“破浪”舰队在南中国海的航行，并非一帆风顺。他们遭遇过突如其来的风暴，迷失过方向，也遇到过神出鬼没的海盗船。但在指挥官吴英的沉着指挥和全体船员丰富的经验下，都一一化险为夷。他们沿途仔细测绘航道，记录水文气象，并与遇到的零星中国商船交换信息，对南海的认知逐渐加深。
经过近一个月的航行，舰队终于抵达了吕宋岛的外海。为免打草惊蛇，吴英下令舰队在远离主要航道的偏僻海湾下锚隐蔽，自己则亲自率领一艘小型哨船，挑选了包括化装成商人的通译和几名精干水手在内的小队，携带少量货物作为掩护，前往马尼拉湾进行侦察。
当哨船缓缓驶入马尼拉湾，那座笼罩在热带阳光下的殖民城市逐渐清晰时，船上所有人的心都沉了下去。昔日繁华的涧内（帕利安）华人聚居区，如今已是一片焦土废墟，断壁残垣间，依稀可见大火焚烧过的痕迹，荒草丛生，杳无人烟，只有海风吹过时，带着一股说不出的凄凉与死寂。而与这片废墟形成鲜明对比的，是海湾中停泊的几艘悬挂着西班牙旗帜的巨型盖伦帆船，以及岸上那座戒备森严、炮口森然的圣地亚哥堡。
吴英强忍着心中的怒火与悲恸，命令哨船靠向允许外商贸易的特定码头。他们以爪哇商人的身份作掩护，试图与当地其他国家的商人以及少数侥幸逃脱、隐藏很深的华人接触。
过程是艰难而危险的。西班牙殖民当局在大屠杀后，对华人的管控达到了变态的严苛程度，残留的华人如同惊弓之鸟，不敢轻易相信外人。经过通译多方辗转、秘密试探，吴英终于通过一名与华人有姻亲关系的土着头人，联系上了一个隐藏在马尼拉城外的华人秘密团体。
在一个月黑风高的夜晚，吴英带着两名护卫，在向导的引领下，秘密会见了这个团体的首领——一位名叫苏鸣岗的老者。苏鸣岗曾是涧内有名的侨领，在大屠杀中失去了几乎所有亲人，凭借早年对土着部落的恩惠和自身的机警才侥幸逃脱。
见到来自故国的“商人”，苏鸣岗老泪纵横，他确认了陈桂生所言非虚，甚至补充了更多惨绝人寰的细节——西班牙人如何有组织地屠杀，如何将华人的尸体抛入大海或集体焚烧，如何掠夺华人的巨额财富……
“朝廷……朝廷终于派人来了吗？”苏鸣岗紧紧抓住吴英的手，浑浊的眼中燃起一丝希望的火焰。
吴英无法暴露真实身份，只能沉痛道：“老人家，故国未曾忘记你们！血债，必有血偿之日！我们此行，便是要摸清情况，回去禀报。”
他将随身携带的一部分金银留给苏鸣岗，作为援助秘密团体和搜集情报的经费，并叮嘱他们务必保重，等待时机。
在接下来的几天里，吴英的小队利用商人身份，尽可能多地搜集了马尼拉湾的防御工事、西班牙战舰数量与部署、驻军规模等重要情报，并由随行的绘图员秘密绘制了详图。
任务初步完成，吴英不敢久留，决定立刻返航。然而，就在“破浪”舰队重新集结，准备扬帆北归之际，厄运却突然降临。一艘在附近巡弋的西班牙武装盖伦船发现了这支形迹可疑的“商队”舰队，并上前盘查。
语言不通，身份存疑，西班牙船长发出了警告射击的命令！
“轰！”的一声炮响，炮弹落在“破浪”舰队旗舰附近，激起冲天水柱。
“升满帆！转向！撤离！”吴英当机立断，下令舰队全速脱离。
一场突如其来的海上追逐战，在吕宋外海激烈上演。西班牙盖伦船体型庞大，火力凶猛，不断发炮轰击。而“破浪”舰队船小灵活，利用风向和熟悉的水域与之周旋。
激战中，一艘明军哨船被炮弹击中船舷，受损严重，航速骤降。眼看就要被西班牙战舰追上。
“不能抛弃兄弟！”吴英红着眼睛，命令舰队其他船只折返，集中火力掩护受伤战友。
这场实力悬殊的战斗持续了半个时辰，最终，明军凭借出色的操船技术和决死一战的勇气，以一艘哨船重伤、数十人伤亡的代价，成功摆脱了西班牙战舰的追击，驶入了复杂的暗礁区，得以脱身。
虽然付出了血的代价，但“破浪”舰队携带的情报和苏鸣岗等幸存华人的证词，无疑是无比珍贵的。他们用勇气和牺牲，为遥远的南京朝廷，带回了海外同胞血泪的控诉和敌人巢穴的第一手资料。
当伤痕累累的“破浪”舰队拖着疲惫的身躯返回江阴基地时，郑森和早已得知消息在此等候的朱慈炤，看着船体上的弹痕和将士们悲愤的神情，都知道——吕宋之仇，已不仅仅是遥远的听闻，而是刻入了骨髓的国耻！向西班牙人讨还血债的那一天，必将到来！