀王稚徽。何无忌、刘道规分别在马头（今湖北荆州公安北）进攻桓谦，在龙泉（今湖北荆州江陵西）进攻桓蔚，都击败了对方。桓蔚，是桓秘的儿子。
何无忌想乘胜直接进军江陵，刘道规说：“兵法讲究能屈能伸，时机不同，不能冒进。桓氏家族世代居住在西楚（荆州），下属都为他们尽力；桓振勇猛冠绝三军，难以和他正面抗衡。我们暂且停战休整，养精蓄锐，再用计策牵制他，不愁不能攻克。” 何无忌不听。桓振在灵溪（今湖北荆州江陵西）迎战，冯该率军与他会合，何无忌等人大败，战死一千多人。何无忌等人退回寻阳，写信给刘裕请罪。刘裕因为刘毅负责统领各路军队，免去他的青州刺史职务。桓振任命桓蔚为雍州刺史，镇守襄阳。
柳约之、罗述、甄季之听说桓玄已死，从白帝城（今重庆奉节）进军，抵达枝江（今湖北宜昌枝江）时，听说何无忌等人在灵溪战败，就率军撤退。不久，罗述、甄季之都生病去世，柳约之到桓振那里假装投降，想谋划袭击桓振，事情泄露，桓振杀了他。柳约之的司马时延祖、涪陵太守文处茂收拢残部，据守涪陵（今重庆涪陵）。
六月，毛璩派将领进攻汉中，斩杀桓希，毛璩自己兼任梁州刺史。
秋季，七月，戊申日（二十三），永安皇后何氏去世。
后燕苻昭仪生病，龙城人王荣自称能治好她。苻昭仪去世后，后燕王慕容熙把王荣绑在公车门，将他肢解后焚烧。
八月，癸酉日（十九日），朝廷将穆章皇后（何皇后）安葬在永平陵。
北魏设置六谒官，仿照古代的六卿官职。
九月，刁骋谋反，被处死，刁氏家族就此灭亡。刁氏一向富裕，家奴门客横行霸道，独占山林湖泽，是京口的祸患。刘裕分散刁氏的财产积蓄，让百姓根据自己的力气去取，一整天都没取完。当时各州郡遭遇饥荒，百姓依靠这些财物得以渡过难关。
乞伏乾归和杨盛在竹岭（今甘肃天水西南）交战，被杨盛击败。
西凉公李暠立儿子李歆为世子。
北魏君主拓跋珪亲临昭阳殿，调整补充百官，召集朝廷文武大臣，亲自选拔，根据才能授予官职。设置四等爵位：王爵封给大郡，公爵封给小郡，侯爵封给大县，伯爵封给小县。官员品级从第一到第四，过去的大臣有功劳却没有爵位的，追封爵位；皇室中血缘疏远的成员以及异姓世袭爵位的，根据情况降低爵位。又设置五等散官，品级从第五到第九；文官中才能出众的秀才、武官中能担任将帅的人，品级也参照第五到第九等；百官有空缺时，就从这些人中选拔补充。北魏的官名大多不用汉、魏时期的旧称，而是仿照上古的龙官、鸟官：把各部门的使者称为 “凫鸭”，取其飞行迅速的意思；把负责侦察的候官称为 “白鹭”，取其伸长脖子远望的意思；其他官名也都类似这样。
卢循侵犯南海郡（治今广东广州），攻打番禺（今广东广州）。广州刺史濮阳人吴隐之坚守一百多天。冬季，十月，壬戌日（初九），卢循趁夜袭击，攻陷番禺，烧毁官府房舍和百姓住宅，抓获吴隐之。卢循自称平南将军，代理广州事务。他收集被烧毁的尸体骸骨，合葬成一座大墓，埋在洲上，仅骷髅就有三万多具。卢循又派徐道覆攻打始兴郡（治今广东韶关），抓获始兴相阮腆之。
刘裕兼任青州刺史。刘敬宣在寻阳囤积粮食、修缮船只，一直没有松懈防备，所以何无忌等人虽然战败撤退，依靠他得以重新振作。桓玄的侄子桓亮自称江州刺史，侵犯豫章（今江西南昌），刘敬宣击败了他。
刘毅、何无忌、刘道规再次从寻阳向西进军，抵达夏口。桓振派镇东将军冯该驻守长江东岸，扬武将军孟山图据守鲁山城（今湖北武汉汉阳龟山），辅国将军桓仙客驻守偃月垒（今湖北武汉汉阳），兵力合计一万人，水陆互相支援。刘毅攻打鲁山城，刘道规攻打偃月垒，何无忌在长江中游拦截敌军，从辰时（上午七至九时）到午时（上午十一至下午一时），两座城池都被攻陷，活捉孟山图、桓仙客，冯该逃往石城（今湖北黄冈黄州）。
辛巳日（二十八日），北魏宣布大赦，改年号为天赐。修建西宫。十一月，北魏君主拓跋珪前往西宫，下令皇室设置宗师，八个部落（八国）设置大师、小师，州郡也各自设置师，负责辨别宗族亲疏，推荐有才能德行的人，职责类似魏晋时期的中正官。
后燕王慕容熙和苻皇后外出打猎，向北登上白鹿山（今辽宁朝阳喀左南），向东越过青岭（今辽宁锦州义县东），向南抵达沧海（今渤海）后返回，士兵被虎狼咬死和冻死的有五千多人。
十二月，刘毅等人进军攻克巴陵。刘毅的军队号令严明整齐，所到之处百姓安定喜悦。刘裕重新任命刘毅为兖州刺史。桓振任命桓放之为益州刺史，驻守西陵（今湖北宜昌西北）；文处茂击败桓放之，桓放之逃回江陵。
高句丽侵犯后燕。
戊辰日（十六日），北魏君主拓跋珪前往豺山宫。
这一年，晋朝百姓为躲避战乱，用襁褓背着孩子逃往淮河以北，一路上接连不断。