灼热的阳光炙烤着广袤无垠的红色土地，巨大的岩层如同被巨斧劈开，形成一道道深邃雄伟的峡谷——这里就是闻名遐迩的大砂谷。
小智一行人正行走在峡谷边缘的小路上，惊叹于大自然的鬼斧神工。这时，他们注意到许多行色匆匆的人，背着沉重的背包，扛着锄头或铁锹，正朝着峡谷深处赶去。
“这些人…是干什么的？”小智好奇地张望着，“大砂谷里到底有什么好东西啊？”
“你连这种事都不知道吗？”一个熟悉又带着几分傲慢的声音从旁边传来。
小智回头望去，只见小茂正扛着一把崭新的锄头，带着他那一如既往的啦啦队女友团走了过来。
“小茂？”小智惊讶道，“你扛着锄头干嘛？”
小茂甩了甩头发，得意地解释道：“因为这个地方发现了已经绝种的宝可梦的化石！所以现在兴起了一股寻找宝可梦化石的热潮！身为未来的宝可梦大师，这种历史性的时刻怎么能少了我？”
一旁的啦啦队立刻开始呐喊：“小茂加油！小茂加油！小茂小茂一级棒！”
小茂潇洒地挥了挥手：“谢谢各位，我众多的女朋友们~”他转向小智，语气带着惯有的竞争意味，“趁着这时，说不定重要的化石就要被别人挖走了！我现在可没有闲时间陪你这个迟到的训练家浪费时间了。”
他的目光又转向水奈，发出邀请：“水奈，要不要跟我一起走啊？说不定能找到稀有的化石哦。”
水奈摇了摇头：“不用了。”
小茂也不在意：“那好吧，我先走了。祝你们好运啊~”说完，他带着啦啦队，快步向谷底走去。
小智被小茂那副得意的样子气到了，握紧拳头：“可恶！既然这样，我要比小茂那个家伙更快的挖掘出宝可梦的化石！给他点颜色看看！”
小刚看着那些疯狂挖掘的人们，却有些忧虑：“可是我觉得…这么做等于是故意去吵醒变成化石而沉睡在地底的古代宝可梦啊…打扰亡者的安宁似乎不太好。”
小霞则双眼放光：“可是，寻找几万年前就绝种的宝可梦化石，不是很浪漫吗？”
小智立刻附和：“就是说呀！浪漫浪漫！我们快去找吧！”
他们没注意到，一块岩石后面，胖丁正悄悄探出头看着他们。它看到小智他们，高兴地笑起来，以为又能找到听众了。它跳上一块大石头，摆好姿势，深吸一口气准备开唱——却发现小智一行人已经走远了，根本没人回头看它。胖丁顿时沮丧地耷拉下脑袋。
小智他们来到一处高地向下望去，只见谷底密密麻麻全是人，都在奋力挖掘，叮叮当当的声音不绝于耳。
小霞着急道：“动作不快一点，化石会全部被人挖走的！”
小刚则保持着怀疑：“可是…这么多人在挖，好像都没人挖到。‘找到宝可梦化石’这个传闻，搞不好是哪里搞错了吧？”
就在这时，他们旁边的一块岩石后，传来喵喵自言自语的声音：“不知道他们顺不顺利喵…以他们过去的记录，不知道可不可以依靠啊喵…”
只见武藏和小次郎鬼鬼祟祟地从岩石后面钻出来。
武藏一甩头发：“既然你诚心诚意的喵问了！”
小次郎接上：“我们就大发慈悲的喵诉你！”
“为了防止世界被破坏！”
“为了守护世界的和平！”
“贯彻爱与真实的邪恶！”
“可爱又迷人的反派角色！”
“武藏！”“小次郎！”
“…（还没说完）”
“讲那些废话一点用也没有喵！”喵喵气得跳起来打断他们，“你们到底装好炸弹没有喵？！”
武藏叉腰：“炸弹我们当然装好了！”小次郎得意道：“就是呀！只要炸掉这一带的岩盘的话，隐藏的宝可梦化石就一定可以找得到的！我们就能立大功了！”
小霞惊恐地捂住嘴：“他们…他们想炸毁大砂谷啊，这样子的话，在下面挖掘的人就危险了！可能会引起大面积塌方的！”
小智立刻回头对同伴说：“我去阻止他们！你们快去转告下面的人，叫大家赶快逃走！”
水奈上前一步：“我和你一起去。”
小智点点头：“好！皮卡丘，我们走！”
几人立刻分头行动起来！
小智和水奈迅速冲向火箭队所在的位置。小智大喊：“火箭队！你们住手！”
小次郎回头：“又是你们这些小鬼！”武藏恼怒道：“你又来妨碍我们了！”
喵喵指着旁边嗤嗤燃烧的导火线，得意道：“可是很遗憾，已经太迟了喵！引线已经点燃了！”
小智咬牙：“你想得美！杰尼龟，就决定是你了\/你们了！”
小智和水奈同时派出了杰尼龟！
“杰尼龟，用水枪浇灭导火线！”两人同时下令。
两道水柱射向错综复杂、燃烧得飞快的导火线。然而引线布置得毫无规则，燃烧速度极快，杰尼龟的水枪难以全部覆盖！
眼看引线继续飞速燃烧，小智和水奈急忙沿着引线追过去，想找到源头。
“绝对不能让你们破坏我们的计划！”武藏和小次郎丢出精灵球试图阻拦。
就这样，小智和水奈在前面沿着引线跑，火箭队的宝可梦在后面追，武藏和小次郎也跟着跑，场面一片混乱！
然而，跟在后面的小次郎一个不小心，被地上的石头绊倒！
“哇啊啊！”他惊叫着向前扑去，连锁反应般撞倒了前面的武藏、喵喵，以及正在专心找引线的小智和水奈！
几个人惊叫着滚作一团，沿着一个陡峭的斜坡一路滚了下去！
噗通！几人正好摔在了埋藏炸弹的主要岩体面前！而那根最主要的导火线，正嗤嗤地燃烧到尽头！
“不好！”小智刚回过神来，就看到火光没入了炸药之中！
“快阻止它啊…”小智的话还没说完——
轰隆隆隆——！！！
震耳欲聋的爆炸声响起！炸药被提前引爆了！巨大的冲击波将几人狠狠掀飞！天空中甚至升起了一小朵蘑菇云！地面剧烈震动，裂开了一道巨大的缝隙！
小智、水奈、皮卡丘，还有火箭队三人，全都掉进了那道突然出现的裂缝之中！
紧接着，爆炸引发的震动使得旁边的山岩大量碎裂、滚落，正好将他们掉落的洞口严严实实地封死了！
“小智！水奈！”跑到半途的小霞和小刚目睹了这一切，惊恐地跑到被堵死的洞口前。
小刚不敢置信地徒劳地推着巨石：“怎么会发生这种事…”
小霞急得快哭了：“我们得快点救他们出来！”两人开始拼命地徒手搬动那些较小的石块，但对于巨大的封路石来说，只是杯水车薪。
地下洞窟中，小智和水奈悠悠转醒。周围一片漆黑，只有些许光线从石头缝隙透入。
“皮卡…皮卡丘！”皮卡丘担心地蹭着小智的脸。
“我没事…水奈，你怎么样？”小智晃了晃脑袋。
“还好…”水奈站起身，检查了一下自己和宝可梦，“火箭队那三个家伙好像掉到别的地方去了。我们好像在一个很大的地下洞窟里。”
水奈观察了一下四周：“上面被堵死了，暂时出不去。我们先四处看看，找找有没有别的出路吧。”
两人借着微弱的光线，摸索着向前走。没想到，这地下别有洞天！他们竟然走进了一个巨大的、充满古老气息的地下遗迹！墙壁上刻满了模糊的壁画，描绘着一些他们似曾相识却又有些不同的宝可梦——类似喷火龙、水箭龟、快龙等古代形态。
小智惊喜地辨认着：“快看！水奈！那是古代的喷火龙吗？样子有点不一样！”
水奈则掏出了相机，仔细地拍下这些珍贵的壁画：“这些资料很重要，出去后可以发给大木博士研究。”
这时，小智又有了发现：“水奈你快看！那里有一堆发光的…玻璃珠？”
水奈走过去查看，只见地面散落着一堆圆润的石头，里面包裹着类似基因螺旋状的光丝，大多颜色单一且深邃，但其中有几颗格外不同，呈现出梦幻的渐变彩色，仿佛蕴含着特殊的力量。
水奈仔细观察后说：“这哪里是普通的玻璃珠嘛…虽然不清楚具体是什么，但感觉很特别。我们可以带一些出去，问问大木博士。”
小智点点头：“好！”两人将那些彩色的、以及一些看起来比较特别的石头小心地捡起来，装进背包。探索完这个遗迹大厅，似乎没有其他出路了，他们只好原路返回，打算再想办法从掉下来的地方突破。
刚回到最初掉落的大洞穴，就看见火箭队三人组惊慌失措地从另一个通道跑过来，仿佛后面有什么可怕的东西在追赶他们。
小智疑惑道：“喂！你们三个跑什么呢？”
三人还没来得及说话，就听见他们来的方向传来密集的、令人不安的咔嗒声和嘶嘶声！
紧接着，一群外形古老、甲壳狰狞的宝可梦从黑暗中浮现！有化石盔、镰刀盔、菊石兽、多刺菊石兽！它们的眼睛闪烁着不祥的红光，充满了攻击性！
小智立刻拿出图鉴扫描：
“菊石兽\/多刺菊石兽，漩涡宝可梦。被认为是几万年前灭绝的宝可梦，其生态一切都是谜。”
“化石盔\/镰刀盔，甲壳宝可梦。同样被认为是已灭绝的古代宝可梦，至今仍然有人认为它们可能活在某些地方。”
武藏和小次郎看到这些宝可梦，先是害怕，随即狂喜地抱在一起：“太好了！是活生生的古代宝可梦！”
小次郎激动道：“我们…我们将要成为幸存的古代宝可梦的发现者而名留青史了！”
武藏幻想道：“老大对我们的评价也会大大提高！奖金！”
喵喵也流着口水：“这样我吃的猫罐头可以升级到最高级了喵！”
小智却警惕地看着那些不断逼近、发出威胁性嘶叫声的宝可梦，提醒道：“可是它们对我们好像不是很友好的样子！你们看，眼睛都充满了血丝，好像脾气非常不好的样子！”
武藏猜测：“该不会…这些宝可梦并不是成为化石，而只是在这里沉睡而已吧？”小次郎反应过来：“对！刚才的大爆炸把他们从睡梦中吵醒了！所以它们非常生气！”
武藏不管那么多：“别管这么多！反正抓起来就对了！”两人丢出精灵球。
但他们的阿柏怪和双弹瓦斯刚出来，就被一群古代宝可梦的联合攻击瞬间打飞！
紧接着，这群被惊醒的古代宝可梦愤怒地朝着所有人发起了冲锋！
“哇啊啊啊！快跑啊！”小智放出火恐龙想抵挡，但火恐龙根本不听指挥，反而差点烧到小智自己。水奈也放出宝可梦奋力抵抗，但终究寡不敌众。
所有人只能被这群愤怒的古代大军追着在地下洞窟里疯狂逃窜！
地面上的小霞和小刚已经找到了君莎小姐，简单讲述了这里发生的爆炸和有人被困的情况。
君莎小姐闻言大惊：“什么？居然有人用炸弹？！太乱来了！等一下，我立刻呼叫支援和救援队！”
地下，小智他们拼命逃跑，就在快要被追上时，那些古代宝可梦却突然停了下来，它们像是感受到了什么极其可怕的东西，惊恐地嘶叫着，纷纷转身向后逃窜，瞬间就跑得无影无踪。
武藏抱住小次郎，松了口气：“奇迹！奇迹出现了！”小次郎也松了一口气道：“得救了…”
喵喵却颤抖着指着黑暗深处，声音充满恐惧：“不对啊喵…你们看那里…”
只见黑暗中，一个更加庞大、更具压迫感的身影缓缓飞出！它有着石翼般的翅膀，狰狞的头颅，锋利的牙齿——是化石翼龙！
它一脚踢开了挡路的火恐龙，发出震耳欲聋的咆哮！
小智震惊道：“这…这家伙是…”
小次郎吓得魂飞魄散：“他是最厉害的！是古代天空的霸主！”
水奈冷静分析：“所以其他宝可梦才逃走的…”
喵喵绝望道：“他想要把我们吃掉啊喵！”
化石翼龙再次发出咆哮，朝着他们猛冲过来！
众人又是一阵亡命奔逃！而被踢到一边的火恐龙，挣扎着爬起来，它看着强大的化石翼龙，眼中燃起了不服输的火焰！它对着化石翼龙发出挑战的吼叫，指了指化石翼龙，又指了指自己。
但化石翼龙根本不屑理会这只“小不点”，直接又是一翅膀将它扇飞，然后继续追击小智等人。
就在这时，头顶被封住的洞口传来了模糊的呼喊声：“小智——！水奈——！你们在下面吗——？”
是小刚和小霞的声音！
小智仿佛抓住了救命稻草，赶忙大声回应：“我在这里！快来救我呀！”
化石翼龙被他的喊声吸引，猛地俯冲下来，利爪一把抓住小智，然后振翅向上飞去！
“小智！”水奈惊呼，和皮卡丘一起扑过去，抓住了化石翼龙的尾巴！被扇飞的火恐龙也挣扎着飞过来，死死抱住化石翼龙的腿！
化石翼龙怒吼着，带着这几个“挂件”，猛地撞开了洞口堆积的一些碎石，冲出了地下洞窟！
在飞出洞口的瞬间，水奈看准高度不算太高，松开手跳了下来，安全落地。皮卡丘和火恐龙也跟着跳下。
小刚和小霞立刻围上来：“水奈！你们没事吧？小智呢？”
水奈指着天空中那个越来越小的黑点：“他被化石翼龙抓走了！”
只见化石翼龙抓着挣扎的小智，飞向了旁边一座陡峭的孤峰。
这时，一直在附近徘徊的胖丁出现了！它看到那边堆着的救援工具和石头，把石头想象成舞台，跳了上去。
小霞看到胖丁，灵光一闪，惊喜道：“有了！”她跑过去对胖丁解释道，“胖丁！求求你帮帮忙！让那只化石翼龙听你唱歌，让它睡着！以后你尽管唱歌，我们保证都会认真听到最后的！”
胖丁歪着头思考了一下，想到以后可能有固定听众，高兴地点了点头。
另一边，火恐龙看着高耸的山峰和自己够不到的化石翼龙，焦急又愤怒。化石翼龙还在天上对着它做出挑衅的鬼脸。
火恐龙的怒火燃烧到了极点！它身上猛然迸发出耀眼的白光！身体在光芒中变形、增长——进化了！它进化成了更加威猛的喷火龙！
“吼！”进化后的喷火龙怒吼一声，振翅高飞，朝着化石翼龙猛追过去！
被抓住的小智看到这一幕，感动道：“喷火龙！你是想来救作为训练家的我吗？你虽然变得不听话了，可是还是没有忘记要救我…”
然而，下一秒，喷火龙一记凶狠的喷射火焰直接射向化石翼龙——却误伤到了被抓住的小智，把他的屁股点着了！
“嗷！好烫！”小智惨叫，“我太天真了！原来他不是想要救我，只是想跟化石翼龙打架啊！救命呀——！”
刚在下面看着这惊险的空中追逐，担心道：“不行！再这样下去，小智他会被烤成全熟的！这可不好吃啊！”
小霞赶紧对舞台上的胖丁说：“胖丁！唱吧！大声的唱出来吧！”
胖丁点点头，握紧它的小麦克风，开始唱起那首拥有神奇催眠力量的歌！
优美的歌声回荡在峡谷之间。空中的小智大喊：“化石翼龙！你不要睡！睡着的话会掉下去的！喷火龙！你也是！
喷火龙努力想捂住耳朵，但胖丁的歌声无孔不入。化石翼龙的飞行轨迹也开始变得摇摇晃晃，眼皮打架。
终于，催眠的力量战胜了一切。化石翼龙爪子一松，放开了小智，自己则像断了线的风筝一样朝着地面坠落。
“哇啊啊啊！”小智尖叫着向下坠落。
同样昏昏欲睡的喷火龙，凭借最后一丝本能，向下俯冲，刚好接住了小智，然后也抵不住睡意，抱着小智一起摔在地上，瞬间睡着。在落地时，小智的手无意中抱住了一枚滚到旁边的、有着奇特花纹的精灵蛋。
而化石翼龙则直接掉回了那个炸开的洞穴里，沉重的身躯砸落，再次引发了塌方，石头落下，又将洞口给堵上了。
胖丁的歌声笼罩了整个区域，下面所有的人和宝可梦，包括刚刚赶到的君莎小姐和救援队，全都抵挡不住这强大的催眠力量，横七竖八地躺倒一片，陷入了沉沉的睡眠。
胖丁唱完最后一个音符，满意地停下，期待地看向它的听众——然后它看到了漫山遍野熟睡的人和宝可梦，鼾声四起。
胖丁：“……”
它脸上的笑容瞬间消失，再次被巨大的愤怒取代！它气鼓鼓地掏出记号笔，开始了它浩大的涂鸦工程，给每一个睡着的人和宝可梦脸上都画上了涂鸦…
不知过了多久，众人陆续醒来。大家都迷迷糊糊的，脸上带着滑稽的涂鸦。
君莎小姐揉着额头站起来，看着一片狼藉但似乎没有人员伤亡的现场，对着聚集起来的人群宣布：“可能有人想说，他在这个大砂谷看到了化石宝可梦…但是我认为，那一定是听着胖丁的歌睡着的人做的一场梦！由于现在大砂谷有全谷塌陷的危险，我请大家千万不要再靠近这个地方了！挖掘工作全面禁止！”
小茂摸着自己脸上的胡子，喃喃道：“可是…我觉得我真的有看到化石翼龙啊…”
小智一行人互相看了看，捂嘴偷笑，心照不宣。
再次踏上旅程，小智突然想起什么，问道：“对了，胖丁跑哪去了？这次多亏了胖丁跟喷火龙…救了我一命。”
小霞笑道：“其实小智你只是想要收服宝贵的化石翼龙而已嘛~”小刚感慨道：“但是化石翼龙它们还是再度沉睡在地底，比较幸福啊。不该打扰它们的。”
小智这时候从背包里掏出那枚无意中捡到的精灵蛋：“对了！我发现了这个哦！”
小刚惊讶地凑过来：“喂！擅自带这个东西出来可以吗？”
小智看着蛋：“我也不知道…但总觉得不能把它留在那里。果然还是交给乔伊小姐比较好…”
小刚一把夺过精灵蛋，眼睛放光：“好！就让我来负责培育吧！我一定会把它培养成优秀的宝可梦的！”小霞也凑过来：“小智肯定会把蛋摔坏的！还是交给小刚吧！”
小刚抱着蛋，拔腿就跑：“没问题没问题的！包在我身上吧！”
小霞也笑着跟上：“小刚！等等我！让我也看看！”
“还给我！那是我找到的！”小智和水奈也只好无奈地追了上去。新的旅程，似乎又增添了一份新的期待。