旧臣勋贵们针对李斯和新政的暗流，并非全然无形。一些风声和迹象，终究还是透过各种渠道，传到了皇帝扶苏的耳中。这让他陷入了亲政以来，最为纠结和痛苦的境地。
一日，扶苏在翻阅御史大夫府呈送的一些“风闻奏事”的密报时，看到几条指向性模糊，却暗藏机锋的记录。有提及“某勋贵宴饮，席间语及朝政，慨叹今不如昔，先帝之法度崩坏”，又有“市井流传童谣，影射‘权相蔽日，禾苗难生’”。这些信息虽未直言，但那隐隐指向丞相李斯的意味，让扶苏的心不由得沉了下去。
更让他感到压力的，是来自宗室内部的私下劝谏。一位素来德高望重、不太过问政事的皇叔祖嬴傒（与前文宗正副贰嬴奚为同一角色，此处统一为嬴傒），在一次例行的家宴后，借着几分酒意，语重心长地对扶苏说：
“陛下啊，老臣看着你长大，知你仁厚，此乃大秦之福。然则……为君者，仁不可无，威亦不可失啊。”嬴傒压低了声音，“如今朝堂之上，言必称丞相，政必出相府。李斯固然有才，于陛下亦有拥立之功，然则……权柄如此集中于一人之手，非国家之福。长此以往，恐生尾大不掉之患。且其推行之新政，尽废先帝旧制，减免赋税，弛缓刑法，朝中勋贵旧臣，多有怨言。陛下……还需多加权衡，亲自掌握权柄才是。”
这番话，如同重锤敲在扶苏心上。他敬重李斯，感激李斯，也深信李斯的才能和忠诚。但皇叔祖的话，以及那些暗流涌动的迹象，又让他产生了一丝难以言喻的不安和疑虑。他并非怀疑李斯会谋逆，而是担心，丞相的权势是否真的过于膨胀？新政是否真的操之过急，触动了太多人的利益，以至于动摇国本？
这种纠结，体现在了他处理政务的态度上。以往，对于李斯呈报的、经过详细论证的政令方案，他大多迅速批“可”。但现在，他有时会拿着奏章沉吟良久，反复询问细节，甚至偶尔会提出一些与李斯原意相左的、更为温和折中的修改意见。
例如，李斯为缓解财政压力，提议适度恢复对盐铁的官营专卖（并非完全垄断，而是加强管控和征税），并列出了周密的计划。扶苏看了之后，却犹豫道：“丞相，盐铁乃民生之本。先帝时并未严格专营，如今骤然加强管控，是否会引起商贾不满，乃至波及百姓？可否……先选一两郡试行，观其效果再定？”
又比如，在处理一桩旧勋贵侵占民田、证据确凿的案件时，李斯主张依法严办，夺爵削地，以儆效尤。扶苏却面露不忍：“涉事者毕竟是功勋之后，其祖上于国有功。若处罚过重，恐寒了老臣们的心。可否……令其退还田产，再罚没部分家财以示惩戒便了？”
这些决定，单看并无大错，甚至体现了皇帝的宽仁。但在李斯和那些锐意推行新政的官员看来，这无疑是皇帝在阻力面前开始动摇、退缩的信号。皇帝的仁柔，在此时变成了一种难以决断的优柔寡断，使得新政的推行遇到了来自最高权力核心的无形阻力。
李斯敏锐地察觉到了扶苏的变化。他心中焦急，却无法直言。他不能指责皇帝仁柔，更不能表现出对皇权丝毫的僭越。他知道，那些旧势力的离间之计，已经开始产生效果。如果不能尽快帮助皇帝坚定信心，拿出魄力，那么新政很可能半途而废，所有的努力都将前功尽弃。他必须想办法，打破皇帝心中的犹豫，而这需要一场足够分量的事件，来清晰地揭示顽固势力的危害与新政的必要性。