告别了真新镇的亲友，怀揣着挑战城都联盟的雄心壮志，小智一行人踏上了新的旅程。然而，有些东西似乎并不会因为换了地区而改变——比如，某人的方向感。
“小智！你到底认不认识路啊！”小霞抓狂地指着周围几乎一模一样的树木，“我们已经在这片森林里绕了快两个小时了！”
“啰、啰嗦！我当然知道！”小智嘴硬地反驳，手里拿着地图却倒着看，额角冒出冷汗，“只、只是这片雾太大了，挡住了视野而已！”
正如他所说，森林里不知何时弥漫起浓密的白雾，能见度极低，更增添了找路的难度。水奈无奈地扶额，小刚则试图通过太阳的位置和苔藓的生长方向来辨别方位，但效果甚微。
就在小智和小霞又开始为“该往左还是往右”而争吵不休时，一直被小霞小心翼翼抱在怀里的波克比，突然发出了“波克波克”的欢快叫声，扭动着圆滚滚的身体，挣脱了小霞的怀抱，蹦跳着朝浓雾中的一个方向跑去。
“波克比！你去哪里？！”小霞惊呼。
“皮卡皮！”皮卡丘见状，立刻敏捷地追了上去。
“大家快跟上！”小刚喊道。众人来不及多想，只能紧随其后，生怕两个小家伙在浓雾中走失。
他们跟着波克比和皮卡丘，拨开茂密的灌木丛，眼前的景象豁然开朗。那是一个隐藏在森林深处的静谧池塘，水面上漂浮着淡淡的雾气，宛如仙境。而在池塘中央，一块平滑的巨石上，赫然站立着一只姿态优雅的宝可梦。
它拥有水蓝色的修长身躯，白色的鬃毛如同飘带般舞动，头顶一块类似蓝宝石的凸起，后面是飘逸的紫色毛发。它浑身散发着淡淡的水蓝色光晕，显得神圣而高贵。它似乎察觉到了闯入者，缓缓转过头，那双眼眸平静地扫过小智等人，眼神深邃，仿佛能看透人心。仅仅是对视了一瞬间，它便轻盈地一跃，四足仿佛踏在水雾之上，身影几个闪烁，便消失在浓密的森林深处，只留下空气中若有若无的水汽和一丝凛然的气息。
“那、那是什么宝可梦？”小智看得目瞪口呆，他从未见过如此美丽又充满神秘感的宝可梦。
水奈凝视着宝可梦消失的方向，眼中闪烁着惊讶与思索的光芒，她缓缓开口，语气带着一丝不确定：“那道身影……好像是水君。传说中，它是凤王的卫队之一，被称为北风的化身，拥有净化水质的力量，行踪飘忽不定，据说只会出现在心地纯净的训练家面前。”
“凤王的卫队？！”小智和皮卡丘的眼睛瞬间亮了起来，充满了向往。这次偶然的邂逅，在他们心中种下了一颗好奇与追寻的种子。
与此同时，森林的另一处，迷路的可不止小智他们。
“好讨厌啊！这到底是什么鬼地方喵！”喵喵垂头丧气地走着。
“都是因为你乱带路！”武藏抱怨道。
“明明是你自己说这边看起来比较像出口的！”小次郎反驳。
三人组吵吵嚷嚷，却在误打误撞之下，竟然走出了森林，眼前出现了一座颇具规模的建筑，门牌上写着“空木研究所”。
“研究所？”武藏眼睛一转，“说不定有什么珍贵的宝可梦或者设备！”
三人鬼鬼祟祟地溜了进去。研究所内，一个穿着白大褂、头发有些乱糟糟的男人正背对着他们，紧盯着显微镜，头也不回地说道：“啊，乔伊小姐，你来的好快啊！我忙得眼睛不可开交的……啊，说错了，我现在很忙，没办法倒茶给你喝，请别见怪喔！”
火箭队三人吓了一跳。
小次郎压低声音：“怎么办啊？”
空木博士似乎听到了动静，依旧没回头，疑惑道：“嗯？你不是乔伊小姐吗？”
武藏反应极快，立刻夹起嗓子，模仿乔伊小姐温柔的声音：“啊~是、是的，我就是乔伊。对了，我忘记你为什么找我过来了？”
空木博士完全没怀疑，注意力还在显微镜上：“当然是请你替小锯鳄做健康检查的咯！它就在那边的笼子里。”
“喵——！！！”就在这时，喵喵突然发出一声凄厉的惨叫。武藏和小次郎回头一看，原来是一只看起来精力十分旺盛的小锯鳄，不知何时跑了出来，正一口咬住了喵喵的尾巴！
“好痛啊喵！快救救我喵！”
武藏眼疾手快，一把抱起还在咬喵喵尾巴的小锯鳄，另一只手拉起小次郎和喵喵，嘴上飞快地说道：“那么，我就收下它了！祝你好运！”说完，三人如同旋风般夺门而出。
空木博士这才后知后觉地抬起头，推了推眼镜，看着空荡荡的门口：“啊？乔伊小姐？……那么，就麻烦你了。”说完，又低头沉浸在他的细胞分裂观察中了。
小智一行人几经周折，终于走出了森林，抵达了他们的第一个目的地——若叶镇，“吹起开始之风的城镇”。
他们立刻前往宝可梦中心，准备办理城都联盟的参赛登记。然而，宝可梦中心里静悄悄的，并没有看到乔伊小姐的身影。只有电脑屏幕上循环播放着一段录像：
“各位训练家，大家好，我是宝可梦中心的乔伊。现在我正要到空木研究所去一趟，大概两点左右就会回来了。请你们大家暂时等一下吧。”
小霞看了看墙上的时钟：“现在好像已经三点半了诶……”
水奈微微蹙眉：“乔伊小姐好像有点太晚了，可能被什么事情耽搁了吧。”
小智倒是心大：“晚也要等等看啊，说不定马上就回来了。”
唯有小刚，瞬间进入了“乔伊小姐护卫模式”，双手握拳，满脸焦急：“喂！你们几个！现在并不是沉着冷静的时候啊！乔伊小姐一定是出了什么事了！我们赶快去找她吧！”
在小刚的强烈要求下，几人只好前往空木研究所。刚到研究所门口，就发现这里聚集了不少警察，气氛有些紧张。小刚目光一扫，立刻锁定了人群中那位英姿飒爽的君莎小姐，瞬间双眼变成心形冲了过去：“君莎小姐！您工作辛苦了！我叫做小刚，请您多多指教！我是为了要见您才特地来到这里的——！”
话没说完，就被小霞熟练地揪住耳朵拖了回来：“我们的目的不是这个啦！”
向君莎小姐表明来意后，他们被允许进入研究所。一进去，就听到乔伊小姐正在训斥一个看起来有些邋遢的男人——空木博士。
“空木博士！都是你太大意了，才会惹出这种事情来！”乔伊小姐气得脸颊鼓鼓的。
空木博士抱着头，懊恼不已：“对不起，真的很对不起！可是那个时候，细胞分裂的样子实在是太迷人了，我一时就……”
“你看！你就是这点不对！”乔伊小姐打断他，“你要专心于研究没有关系，可是你至少也应该为即将出发的新人训练家考虑一下才对啊！那可是要送给他的初始宝可梦！”
小刚立刻凑上前，义正辞严地附和：“没错！你实在是太过分了！”然后一转头，深情地握住乔伊小姐的手，“太好了，乔伊小姐，幸好你没事！”
“看到乔伊小姐没事，你应该安心了吧！”小霞再次无奈地把小刚拉开。
乔伊小姐疑惑地看着小智他们：“你们是……？”
小智上前一步，说明来意：“我们是来登记参加城都联盟的训练家。”
乔伊小姐恍然大悟，脸上带着歉意：“实在不好意思，因为这里遭了宝可梦小偷，耽搁了很久。明天就有新人训练家要从这里出发了，可是预定要送给那个孩子的小锯鳄，被人偷走了……”
听完事情经过，热心肠的小智立刻主动请缨：“请让我们也帮忙寻找小偷吧！”
这时，一旁的警员报告，在后院采集到了可疑的脚印，分别是一大、一小，还有一个类似猫科动物的爪印。
水奈盯着那组脚印，越看越觉得熟悉，她沉吟道：“这个脚印的组合……总感觉在哪里见过……”
而此时的火箭队，正抱着不断挣扎、并且一直试图咬武藏头发的小锯鳄在森林里狂奔。
“这只宝可梦怎么回事啊！怎么老咬我的头发！”武藏欲哭无泪。
“别管了！快跑喵！”喵喵捂着还在疼的尾巴。
与此同时，君莎小姐带着卡蒂狗，依靠敏锐的嗅觉，沿着火箭队留下的气味一路追踪。小智等人也紧随其后。
很快，双方在森林的一片空地上相遇了。
“小偷果然又是你们三个！”小智指着火箭队，一脸“果然如此”。
君莎小姐上前一步，出示警徽，严肃道：“你们被逮捕了！立刻把那只小锯鳄交出来！”
武藏下巴一扬：“既然你叫我们交出来——”
小次郎接上：“我们就偏偏不交出来！”
“为了防止世界被破坏！”
“为了守护世界的和平！”
“贯彻爱与真实的邪恶！”
“可爱又迷人的反派角色！”
“武藏！”
“小次郎！”
“我们是穿梭在银河的火箭队！”
“白洞，白色的明天在等着我们！”
“……就是这样喵！”
熟悉的开场白再次响彻森林。结果自然也毫无悬念，在小智的指挥和皮卡丘的十万伏特下，火箭队再次惨叫着化作天边的流星。
“好讨厌的感觉——！”
小霞从地上抱起终于安静下来的小锯鳄，看着它圆溜溜的大眼睛和憨态可掬的样子，喜爱之情溢于言表：“哇，它好可爱啊！我也想要一只小锯鳄！”
水奈也微笑着凑近，轻轻摸了摸小锯鳄的头，眼中流露出怀念：“是啊，以前在选择初始宝可梦的时候，我就很想要领取一只小锯鳄出去旅行呢。没想到后来搬到了真新镇，遇到了球球海狮，缘分真是奇妙。”
众人说说笑笑，将小锯鳄毫发无伤地送回了空木研究所。空木博士和乔伊小姐连连道谢。
回到宝可梦中心，小智和水奈终于顺利办理了城都联盟的参赛登记手续。乔伊小姐将更新的宝可梦图鉴和一本《城都地区指南》递给他们。
“恭喜你们正式成为城都联盟的挑战者。”乔伊小姐微笑着指向指南上的地图，“按照惯例，挑战道馆没有固定顺序，不过离这里最近，也通常是许多训练家第一个挑战的，是位于桔梗市的桔梗道馆。”
小智接过图鉴和指南，用力点头，眼中燃烧着新的火焰。他大手一挥，充满干劲地喊道：
“好！总之，先向桔梗市出发吧！皮卡丘，新的冒险开始了！”
“皮卡——丘！”