跑向南京城第二城区域，也就是京城的明军残余士兵拥挤在京城的城门处，但是京城城门的守城士兵拒绝打开城门。
热气球观察员发现这个信息后，迅速报告给青山军指挥部，李轩迅速命令靠近长江南岸的战船不仅炮击城门处拥挤的士兵，还顺势清除了京城城墙上所有的城防炮。
京城城墙上的城防炮相对较少，但是红夷大炮却不少，有一百八十多门。很快京城上的红夷大炮等城防炮悉数被摧毁。
而拥挤在京城城门处的明军士兵一看不给开门，而且在外郭区域又没有任何活路，这些人很快精神崩溃，他们四处逃窜，有的拼命钻进平民的房屋中去。
有十几个士兵一怒之下跑到观音门处直接把城门打开，用长矛挂了一个白色孝布向青山军表示投降。
本来青山军准备把城门轰开的，在观音门附近的青山军战士迅速占领城门，接着五千多青山军战士迅速通过马道抢占了外郭城墙。
等青山军战士来到城墙上，上面除了残肢断臂和满地的各种滚木垒石垃圾外，空无一人。
这时外郭其他方向城门的黄得功和高杰的部队，有的已经准备打开城门出逃，刚挤到城门洞口，在三百米开外的青山军士兵，对着城门就集火射击了。打的黄得功和高杰的士兵根本出不来，没办法这些士兵又退回到外郭城区内，他们又跑到城墙上看看能不能坚守住城墙。
这时已有三万多青山军士兵占领大部分外郭城墙，从观音门过来的青山军很快和黄得功的士兵在城墙上相遇了。
在三百米外青山军士兵三排士兵集体开火，在七米宽的城墙上黄得功的士兵根本没有躲避的空间，自己这面的火铳和弓箭又射不到对方，只有干挨打。
所以黄得功的军官还没有下令冲锋，一帮士兵已经崩溃了，也不管军官怎么吆喝，全都跑下城墙。
过了有一个时辰后，外部城墙已经全部被青山军士兵占领。这时的城内的明军已成瓮中之鳖。
占领城墙后的青山军士兵对外郭的散兵游勇更是击毙的得心应手。远的用迫击炮，单个的用步枪点明，集合到一起的明军被青山军士兵用枪榴弹轰击。
而要冲到城墙下的明军残余，青山军士兵只需几个手雷就可以把明军报销。在上天无路入地无门的情况下，许多士兵纷纷选择跪地投降。
人有时就是有绵羊效应，一个士兵看到别的士兵投降了，也纷纷跪地投降，毕竟谁也不想当城墙上青山军的活靶子。
最后黄得功和高杰的士兵也基本都跪地投降，就连高杰也带着他的亲卫队，扔掉武器后选择投降。
只有黄得功和他的亲卫看没法冲出南京城，就躲到一处大院内，俘虏的士兵交代了黄得功躲藏的位置。
一开始青山军士兵喊话，让黄得功放下武器投降。可是黄得功根本不予理会。为了减少伤亡，青山军直接在那个大院的邻间屋顶上将枪榴弹纷纷射进房屋内。
随着一阵阵爆炸声，一代名将被炸死在瓦砾堆里。青山军士兵于是把俘虏就地圈禁。
京城城墙上的城防炮和炮兵已经被清除干净。而青山军士兵在热气球观察员的报告下，迫击炮兵迅速靠近京城的城墙，随着每门迫击炮五发极速射，京城城墙根的明军士兵，很快被炸死炸伤，侥幸逃过一劫的也迅速逃离城墙。
接着青山军炮兵推过来十门普通线膛炮，炮兵直接发射十发线膛炮炮弹将京城的凤仪门给轰成稀巴烂。
外郭的俘虏暂时由辅兵看管，三万多青山军陆续冲上京城城墙。要不然说兵败如山倒。京城城墙内的士兵还没有等青山军士兵全部占领京城城墙，在京城城墙上青山军打死了不到一千南明士兵，京城里面的士兵就一窝蜂跪地投降啦。
占领京城区域后，青山军携带一百多门普通线膛炮直接清除了皇城城墙上的城防炮。
皇城城墙上的城防炮刚刚清除完，皇城城门就吱吱呀呀就被士兵打开了。
原来皇城城防总指挥是一个名叫包慧林的太监，他原来是福王府的安全总管，后来福王朱常洵在黄得功和高杰等军阀的支持下登基称帝，他也被安排为皇城城防提督，也就是现代意义上的城防总指挥。
本来皇城的城防提督一般由留守南京的勋贵担任，但是朱常洵在黄得功等军阀的支持下，任命了朱常洵提名的他的太监包慧林担任皇城城防提督。
但是包慧林的消息非常灵通，他得知北京的太监、宫女青山军没有杀一人，而且安排的都很好。
青山军把太监宫女列入受残害的人员，而且下令以后不准再有阉割人的事情出现。所以他才敢打开京皇城城门，放青山军进来。
而且在包慧林的命令下，皇城所有南明官兵全部放下武器向青山军投降。
皇城收复后，青山军士兵迅速包围了宫城，现在宫城的防守士兵更是兵无战意，将无守心。
特别是禁军士兵看到包慧林都向青山军投降了，所有士兵都眼巴巴看向宫城防卫统领童第庆，童第庆自己也明白，抵抗下去只是以卵击石，但是如果投降又过不了忠君爱国心理关。
所以童第庆急火攻心，一头栽倒在地上，昏了过去。旁边的许多士兵连忙喊道，统领昏过去啦，算了，开门投降吧。大门旁边的禁卫军马上卸下门栓，打开大门。
青山军士兵冲进宫城，将所有人员全部收押。随后又将太监，宫女、弘光帝的家属单独关押。五百斤大胖子朱常洵被押走时都走不动路啦。至此南京城正式宣告全城解放。
青山军宣布南京从即日起全城戒严。根据北京模式处理南京相关事宜。
此时的南京城就是一个大的垃圾堆。青山军首先押着近十五万南明俘虏在全城开展卫生大扫除，特别是外郭和京城的城墙上的尸体和垃圾如果不及时清理，在温度升高且湿度很大的南方很快形成瘟疫。