成都收复的锣鼓声尚未散尽，西南的治理难题已摆上林越的案头。川蜀历经张献忠数年残暴统治，田地荒芜、民生凋敝，贵州、云南则少数民族聚居，部落林立，局势错综复杂。天启九年春，林越下旨：在四川、贵州、云南分设总督府，任命务实派官员分别担任三省总督，总领地方治理；同时颁布《西南善后诏》，明确“减赋安民、民族共融、稳固边疆”三大方针，拉开了西南治理的序幕。
四川总督由跟随贺人龙入川的副将王彦担任，此人出身寒门，作战勇猛且体恤百姓，深得川蜀百姓信赖。王彦到任后，首要任务便是废除张献忠时期的苛政。张献忠统治川蜀时，推行“七杀令”，横征暴敛，百姓不堪重负。王彦下令烧毁所有苛捐杂税账目，张贴《减赋告示》，宣布减免四川百姓三年赋税，除田赋外，严禁任何官员额外摊派。
为清理大西军残余势力，王彦组建“清剿队”，由新军与地方团练组成，重点清剿藏匿在山区的大西军残部与土匪。清剿队采取“剿抚结合”策略，对负隅顽抗者坚决镇压，对愿意投降者既往不咎，并给予土地与种子，帮助其安家落户。短短半年，四川境内的大西军残部与土匪基本肃清，社会秩序逐渐恢复。
与此同时，贵州总督吴贞毓、云南总督丁魁楚也纷纷推行“减赋免税”政策，减免两省百姓三年赋税。针对部分官员趁机贪污腐败、欺压百姓的行为，三省总督严格执行林越的旨意，设立“廉政署”，严查贪官污吏。四川某县县令因克扣赈灾粮款，被王彦下令斩首示众，震慑了各级官员，确保了善政的推行。
西南地区少数民族众多，苗、彝、壮、傣等数十个民族聚居，民族矛盾复杂。林越深知，要稳固西南边疆，必须妥善处理民族关系。他下令推行“土司自治”政策，尊重少数民族的习俗与宗教信仰，任命少数民族首领为土司，负责管理本民族事务，土司职位可世袭罔替，但需服从总督府管辖，按时缴纳贡品。
云南丽江纳西族首领木增，素来威望颇高，王彦亲自前往丽江，宣读林越诏书，任命木增为丽江土司，允许其保留原有统治机构与军队。木增深受感动，当即表示愿意归顺大明，按时缴纳贡品，并协助明军清剿当地土匪。“大明皇帝尊重我族习俗，免我族赋税，我等定当忠心归顺，守护西南边疆！”木增对族人说道。
为促进民族融合，林越下令在西南各省设立“民族学堂”，招收少数民族子弟入学，教授汉语、汉字与华夏文化，同时允许少数民族子弟报考科举，入朝为官。民族学堂免学费、免食宿，还发放笔墨纸砚等学习用品，吸引了大量少数民族子弟入学。贵州苗族少年石达开（虚构，致敬历史名人），天资聪颖，考入民族学堂后，勤奋好学，不仅精通汉语，还对军事理论颇有研究，后被推荐进入京城军事学院深造，成为一名优秀的明军将领。
林越还严令禁止汉族官员欺压少数民族，规定凡欺压少数民族者，一律严惩，轻则罢官，重则斩首。云南某州知州因强占彝族百姓土地，被丁魁楚下令革职查办，押解京城问罪。这一举措赢得了少数民族百姓的信任与支持，各民族之间的矛盾逐渐化解，和睦相处。
经济恢复是西南善后的重中之重。林越下令农桑司派遣农官前往西南，推广玉米、番薯、土豆等高产作物与改良农具。西南多山地丘陵，传统作物产量低下，农官们根据西南的地形与气候特点，指导百姓在山地种植玉米、番薯，在平原地区种植水稻与土豆。同时，农桑司调拨大量改良后的曲辕犁、龙骨水车等农具，帮助百姓提升耕作效率。
四川成都平原，素有“天府之国”的美誉，但历经战乱，水利工程遭到严重破坏。王彦下令修复都江堰等水利工程，组织百姓疏浚河道、加固堤坝，确保灌溉用水。经过半年的努力，都江堰水利工程恢复如初，成都平原的灌溉面积大幅提升，粮食产量迅速增长。
除了农业，林越还鼓励西南发展特色产业。西南盛产茶叶、丝绸、矿产等，王彦、吴贞毓、丁魁楚等总督纷纷下令，减免工商税，鼓励百姓发展茶叶种植、丝绸纺织、矿产开采等产业。四川峨眉山的茶叶、贵州的丝绸、云南的铜矿，通过茶马古道与江南通商，畅销全国各地，为西南带来了丰厚的财政收入。
云南铜矿开采业尤为兴盛，丁魁楚设立“云南矿务局”，规范铜矿开采与冶炼，招募工匠改良冶炼技术，提高铜产量。云南生产的铜锭，不仅供应国内铸造货币与兵器，还通过南洋贸易远销欧洲，成为大明重要的出口商品。
军事部署是稳固西南边疆的保障。林越下令在西南边境设立10个卫所，驻扎2万新军，配备火器与骑兵，防范缅甸、越南等国侵扰。新军士兵熟悉火器操作与战术配合，战斗力强悍，成为西南边境的坚实屏障。
同时，林越下令组建“西南边防军”，由当地少数民族与汉族士兵组成，总数达1万人。西南边防军士兵熟悉地形，善于山地作战，负责边境巡逻与治安维护。苗族、彝族等少数民族士兵，擅长射箭与追踪，在清剿边境土匪与防范外敌侵扰中发挥了重要作用。
为加强对西南边境的控制，林越下令在边境各地修建驿站与防御工事，驿站负责传递情报与运输物资，防御工事则配备火炮与弓箭，形成严密的防御体系。云南腾冲卫所，地处中缅边境，卫所内修建了坚固的城墙与炮台，配备5门轻量化红衣大炮，可随时应对缅甸军队的侵扰。
经过一年的治理，西南地区发生了翻天覆地的变化。社会秩序恢复，百姓安居乐业，粮食产量大幅提升，四川、贵州、云南的粮食总产量较上年增长50%，不仅满足本地需求，还能支援北方战事。各民族和睦相处，地方势力真心归顺，西南成为大明稳固的边疆。
西南的稳定与发展，为大明后续的北伐满清与航海殖民提供了稳定的后方。江南的财赋、西南的资源、新军的战力，汇聚成一股强大的力量，支撑着林越实现大明复兴、建立全球帝国的宏伟蓝图。
此时的紫禁城，林越站在地图前，目光扫过西南与北方，心中已有了新的规划。北伐满清的时机已经成熟，航海殖民的准备也在紧锣密鼓地进行。大明的旗帜，即将插遍关外的土地，大明的船队，即将扬帆远航，驶向广阔的海洋。日月重光的伟大事业，正在一步步变为现实。