刘表的大儿子刘琦，打心眼里觉得诸葛亮是个了不起的人物，对他特别敬重。可刘表耳根子软，听了后妻的枕边风，一门心思偏爱小儿子刘琮，对刘琦越来越看不顺眼。刘琦心里直发慌，总琢磨着得找个办法保住自己，就好几次想找诸葛亮商量对策。可诸葛亮每次都躲躲闪闪，不愿多说。
有一回，刘琦拉着诸葛亮去自家后花园闲逛，俩人登上一座高楼，正喝着酒、聊着天呢，刘琦突然使了个眼色，让人把楼梯撤走。这下，楼上就他们俩，上不着天、下不着地，说话也不怕别人听见。刘琦赶紧凑过去，眼巴巴地问：“孔明先生，这会儿就咱俩，有啥话都能说，您快给我支支招吧！” 诸葛亮看他实在着急，就点拨道：“您没听说过吗？申生留在国内，最后招来杀身之祸；重耳逃到国外，反而平安无事。” 刘琦一下子就明白了，开始偷偷谋划离开的办法。
正巧，黄祖死了，刘琦抓住这个机会，申请到江夏当太守。没多久，刘表也去世了。刘琮听说曹操带兵打过来，吓得腿都软了，赶紧派人去投降。刘备当时在樊城，听到这个消息，顾不上多想，带着手下的人就往南跑。诸葛亮和徐庶也一路跟着。可曹操的追兵太猛，他们被打得大败。慌乱中，徐庶的老母亲还被曹军抓走了。
徐庶心急如焚，眼含热泪，指着自己的心口，对刘备说：“将军，我本来一心想跟您一起干出一番大事业，就盼着能在这乱世里打出一片天。可现在老母亲被抓，我这心里乱成一团麻，实在没心思再帮您做事了，只能在这儿跟您道别了。” 说完，徐庶转身就投奔曹操去了。
这里得插一段徐庶的故事。徐庶原来叫徐福，出身普通人家，年轻的时候就爱行侠仗义，舞刀弄剑。中平末年，他为了给人报仇，把白灰抹在脸上，披头散发地逃跑，结果还是被官府抓住了。官吏把他绑在车柱子上，敲着鼓在集市上示众，问他叫啥，他愣是一句话不说。后来，还是他的兄弟们瞅准机会，把他救了出来。从那以后，徐庶就像变了个人，扔掉刀剑，穿上普通衣服，开始专心读书学习。
一开始，他去学堂，其他学生听说他以前是个 “混江湖” 的，都不愿跟他来往。徐庶也不气馁，每天早早起床，主动打扫卫生，别人还没想到的事，他都提前做好准备，一门心思钻研学问，把书中的道理琢磨得透透的。慢慢地，他和同郡的石韬成了好朋友。初平年间，中原地区战乱不断，徐庶就和石韬一起南下，跑到荆州避难。在荆州，他又和诸葛亮成了特别要好的朋友。后来荆州归降曹操，诸葛亮跟着刘备离开，徐庶和石韬则去了北方。到了黄初年间，石韬做到了郡守、典农校尉的职位，徐庶也当上了右中郎将、御史中丞。
过了几年，到了大和年间，诸葛亮带兵出陇右，听说徐庶和石韬在曹魏只做了这么小的官，忍不住感叹：“难道魏国真的人才多得用不完吗？为啥这两位有本事的人都得不到重用呢？” 又过了几年，徐庶因病去世，彭城还留着他的墓碑，一直到现在。
话说回来，刘备逃到夏口，已经是火烧眉毛、走投无路了。诸葛亮赶紧站出来，说：“情况太危急了！我得马上去找孙将军求救！” 当时，孙权带着大军驻扎在柴桑，正站在一旁，等着看这场争斗谁输谁赢。
诸葛亮见到孙权，开门见山地说：“将军，如今天下大乱，您在江东起兵，占据一方；刘豫州（刘备）也在汉水以南招兵买马，大家都想跟曹操争一争天下。现在曹操把那些大麻烦都解决得差不多了，又拿下荆州，威名传遍四海。刘豫州英雄无用武之地，这才逃到这儿。我就直说了，您要是觉得能带着江东的人马和曹操对着干，那就早点跟他撕破脸；要是觉得打不过，为啥不放下武器，乖乖投降呢？可您现在表面上好像听曹操的，心里又犹豫不决，事情都这么紧急了还不做决定，大祸马上就要临头了！”
孙权一听，反问：“照你这么说，那刘豫州咋不投降曹操呢？” 诸葛亮立刻挺直腰板，大声说：“田横不过是齐国的一个壮士，都能为了道义，宁死不向刘邦低头，更何况刘豫州可是皇室后代，才华出众，天下的能人都仰慕他，就像水往低处流一样自然。就算大事不成，那也是天意，他怎么可能甘心给曹操当手下呢！”
孙权一下子就被激怒了，猛地站起来，大声说：“我绝不能把江东这么大的地盘，还有十万大军，拱手让人！我主意定了！除了刘豫州，没人能和我一起对抗曹操！可他刚吃了败仗，真能扛得住曹操的进攻吗？”
诸葛亮胸有成竹地说：“刘豫州虽然在长坂坡打了败仗，但现在逃回来的士兵，再加上关羽率领的一万精锐水军，还有刘琦在江夏的一万多士兵，加起来实力不容小觑。曹操的军队，从大老远赶来，早就疲惫不堪了。听说他们追击刘豫州的时候，轻骑兵一天一夜跑了三百多里路，这就好比强弓射出的箭，飞到最后，连最薄的绸缎都穿不透，根本没什么战斗力了。兵法上就忌讳这样，说‘这样做肯定会折损大将’。而且北方人不习惯在水上打仗，荆州百姓投降曹操，也只是被他的兵势逼的，心里根本不服气。现在将军您要是能派猛将带着几万大军，和刘豫州联手，肯定能打败曹操！曹操一败，只能退回北方，到时候荆州和江东的势力就强大起来，三足鼎立的局面也就形成了。成败的关键，就在今天！”
孙权听完，高兴得不行，马上派周瑜、程普、鲁肃带着三万水军，跟着诸葛亮去见刘备，两家联手，一起对抗曹操。
有人说，张子布曾向孙权推荐过诸葛亮，可诸葛亮不愿意留下。别人问他为啥，他说：“孙将军确实是个有本事的主公，但我看他的度量，能赏识我，却不能让我尽情施展才华，所以我不留。” 不过我（裴松之）觉得，袁孝尼写文章，一直很敬重诸葛亮的为人，但他说的这话，可就差得太远了。看看诸葛亮和刘备君臣相遇，那可是千载难逢的缘分，从始至终都坚守情分，谁能离间他们？哪有中途变心、刚遇上就想换主公的道理？就算孙权能让诸葛亮尽情发挥，他难道就会轻易离开刘备吗？诸葛亮的为人，可不是这样的！关羽被曹操抓住后，曹操对他那么好，可关羽还是坚守忠义，不肯背叛刘备，难道诸葛亮还比不上关羽吗？
后来，曹操在赤壁吃了大败仗，只能带着残兵败将撤回邺地。刘备抓住机会，拿下江南地区，还任命诸葛亮为军师中郎将，让他管理零陵、桂阳、长沙三个郡，负责征收赋税，为军队筹备物资。据说，诸葛亮当时就住在临烝。
建安十六年，益州牧刘璋心里直打鼓，派法正跑到刘备这儿，满脸堆笑地请刘备出兵，帮忙收拾张鲁。刘备这边呢，琢磨着这是个机会，可荆州也得有人守着，就把诸葛亮和关羽留下来，镇守荆州大本营。
刘备带着人马到了葭萌，心思一转，觉得与其去打张鲁，不如趁机拿下刘璋的地盘！于是，他调转枪头，回兵攻打刘璋。这边诸葛亮得到消息，立刻和张飞、赵云等人，带着大军逆江而上，一路攻城略地。每到一处，他们就把当地郡县平定下来，就像秋风扫落叶一样，进展十分顺利。最后，几路人马会合，把成都围了个水泄不通。
经过一番苦战，成都终于被拿下了。刘备心里高兴啊，觉得诸葛亮立下了天大的功劳，马上封他做军师将军，还让他管理左将军府的大小事务。从这以后，只要刘备外出打仗，诸葛亮就稳稳地守在成都。他把后勤工作安排得明明白白，让前线的士兵们有充足的粮草，兵力也源源不断得到补充，大伙儿都夸他是刘备的 “大后方管家”。
到了建安二十六年，刘备手下的大臣们坐不住了，纷纷凑到一起，你一言我一语，劝刘备干脆称帝算了。刘备刚开始还有些犹豫，觉得这样不太合适，一直没答应。诸葛亮一看这情况，找了个机会，语重心长地对刘备说：“主公，您还记得吗？以前吴汉、耿弇他们劝光武帝刘秀称帝，刘秀也是再三推辞。后来耿纯急得不行，跟刘秀说：‘天下的英雄们眼巴巴地盼着能有个英明的君主，要是您不答应称帝，这些有本事的人就会各奔东西，另寻明主，没人愿意再跟着您干了。’刘秀听了这话，觉得特别在理，这才点头同意。现在的情况和那时候差不多，曹操家篡夺了汉朝江山，天下没了正统的皇帝。您可是汉室宗亲，这时候站出来称帝，正是顺应民心！跟着您的这些大臣们，辛辛苦苦这么多年，也盼着能像耿纯说的那样，跟着您成就一番大事业啊！”