“格物院”的建立与林凡病愈后对其的倾力投入，如同一石激起千层浪，使得原本就因科举改革而激化的思想冲突，迅速聚焦于这个新兴的机构上。一场围绕着“道”与“器”、“本”与“末”的论战，在朝堂、在书院、在士林清议中，轰轰烈烈地展开。这不再仅仅是利益之争，更是关乎学问根本、文明走向的理念之争。
以国子监祭酒和几位江南理学泰斗为首，发动了声势浩大的“正本清源”之议。他们连篇累牍地上书朝廷，在各大书院举行讲会，核心论点只有一个：“形而上者谓之道，形而下者谓之器”。
他们承认“器”有其用，但坚决主张“道”为根本，“器”为末节。认为格物院专注于研究“器用之学”，是引导士子“逐末忘本”，长此以往，将导致“人心陷溺，只知利害，不明义理”，最终会动摇儒家伦理纲常的统治地位，导致“礼崩乐坏”。
“若使工匠之术与圣贤之道并列，乃至凌驾其上，这世间还有何纲常伦理可言？与禽兽之境何异？！”一位老儒在讲会上痛心疾首，引得众多守旧士子共鸣。
面对汹涌的抨击，林凡并未直接与之进行空洞的哲学辩论。他授意格物院掌院学士、王文轩等支持改革的学者和官员，从“经世致用”的角度进行反击。
他们的文章和言论，紧紧围绕一个核心：“器以载道，道因器显”。
“若无精准之算学，如何厘清田亩，公平赋税，此非‘仁政’之体现？若无坚固之河工，如何抵御水患，保全生灵，此非‘义举’之所需？若无犀利之火器，如何抵御外侮，守护疆土，此非‘忠勇’之依托？”格物院掌院学士在一次面向公众的讲演中，侃侃而谈，“格物所致之知，正是为了更好地践行圣贤‘仁民爱物’之道！空谈性命天道，于民生国计何补？”
他们用大量实例证明，数学、天文、地理、农工、医药等“实学”，直接关系到国计民生的改善和国家的强盛，本身就是“大道”的组成部分和实现途径。
朝堂之上，双方引经据典，争论不休。皇帝冷眼旁观，心中自有考量。他欣赏林凡等人提出的“经世致用”，这符合他富国强兵的愿望；但他也同样需要理学来维系社会的伦理秩序和皇权的神圣性。
在一次议及此事时，皇帝最终定调：“朕观诸臣所议，皆有道理。道器之辨，本为一体。格物院研习器物之理，旨在利国利民，此心可嘉。然士子修身为本，读经明理，亦不可偏废。今后，格物院当专注于器物研制、民生改善；国子监及天下书院，仍当以阐发圣贤义理为要。二者并行不悖，各司其职，共同效力于社稷。”
这道旨意，看似不偏不倚，实则给予了格物院合法的生存空间和发展方向，将其限定在“技术”和“实务”层面，避免其直接挑战理学的意识形态主导地位。这对于林凡而言，虽未全胜，但已是最佳结果。
有了皇帝的定调，格物院得以排除大部分干扰，专心投入研究。林凡为其设定的早期目标极为务实：解决当前最迫切的技术难题。
· 算学科：重点研究更便捷的土地测量法和粮仓容积算法，并开始尝试统一计量单位。
· 格物科：集中力量优化火药配方稳定性，研究金属冶炼提纯技术，并尝试制作简易的温度计、湿度计等观测工具。
· 农工科：搜集各地农谚和耕作经验，进行系统整理和试验；研究改良纺织机械和水利工具。
· 地理科：系统整理宸亲王船队带回的海图和异域资料，开始绘制更精确的大晟全国舆图。
尽管条件简陋，但在林凡超越时代的思路指引和资源倾斜下，格物院很快取得了一些小而实在的成果：一种更易推广的简便测量尺被设计出来；火药颗粒化的生产工艺得到优化，威力稳定性提升；几种来自海外的耐旱作物开始在皇庄试种。这些微小的成果，如同星星之火，悄然展示着新学问的力量。
安儿（林怀瑾）如愿成为格物院第一批正式学员。然而，入学之初，他便感受到了巨大的压力。不仅要学习陌生的算学、格物知识，还要面对外界“不务正业”、“自毁前程”的异样目光和议论。一些同窗也对未来感到迷茫，不知所学除了进入将作监等少数部门，还能有何出路。
林凡察觉到了儿子的困惑。他特意抽时间与格物院的年轻学员们座谈。
“我知道你们心中有惑，有压力。”林凡看着这些充满朝气却面带迷茫的脸庞，“但你们要记住，你们正在学习的，是开启未来之门的钥匙。眼下或许看似狭窄，但未来，精通这些学问的人，将不仅仅是工匠，可以是规划城市的智者，可以是探索自然的先驱，可以是设计国之利器的栋梁！你们的舞台，绝不限于眼前这一隅之地！”
他充满激情的话语，如同一盏明灯，驱散了许多年轻学子心中的迷雾。安儿看着父亲，眼中的迷茫逐渐被坚定所取代。
江南世家见无法从思想上扼杀格物院，便改变了策略。他们一方面尝试通过资助、联姻等方式，拉拢格物院中一些出身寒微、或有经济困难的学者和学员，试图从内部进行渗透和影响。另一方面，他们也开始模仿，在江南私下设立类似的“巧艺堂”，高薪聘请工匠和略通西学之人，研究丝绸、瓷器、造船等技术的改良，试图将“实学”纳入其商业帝国，巩固其利益。
林凡对此洞若观火。他加强了对格物院人员的思想教育和保密管理，同时，也乐见技术知识的扩散，只要主导权和发展方向掌握在自己手中。
宸亲王的船队再次带回重要信息。他们在南洋与西方商人的接触中，不仅看到了更先进的火器，还了解到西方一些国家已有类似“科学院”的机构，由政府资助，系统研究自然哲学，并鼓励发明创造，其技术迭代速度远超大晟。
更令人警惕的是，对方对大晟的国情、物产、乃至朝堂动向，都表现出异乎寻常的兴趣，其搜集情报的行为十分专业和系统。
林凡将这份报告与“道器之辩”联系起来，更加坚定了自己的信念。内部的争论可以暂时搁置，但外部的竞争却不会等待。他指示宸亲王和格物院，要加快对西方技术的学习和引进速度，尤其是数学基础理论、几何学以及更精密的天文观测仪器。他知道，真正的较量，已经在全球范围内悄然展开。
道器之辩，暂告段落。格物院在争议中站稳了脚跟，新学问的星火开始在一些年轻心灵中点燃。然而，旧的观念依然强大，内部的渗透与外部的竞争压力与日俱增。林凡站在新旧时代的分水岭上，他不仅要推动技术的进步，更要培育能够承载这些进步的新思想和新一代。这条路，注定漫长而曲折，但他手中的星火，已呈燎原之势，照亮了前行的方向。