俄罗斯西部，靠近白俄罗斯的偏远村庄“黑麦田”，被一望无际的、在风中如同黑色海洋般起伏的黑麦田包围。林夕，一位研究东欧农业民俗的博士生，来到这里进行田野调查，重点关注当地围绕黑麦种植的古老传说和祭祀仪式。她借宿在村里寡居的老农妇达利亚家，达利亚眼神锐利如鹰，脸上刻满了风霜和某种难以言喻的戒备。
抵达当晚，达利亚用自家种植的黑麦烤制了浓香扑鼻的面包招待林夕。面包口感扎实，带着微酸，但入腹后却产生一种异常的饱腹感和暖意，驱散了旅途的严寒。深夜，林夕被窗外麦田传来的、如同无数人低声絮语的声音惊醒。那声音不似风声，更像某种古老语言的吟诵，夹杂着叹息和轻笑。
她鬼使神差地起床，推开吱呀作响的木门，走到屋外。月光下，黑色的麦浪翻滚，在靠近田边的地方，她隐约看到一些模糊的、如同由麦秆和阴影组成的瘦长人影在田间晃动。其中一个“人影”似乎察觉到了她，缓缓转过头——它没有五官，面部只有一片凹陷的阴影。林夕吓得魂飞魄散，跌跌撞撞跑回屋，锁紧房门。第二天清晨，她惊恐地发现，自己右手手背上，出现了几道细微的、如同被麦叶划破的红色痕迹，但这些痕迹并未出血，反而微微凸起，并且隐隐构成一个类似麦穗的简化图案。
村庄贫瘠而压抑。村民们大多沉默寡言，面容被劳苦和一种深藏的忧虑刻画得如同木雕。他们对林夕这个外乡学者保持距离，唯有村里的牧羊人，一个名叫阿列克谢的独眼壮汉，偶尔会用他那只完好的、锐利的眼睛意味深长地打量林夕，尤其是她手背上的印记。达利亚在接下来的日子里，态度变得微妙，时而冷漠，时而又会突兀地提醒林夕不要独自在黄昏后靠近麦田，不要接受村民馈赠的、特别是用新麦酿造的格瓦斯或酒液。
林夕的调查进展缓慢，村民们对黑麦的传说三缄其口，只含糊地提及一个名为“麦田守护者”或“黑麦之母”的存在，是它赐予丰收，但也需索取回报。林夕在村庄废弃的东正教小教堂（似乎已很久未被使用）后面，发现了一片奇特的坟地，许多墓碑没有名字，只刻着一个简单的麦穗图案，死亡日期都密集分布在过往的某些特定年份的收获季之后。
林夕手背上的“麦穗”印记颜色逐渐加深，变为暗红色，甚至在某些时刻（尤其是靠近麦田时）会传来轻微的麻痒感，仿佛有根须正试图扎入她的皮肤。她开始出现幻觉：有时会闻到浓烈的、不属于季节的成熟麦香；有时在咀嚼黑面包时，会尝到一丝若有若无的、类似铁锈的腥气；夜晚的絮语声越来越清晰，虽然仍听不懂，却能感受到其中蕴含的、原始的渴望和一种令人不安的满足感。
她在达利亚家一个锁着的旧木箱夹层里（她偶然发现钥匙藏在灶台缝隙），找到了一本前任乡村教师留下的、字迹潦草的笔记。笔记揭露了骇人真相：“黑麦之母”并非善神，而是一个古老的土地精魂，其本质是无限的增长和吞噬。村民与它的“契约”残酷而直接：他们奉献部分收成，但更重要的是，在特定年份（当麦田出现“血色麦穗”或“人形麦束”等异象时），必须献上一位“外乡人”或“被选中者”作为“种子载体”。仪式在丰收月圆之夜举行，牺牲者被灌下特制的黑麦啤酒，然后被活埋进最肥沃的麦田深处。其血肉和灵魂将成为来年丰收的保证，其意识则融入“黑麦之母”，永世承受被根系缠绕和汲取的痛苦。笔记绝望地写道：“麦田在饥饿……我能听到它在我的骨头里生长……”
林夕意识到，自己这个“外乡人”已成为完美的祭品候选。她想逃，但村庄通往外界唯一的路被连日大雨引发的泥石流阻断。她感到无形的网正在收紧。
笔记末尾提到一个可能打破契约的“焚根”土法，需要三样禁忌之物：“圣像之泪”（从被遗弃的圣像上刮下的、混合了岁月尘埃的漆皮碎屑，象征“被遗弃的信仰”）、“背叛之血”（一位曾参与仪式但心生悔意、却又未敢反抗的村民的血液），以及“异质之火”（非本地来源的火种，需以强烈憎恨或求生意志为燃料）。仪式需在献祭之夜，于准备埋下牺牲者的田块进行，风险极大。
“圣像之泪”，林夕从废弃教堂剥落的圣像上取得。“异质之火”，她带来了Zippo打火机和一小瓶高度白酒。最困难的是“背叛之血”。她将目标锁定在牧羊人阿列克谢身上，他的独眼和冷漠下似乎藏着故事。一次，林夕撞见阿列克谢在废弃教堂后对着无名的麦穗墓碑喝酒，神情痛苦。她趁机用碎玻璃片取了他滴落的几滴酒液混合血液。
月圆之夜，村庄广场燃起篝火，村民们聚集在一起，气氛诡异而狂热。林夕被达利亚和几个农妇“请”出房间，她们给她换上了一件白色的、类似裹尸布的粗糙长袍，并强行灌她喝下一种味道苦涩、带有强烈麦芽味的浑浊液体（特制啤酒）。林夕假装顺从，暗中将“圣像之泪”的碎屑含在舌下。
她被带到村外一片长势异常旺盛、麦穗近乎紫黑色的麦田边。一个深坑已经挖好。族长（一位须发皆白的老人）开始吟诵古老的咒文。就在林夕被推向坑边的瞬间，她吐出嘴里的碎屑，用Zippo点燃了浸透白酒的布条，扔向身旁干燥的麦秆！
“我不做你们的种子！”她尖叫着，将手中那个混合了阿列克谢血与酒的小瓶砸向坑底的族长！
火焰瞬间窜起，与麦田的黑暗力量冲突，发出噼啪爆响。村民们一阵骚乱，阿列克谢独眼中闪过复杂的光芒，竟下意识地挡了一下想扑灭火焰的其他人。林夕趁机撞开身边的人，拼命冲向黑暗的森林深处。
她不敢回头，拼命奔跑，直到力竭倒地。醒来时，发现自己躺在森林边缘，手背上的麦穗印记颜色变淡，但并未完全消失，像一道浅疤。
数月后，林夕辗转回到城市，身心俱疲。她试图回归正常生活，但无法再食用任何黑麦制品，一闻到味道就会呕吐。她时常梦见无边的黑色麦田和在风中低语的人影。
一年后的某个雨夜，她收到一个匿名包裹，里面是一小捆干枯的、颜色深黑的黑麦麦穗，麦穗中夹杂着一根细小的、明显属于人类的指骨。包裹里没有纸条。
林夕颤抖着将麦穗扔进垃圾桶，但那一夜，她又听到了那熟悉的、来自远方麦田的低语声，这一次，似乎更近了，而且，其中夹杂着一个她感到一丝熟悉、却又想不起是谁的、微弱的哭泣声。