太医署的问对风波，非但未能遏制阿树学说的传播，反而使其声名愈彰。朝廷虽未明令推崇，却也未加禁止，态度暧昧中实则默许了其在民间的存在与发展。经此一役，阿树更加明确了方向——扎根民间，以疗效说话，让融合东西的医学智慧，如春雨般无声润泽苍生。
济世堂已无法容纳日益增多的求学者与病患。在几位支持阿树的富商与官员暗中资助下，加之阿树与平安西行积攒的部分资财，他们于长安城东南隅的曲江池畔，购下一处废弃的庄园，加以修缮扩建，挂上了“博济医学院”的匾额。此处不仅设有诊堂、药局、讲学堂，更有专门用于辨识药材的园圃、练习针灸的铜人模型室，以及数间供重病患者调养的静养室。阿树自任山长，李仁溥为副，平安与杨素心则为首席教授，负责日常教学与诊疗。
“博济”二字，取“博采众长，济世活人”之意，昭示了学院的宗旨。开幕之日，虽未大肆张扬，但闻讯而来的医者、学子乃至好奇的市民，仍将门前挤得水泄不通。阿树立于堂前，面对众人，只简单说道：“此地，愿为天下有志于医道者，开一扇窗；愿为长安染疾之百姓，尽一份力。入此门者，无论尊卑，无论来自何方，但存济世之心，皆可共研医理，共祛沉疴。”
学院运作之初，挑战重重。最大的难题，在于如何将阿树融汇东西的医学思想，系统化、条理化为可授之业、可习之术。阿树与平安、杨素心日夜探讨，将《西行医鉴》的框架进一步细化，编撰了一套由浅入深的教材。
基础阶段，学子需同时研习《内经》、《伤寒》精要，与天竺《阇罗迦集》、波斯《医典》的人体观、疾病观，进行比较学习，旨在开阔思维，理解不同医学体系背后的逻辑。平安负责的“药材通辨”课，要求学子不仅熟知中原本草，还需掌握五十种常用西域药材的辨识、性味与配伍禁忌。杨素心则主持“诊法汇通”，带领学子练习将望闻问切与尿诊、舌诊（天竺）、细脉诊（波斯）等法结合运用。
进阶阶段，阿树亲自讲授“疾病论治融通”。他常以具体病案为例，如“咳喘”、“痢疾”、“心痛”、“疮疡”等，分别阐述中原、天竺、波斯的不同认识与治法，然后引导学生思考，在何种情况下，以何法为主，如何取舍配伍，制定出最适合当下病患的个体化方案。他强调：“执一方而治万人，是谓庸医；察一病而通诸法，方为明医。”
学院提倡“知行合一”。每位学子均需参与诊堂轮值，在教授指导下接诊病人，记录详实医案，定期讨论总结。遇到疑难重症，则成为全院会诊、教学相长的活教材。
这一日，学院接收了一位从西域归来、罹患怪病的军士。他周身皮肤日渐干硬、绷紧，色如蜡黄，关节活动受限，口唇难以张大，呼吸亦感费力。曾随军医按“风痹”、“皮痹”论治，用过祛风散寒、活血通络之剂，毫无起色，反见加重。
众学子围拢观察，议论纷纷，莫衷一是。有言此乃奇毒，有言此为恶疮。
阿树仔细检查，触其皮肤如皮革，观其舌质暗红无苔，脉象沉涩如轻刀刮竹。他沉吟良久，问那军士：“病发之前，可曾长期居于潮湿阴冷之处？或接触过不明草木、矿物？”
军士费力回忆，言及曾在西域一山谷中驻扎年余，那谷中多有奇异白色岩石，触之滑腻，附近水流亦带异味。
阿树心中一动，想起在波斯智慧宫某部杂记中，似乎提及过类似症状，与一种名为“石棉”的矿物粉尘有关，称之为“石匠之疾”。然书中并未详述治法。
他并未贸然下药，而是先将患者安置于静养室，以温泉（学院引曲江地热所建）药浴，加入活血润肤的桃仁、红花、当归等，外以麻油调和西域带回的“乳香”、“没药”涂抹患处，以缓解其皮肉拘急之苦。内服则暂以益气养血、柔肝润燥之剂维持，如黄芪、当归、生地、麦冬、白芍等。
同时，他发动学子，查阅学院收集的所有西域典籍抄本，并请教往来长安的西域商旅、使者，探寻此病信息与可能疗法。平安与杨素心更是日夜翻检，不放过任何线索。
十数日后，一位来自拂林（东罗马）的景教僧侣来访学院，听闻此事，言及其故乡亦有石匠患此疾，当地医者多用一种生于海滨的“海藻”，配合橄榄油外敷内服，可缓解症状。
阿树得此信息，如获至宝。立刻让平安去西市搜寻“海藻”。寻得后，他亲自尝药，觉其咸寒软坚，正合此症痰瘀互结、燥涩不通之病机。遂调整方案，在内服方中加入大量海藻、昆布等咸寒软坚之品，佐以丹参、土鳖虫活血通络；外敷药中亦加入捣烂的海藻，与麻油、乳香等混合。
治疗过程缓慢，但一月之后，军士紧绷的皮肤竟开始微微软化，颜色渐趋正常，关节活动度也有所改善。虽未能痊愈，但病情得到了有效控制，痛苦大减。此案成为学院“融通医学”成功解决疑难杂症的典范，被详细载入院志。
类似案例，在博济医学院层出不穷。一位贵妇人的“消渴”（糖尿病）重症，在用尽传统方药无效后，阿树借鉴天竺、波斯控制饮食、调节生活起居之法，辅以特定草药（如武靴叶、苦瓜等），使其病情稳定；一名孩童的“惊风”（癫痫），在常规镇惊熄风无效时，结合天竺瑜伽呼吸安定心神之法与波斯某些镇定香药，发作频率显着降低……
疗效是最好的宣言。博济医学院的名声不胫而走，不仅长安百姓纷至沓来，周边州县的危重患者也慕名求治。学院提出的“因人、因时、因地治宜”、“集众长以疗一病”的理念，逐渐深入人心。
前来求学的，也不再限于年轻医徒。一些已有名声的地方医家，甚至太医署的年轻太医，也甘愿以“访问学者”身份，来此进修。学院内，常常可见白发老者与青年学子同桌听讲，激烈辩论，学术气氛空前活跃。
平安与杨素心，在大量的教学与诊疗实践中，医术与心智愈发成熟。平安沉稳练达，尤精于药材与方剂融合，已成为阿树在药学方面的左膀右臂；杨素心思维敏捷，善于理论梳理与阐发，承担起了学院大部分教材的编纂与修订工作。
看着学院步入正轨，看着弟子们茁壮成长，阿树深感欣慰。然而，他并未止步。他深知，医学探索永无止境，博济医学院仅仅是一个起点。
这一夜，曲江池畔月色如水。阿树与平安、杨素心漫步于学院药圃之间，草木清香袭人。
“师父，如今学院初成，学子渐众，您接下来有何打算？”杨素心问道。
阿树停下脚步，望向南方无垠的夜空，缓缓道：“中原大地，幅员辽阔，疾病谱系各异。江南湿热，瘴疠横行；岭南山岚，蛊毒莫测；漠北苦寒，痹症众多……博济之学，需走出长安，遍验于四方，方能真正‘泽被苍生’。我欲编撰一部《博济医典》，不仅收录学院所研所治，更广集民间验方、地方特色疗法，将融合医学之精神，推行于天下。”
平安眼中光芒闪动：“师父，您是说……我们或许还要再次远行？”
阿树微微一笑，目光深邃：“读万卷书，行万里路，医万种病。此乃我辈宿命。然此次，非独我师徒数人。当由尔等主持学院，培养更多能独当一面的‘博济’医者，使星火散作满天繁星。届时，四海之内，皆有我‘博济’之门人，解疾苦，传仁心，方不负我等平生之志。”
平安与杨素心闻言，心潮澎湃，顿感肩上责任重大，亦觉前路广阔无边。
月光下，师徒三人的身影立于药圃之中，与这孕育着无数生机的草木融为一体。博济医学院的灯火，在身后温暖地亮着，仿佛一颗播撒下的种子，已然破土，正迎着春风，茁壮生长，其荫必将庇佑更广袤的土地。泽被苍生之路，就在脚下，延展向无尽的远方。