随着“文明自由意志观察站”的设立，联盟成员们满以为多元宇宙能在相对稳定的轨道上继续发展。然而，平静再次被打破。林若曦在一次深度冥想与宇宙意识沟通时，接收到一系列神秘且古老的信号。这些信号如同宇宙诞生之初的呢喃，在她的意识中不断盘旋，引导她探寻一个隐藏极深的秘密——起源代码。
经过联盟顶尖学者们夜以继日的研究，发现这些信号解码后指向一种深埋于宇宙底层结构中的代码。这并非普通的程序代码，而是一种蕴含着宇宙起源信息和文明发展底层逻辑的神秘编码。它就像是宇宙的“源代码”，在冥冥之中影响着各个文明的进化路径。
在研究过程中，艾莎带领的科研团队发现起源代码在不同平行宇宙中的表现形式略有差异，但都遵循着某种潜在的统一规律。这种差异似乎与各文明独特的发展轨迹和自由意志选择相关联。然而，令人担忧的是，部分起源代码片段开始出现异常波动，仿佛被某种未知力量唤醒且失控。
在一个以精神文明高度发达着称的平行宇宙中，起源代码的异常波动引发了一系列奇异现象。居民们原本平静的精神世界变得动荡不安，集体出现幻觉，看到了宇宙诞生与毁灭的各种景象。这些幻觉并非毫无规律，而是似乎在传达着某种紧急且危险的信息。同时，这个宇宙的物理法则也开始出现细微扭曲，物体的运动轨迹、能量的传播方式都变得难以预测。
张昊带领着一支经验丰富的特别行动小组迅速前往该宇宙。他们发现，起源代码的异常波动与一种潜藏于该宇宙精神网络深处的“精神病毒”有关。这种病毒似乎是利用起源代码的觉醒进行自我复制和传播，它的目标不仅仅是破坏这个宇宙的精神秩序，更有可能通过精神链接影响到其他平行宇宙。
在蓝色行星的实验室里，艾莎和她的团队争分夺秒地研究对抗“精神病毒”的方法。他们意识到，要想彻底清除病毒，必须深入了解起源代码的本质以及它与文明精神层面的联系。通过对大量数据的分析和模拟，他们发现起源代码中隐藏着一种自我修复机制，但需要特定的精神频率才能激活。
张昊的行动小组在受感染的平行宇宙中，与当地的精神领袖和智者们紧密合作。他们尝试通过集体冥想的方式，调整整个宇宙的精神频率，以激活起源代码的自我修复机制。在这个过程中，他们遭遇了“精神病毒”的强烈抵抗。病毒不断制造出各种幻觉和精神干扰，试图让冥想的众人陷入疯狂和混乱。
但行动小组和当地居民并未放弃。他们凭借着顽强的意志和对宇宙真理的坚定信念，逐渐突破了“精神病毒”的干扰。随着冥想的深入，整个宇宙的精神频率开始与起源代码产生共鸣，自我修复机制缓缓启动。
与此同时，艾莎的团队通过对起源代码的研究，开发出一种能够追踪病毒传播路径的“精神雷达”。利用这一工具，他们成功预警并阻止了“精神病毒”向其他平行宇宙的蔓延。
在起源代码的自我修复机制全面启动后，受感染的平行宇宙逐渐恢复平静。精神世界的动荡平息，物理法则也回归正常。但这场危机让联盟成员们意识到，起源代码所蕴含的力量远超想象，它既是文明进化的基石，也可能成为引发灾难的导火索。
为了更好地理解和掌控起源代码，联盟决定成立“起源研究院”。这个研究院将汇聚多元宇宙中最顶尖的学者、科学家和智者，深入研究起源代码的奥秘，探索如何在尊重其固有规律的前提下，引导其为文明的发展带来积极影响。
在故事的尾声，多元宇宙的文明们对起源代码的觉醒心有余悸，但也充满了对未知奥秘的好奇。联盟成员们深知，起源代码所引发的危机只是冰山一角，未来围绕它还可能出现更多复杂且危险的情况。然而，他们已做好准备，凭借着团结和智慧，在守护多元宇宙的道路上继续前行，而这也为后续故事铺设了充满悬念与挑战的道路，预示着文明与起源代码之间更深层次的纠葛即将展开。