掠夺者文明的被俘，让联盟获得了一个重要的情报来源。通过对掠夺者船员的基因审讯（利用强化共生基因的 “基因共鸣” 技术，读取其浅层意识），联盟得知，掠夺者文明背后，还存在一个更强大的 “暗影基因帝国”。
暗影基因帝国是宇宙中一个古老的文明，以 “基因至上” 为理念，通过掠夺其他文明的基因资源，不断强化自身，奴役其他文明。掠夺者文明只是他们的附庸，负责为帝国收集基因样本。
“暗影基因帝国已经注意到了星际基因联盟。” 王屿辞在联盟紧急会议上通报情况，“他们认为联盟的‘共生’理念威胁到了他们的统治，计划在一年内对联盟发起全面进攻，掠夺联盟各文明的基因资源。”
这个消息让所有联盟成员都感到震惊。暗影基因帝国的实力远超掠夺者文明，他们拥有成熟的基因武器体系和庞大的舰队，联盟的实力与之相比，还存在很大的差距。
“我们必须尽快提升实力，做好防御准备。” 卡伦长老严肃地说，“暗影基因帝国的基因武器非常强大，能够快速侵蚀生物的基因链，甚至控制生物的意识。我们的强化共生基因虽然能抵御普通的基因攻击，但面对他们的终极基因武器，可能还不够。”
王屿辞提出：“我们可以联合研发一种‘联盟共生护盾’，整合各文明的基因优势，形成全方位的基因防御体系。同时，利用掠夺者文明的基因样本，分析暗影基因帝国的基因弱点，研发针对性的反击技术。”
联盟成员一致同意这个方案。联合研究小组迅速成立，王屿辞担任组长，林悦负责基因序列分析，星核文明的专家负责能量调控，晶体文明和植物文明的专家则提供技术支持。
在研究过程中，联盟团队发现，暗影基因帝国的基因存在一个致命弱点：他们的基因链过度依赖掠夺来的外来基因，缺乏自身的核心稳定性，一旦遇到特定频率的 “共振能量”，就会发生紊乱。
“这就是我们的突破口！” 王屿辞兴奋地说，“我们可以研发一种‘基因共振武器’，利用这种共振能量，干扰暗影基因帝国的基因链，让他们的基因武器失效，甚至让他们自身发生基因紊乱。”
研发 “基因共振武器” 的关键，是找到精准的共振频率。联盟团队利用掠夺者的基因样本，进行了无数次的模拟实验。王屿辞再次发挥了核心作用，他利用 “基因连接” 天赋，深入感知掠夺者基因的能量频率，再结合暗影基因帝国的基因特征，最终锁定了目标共振频率。
与此同时，“联盟共生护盾” 的研发也取得了进展。这种护盾整合了星核文明的能量屏障技术、晶体文明的电磁防御技术、植物文明的生物净化技术和人类的强化共生基因技术，能够形成多层防御，不仅能抵御物理攻击和能量攻击，还能有效阻挡基因武器的侵蚀。
就在联盟全力备战的时候，暗影基因帝国的先遣舰队突然对 Ax-7 行星发起了袭击。数百艘帝国飞船突破了联盟的外围防线，朝着 Ax-7 行星的核心区域飞去。
“启动联盟共生护盾！所有舰队进入战斗位置！” 卡伦长老下令。
Ax-7 行星的表面立刻升起了一层巨大的彩色能量护盾，将行星和周边的联盟飞船保护起来。暗影基因帝国的飞船发射出大量的基因导弹，导弹击中护盾后，爆发出黑色的能量雾，试图侵蚀护盾的基因防御层。但在联盟共生护盾的作用下，黑色能量雾很快被净化，护盾完好无损。
“发射基因共振武器！” 王屿辞下令。
联盟舰队的飞船同时发射出淡蓝色的共振能量束，击中了暗影基因帝国的飞船。帝国飞船的外壳瞬间出现裂纹，飞船内的掠夺者船员开始出现基因紊乱的症状，浑身抽搐，失去了战斗能力。
“继续攻击！集中火力打击旗舰！” 林悦喊道。
联盟舰队集中火力，对准暗影基因帝国的旗舰发起攻击。基因共振能量束不断击中旗舰，旗舰的防御系统很快崩溃，最终在太空中爆炸。失去旗舰指挥的帝国舰队，变得混乱不堪，开始四散逃窜。
“追击残余舰队，扩大防御范围！” 卡伦长老下令。
这场突如其来的战斗，以联盟的胜利告终。但王屿辞知道，这只是暗影基因帝国的一次试探，真正的大战还在后面。联盟必须加快备战速度，提升自身实力，才能在即将到来的决战中获胜。