绿色草原的风总是带着青草和泥土的甜味，像母亲温柔的手掌，拂过无边的绿浪，一直延伸到天际线。在这片宁静得能让最躁动的心都沉静下来的土地中央，
矗立着一座与自然和谐共处的维多利亚风格大宅。这里，就是着名宝可梦研究家秀力·史诺顿博士和他年幼的女儿小美的家。
夕阳将天空染成暖橙色，给大宅的玻璃窗镀上一层金辉。书房里，小美蜷缩在宽大的天鹅绒扶手椅中，像只缺乏安全感的小猫。她的头发颜色很浅，在夕阳下几乎成了透明的淡金。
秀力博士坐在她对面，手里捧着一本厚厚的、封面印有古老符文的书籍。他的声音温和而富有磁性，正讲述着一个古老的传说。
“……于是，当世界的平衡被打破，勇者吹响了纯净之笛，传说中的宝可梦破空焰便会从时空的裂隙中降临，以烈焰涤荡一切不平……”秀力博士讲述着，但他的目光不时瞥向窗外，似乎带着一丝不易察觉的焦虑。
“爸爸，破空焰真的存在吗？”小美抬起小脸，眼中闪烁着好奇与渴望。她记得妈妈也很喜欢这个故事，以前总是妈妈讲给她听。
“传说之所以是传说，就是因为人们愿意去相信美好和希望的存在，小美。”秀力博士合上书，慈爱地摸了摸女儿的头。就在这时，书房门被敲响了。
进来的是博士的助手，一位年轻的男士，此刻他的脸上混合着兴奋与紧张。
“博士！我们在遗迹外围有了惊人的发现！”助手的声音因为激动而有些颤抖，“是一块保存极其完好的木刻板，上面的图腾……很像文献里提及的，但从未被证实过的‘未知图腾’！”
“什么？”秀力博士猛地站起身，脸上的温和被学者的专注取代，“立刻带我去看！”
他转向小美，语气带着歉意：“小美，爸爸需要去研究室一下，很快回来。你乖乖待在家里，好吗？”
小美乖巧地点点头，但看着父亲匆匆离去的背影，以及助手临走前那个混杂着神秘与不安的眼神，一种熟悉的、冰冷的孤独感再次悄无声息地包裹了她。
妈妈很早以前就失踪了，爸爸是她唯一的依靠，可爸爸的世界里，总有比陪她更重要的东西——他的研究，那些古老的符号和传说。
大宅突然变得空旷而寂静，落日的余晖褪去，暮色如同墨汁滴入清水，迅速弥漫开来。小美抱着膝盖，坐在越来越暗的房间里，一动不动。
爸爸说的“很快”似乎被无限拉长了。夜色完全降临，仆人们准备好了晚餐，但博士和助手都没有回来。
一种不祥的预感像藤蔓一样缠绕住小美的心脏。她跑到大门口张望，只有草原无边的黑暗和风声。她试着用家里的通讯器联系爸爸的研究站，只有忙音。恐惧渐渐压过了孤独。
第二天，第三天……秀力博士和他的助手如同人间蒸发，再也没有出现。只有助手那天匆忙带回、还没来得及送入研究室的木刻板，被遗忘在了客厅的桌子上。
绿色草原不再能安抚小美的心。大宅变成了一个巨大而华丽的牢笼，充满了可怕的寂静。她不敢出门，害怕那无边的绿色里隐藏着吞噬爸爸的怪物。她吃得很少，睡得不安稳，总在梦中惊醒，泪水浸湿枕头。
又是一个孤独的黄昏。小美蜷缩在客厅的地毯上，目光空洞地扫过房间。最后，她的视线落在了那块木刻板上。上面刻满了奇特的符号，有些像扭曲的英文字母，带着一种古老而神秘的气息。她伸出手，小心翼翼地触摸那些刻痕，冰凉而粗糙。
无限的孤独像潮水般涌来，几乎让她窒息。她需要一个出口，哪怕只是虚幻的慰藉。鬼使神差地，她拿起那些散放在木刻板旁边的、同样材质的小木块——那是助手为了方便研究而制作的、可以活动的未知图腾复制品。
她的小手无意识地将木块排列、组合。她不知道自己为什么要这么做，只是本能地，将内心最深的渴望，拼凑出来。
p - A - p - A。
m - A - m - A。
m - E。
“爸爸……妈妈……我……”她轻声念出这些词汇，声音在空旷的房间里微不可闻，却像是一道开启异界大门的咒语。
就在最后一个音节落下的瞬间，客厅的空气似乎凝滞了。紧接着，第一个闪烁着微弱白光的符号——一个如同大写字母“F”的未知图腾——凭空浮现，如同幽灵般轻轻摇曳。
然后是第二个“R”，第三个“I”……越来越多的未知图腾从虚空中钻出，它们无声地环绕着小美，散发出柔和却强大的精神波动。
小美惊呆了，忘记了哭泣，只是怔怔地看着这些发光的“字母”像有生命的星星一样围绕着她旋转。她感到一种奇特的温暖，一种被关注、被回应的感觉，这是爸爸失踪后从未有过的。
未知图腾们感应到了女孩内心巨大的空洞和悲伤——那份对父母陪伴、对家庭温暖的极致渴望。它们的力量开始涌动，不是为了破坏，而是为了“实现”。
以小女孩的愿望为蓝图，以未知图腾的超能力为建材，一个巨大的“工程”开始了。
首先是墙壁，光滑的壁纸上开始渗出晶莹的颗粒，迅速蔓延、凝结，化作七彩流转的水晶。然后是天花板、地板……整座大宅从内部开始被迅速晶体化。
家具、摆设，一切都被包裹在坚硬而美丽的水晶之中，仿佛时间静止。但水晶并未停止，它们冲破墙壁，向天空延伸，一座巍峨而诡异的结晶塔以肉眼可见的速度拔地而起，取代了原来的大宅。
未知图腾们为小美创造了一个绝对“安全”的堡垒，一个与外界隔绝的、只属于她的完美世界。在这里，没有失踪，没有等待，没有孤独。
塔的中心，是小美原来的卧室，如今已变成了一座水晶宫殿。小美站在宫殿中央，身上的睡衣也变成了闪烁着星光的华丽裙子。她面前，水晶如同有生命般汇聚、塑形，最终变成了秀力博士的模样。
“小美。”‘爸爸’开口了，声音和神态都与真正的秀力博士一般无二，只是眼神深处缺少了那份真实的温度，“看，爸爸回来了。以后爸爸永远陪着你，再也不离开你了。”
小美扑进‘爸爸’的怀里，触感是真实的温暖。她用力点头，眼泪再次涌出，但这次是喜悦的泪水。“嗯！爸爸！”
然而，幻象越是完美，真实的内心就越被侵蚀。小美没有察觉到，在她沉浸在“父爱”中时，她指尖的皮肤，也开始泛起一丝不易察觉的结晶光泽。她的心，正在逐渐被这个由她愿望构筑的牢笼同化。
几天后，结晶塔的存在终于被外界发现。它的范围开始缓慢而不可阻挡地向外扩张，翠绿的草原因被晶体覆盖而失去生机，如同大地患上了无法治愈的疮疤。
消息像野火一样传开，自然也传到了真新镇。大木博士在得知好友秀力失踪、其住所异变的噩耗后，立刻联系了小智的母亲花子。两人忧心忡忡，第一时间赶到了绿地镇。
而与此同时，一路旅行的小智、小刚和伊利斯，也在因缘际会下抵达了这里，并遇到了性格直爽的训练家小凌。在进行了友好的对战切磋后，四人结伴而行，共同面对着这片正在被奇异结晶吞噬的草原。
“那就是……结晶塔？”小智站在坡顶，望着远处那座折射着不祥光芒的巨塔，感到一阵心悸。皮卡丘在他肩头不安地叫了一声：“皮卡……（里面有很悲伤的感觉……）”
小凌快速将镇上的传闻告知了他们：博士失踪，独女小美被困塔中，结晶不断扩张。
“秀力博士他……”小刚面色凝重。
“妈妈和大木博士已经先到了！”小智掏出黑蓝相间的洛托姆手机，“洛托姆，联系妈妈！”
屏幕亮起，洛托姆的声音带着杂音：“信号受到强烈干扰，洛托！无法接通！”
不安在蔓延。突然，一声威严的咆哮从塔的方向传来，一道炽热的身影如流星般冲向绿地镇！
“那是……什么宝可梦？”小凌惊呼。
小智眼神锐利：“从来没见过的……速度好快！”
不祥的预感成真。当他们赶回宝可梦中心时，得到了如晴天霹雳般的消息：花子被那只名为炎帝的传说宝可梦掳走了！
“炎帝……它带着花子小姐，直接返回了结晶塔！”大木博士又惊又怒，却无能为力。
“妈妈！”小智如遭雷击，转身就要冲向结晶塔，被小刚和伊利斯死死拦住。
“小智，冷静！冲动解决不了问题！”小刚低喝。
“皮卡皮卡！（小智，冷静下来！）”皮卡丘也焦急地抓着他的衣服。
“必须要有计划，洛托！”洛托姆手机飞旋着，“能量分析确认，塔的核心是大量‘未知图腾’的精神力量，它们能具现化思想，洛托！
劫走花子女士的行为，很可能是为了满足塔核心灵——很可能是小美——对‘完整家庭’的渴望，洛托！”
小智强迫自己深呼吸，拳头紧握，指甲陷进掌心。他看向那座吞噬了他母亲的巨塔，眼中燃烧着坚定的火焰。
“我明白了。”他的声音低沉却清晰，“我要进去。不仅要救妈妈，也要把那个叫小美的孩子从那个虚假的世界里拉出来！未知图腾是因为她的孤独才这么做的，对吧？她不是坏人，她只是……太可怜了。”
“皮卡丘！（我们一起去！）”皮卡丘跳上他的肩头，用电蹭表示支持。
小凌上前一步：“我也去。多一个人多一份力量。”
“谢谢。”小智点头，看向洛托姆，“洛托姆，分析入口和未知图腾的弱点！”
“塔结构不稳定，入口在变化，洛托！未知图腾的力量源于意识，或许需要从意识层面瓦解幻象，洛托！”
“意识层面？”伊利斯思考着，“要让小美自己意识到真相？”
“很可能，洛托！”
“无论如何，必须进去了！”小智下定决心，“小刚，伊利斯，小凌，我们走！”
四人冲向结晶塔。越是靠近，精神压迫感越强，低语般的杂音在脑中萦绕。地面结晶裂开，凝聚出数只水晶幻影宝可梦，拦住了去路。
“是幻影！皮卡丘，十万伏特！”
“皮卡——啾！”金色电光闪耀，粉碎了最先冲来的幻影。小凌的火岩鼠也喷出火焰助战。
战斗声中，小智紧盯着塔身上那个不断开合、如同漩涡般的水晶入口。
“我们掩护你！”小刚喊道，“小智，找准机会！”
“里面情况不明，千万小心！”伊利斯叮嘱。
小智重重点头，目光锁定入口。妈妈，还有那个被困在孤独幻梦中的女孩，都在里面。
“皮卡丘，我们上！”
“皮卡！（明白！）”
一道电光，义无反顾地射向那幽深、闪烁着不祥光芒的入口，冲向一切孤独与幻象的起源之心。