刘备听了诸葛亮这番话，心里的顾虑一下子就没了，于是痛痛快快地登上了皇位。刘备还专门下了一道诏书，任命诸葛亮为丞相，诏书里言辞恳切：“我这一路走来实在不容易，如今继承了汉室的大统，每天都小心翼翼，不敢有丝毫懈怠。我就盼着能让天下百姓过上安稳日子，可又担心自己做得不够好。哎！丞相诸葛亮，你一定要明白我的心思，好好辅佐我，别让我出啥岔子，帮我重振汉室的荣光，照亮这天下，你可一定要尽心尽力啊！”
诸葛亮当上丞相后，还兼任录尚书事，手里握着代表皇帝的符节，权力可不小。后来张飞不幸去世，诸葛亮又兼任了司隶校尉，把朝廷内外的大小事务都打理得井井有条。
到了晋朝初年，扶风王司马骏镇守关中，他手下的司马高平刘宝、长史荥阳桓隰，还有一帮官员、文人，聚在一起谈论诸葛亮。当时很多人都觉得诸葛亮眼光不行，跟错了主公，还害得蜀地百姓日子过得苦哈哈的。他们说诸葛亮不自量力，蜀国实力那么弱，还总想着干大事。
有个叫郭冲的金城人可不这么认为，他觉得诸葛亮足智多谋，比管仲、晏婴还厉害，只是运气不好，没完成大业，那些批评诸葛亮的人根本不了解实情。郭冲还列举了五件诸葛亮不为人知的事迹，说得有鼻子有眼。刘宝他们听了，也找不出啥话来反驳。扶风王司马骏听了郭冲的话，还一个劲儿地称赞。
不过我（裴松之）觉得，要是真有诸葛亮不为人知的厉害事迹，我肯定也想听。但郭冲说的这几件事，仔细一琢磨，全是漏洞，我得好好说道说道：
第一件事，郭冲说诸葛亮执法太严苛，把老百姓折腾得够呛，不管是当官的还是普通百姓，都在背后抱怨。法正就劝诸葛亮：“当年汉高祖刘邦进了关中，只定了三条简单的法律，老百姓就觉得他特别仁义。现在您靠着武力占据益州，刚打下这片地盘，还没来得及给老百姓好处呢。再说了，您是外来的，刘璋的旧部是本地人，您应该放低姿态，先把刑罚放宽一点，让大家心里舒服些。” 诸葛亮却回答：“你只知其一，不知其二。秦朝就是因为太残暴，法律又严苛，老百姓被逼得活不下去，这才揭竿而起，秦朝一下子就垮了。汉高祖刘邦趁着这个机会，轻松得了天下。可刘璋这人太软弱，从他父亲刘焉那会儿开始，就只知道用小恩小惠拉拢人，法律也不管用，官员们都在这儿拉帮结派，专权跋扈，君臣之间的规矩都没了。你给他们官位，官位给到头了，他们就不把你当回事；你对他们好，好话说尽、好处给完，他们就开始傲慢无礼。益州变成这样，根子就在这儿。我现在用严格的法律约束他们，法律执行下去，他们才知道什么是恩德；用爵位限制他们，爵位加上去，他们才知道荣耀。恩威并施，上下才有规矩，这才是治理国家的关键！”
我觉得这事儿不对劲。法正比刘备去世得还早，郭冲说他劝诸葛亮的时候刘备还在世，这就说不通了。诸葛亮再怎么厉害，也是刘备的臣子，大事还得刘备说了算。刘备活着的时候，诸葛亮又没掌管益州，奖赏、刑罚这些大事，都轮不到他拍板。而且郭冲说诸葛亮回答的那些话，好像功劳全是他一个人的，这不符合臣子的本分。以诸葛亮谦虚谨慎的性格，肯定不会这么干。再说了，也没听说过哪个好官是靠折腾老百姓出名的。
第二件事，郭冲说曹操派了个刺客去见刘备。这刺客特别会忽悠，跟刘备聊讨伐魏国的事儿，说得头头是道，刘备听了直点头，还觉得自己捡到宝了。正聊得热乎呢，诸葛亮进来了，这刺客一看诸葛亮，脸色 “唰” 地就变了，眼神也开始躲躲闪闪。诸葛亮心里一琢磨，就觉得这人不对劲。过了一会儿，刺客说要上厕所，趁机溜了。刘备还挺高兴，跟诸葛亮说：“我刚碰上一个奇才，以后能帮着咱们干大事！” 诸葛亮问人在哪儿，刘备说：“就是刚出去上厕所那人。” 诸葛亮叹了口气说：“我看那人神色慌张，眼神躲闪，一看就心里有鬼，肯定是曹操派来的刺客！” 等人去追，刺客早就翻墙跑了。
我觉得这事儿也不靠谱。一般当刺客的，都是些不要命的狠角色，说干就干，眼睛都不眨一下。刘备可是出了名的会看人，能让他都看走眼，这刺客肯定不是一般人。刘备还说这刺客能帮诸葛亮，那这人的本事肯定跟诸葛亮不相上下。像诸葛亮这样有本事的人，很少会去当刺客，而且曹操也不会轻易把这么厉害的人往死路上送。要是这人真没死，以后在魏国肯定会出名，可为啥从来没听说过有这么个人呢？
章武三年的春天，蜀地的湿寒还未散尽，刘备在永安宫的病榻上已油尽灯枯。他强撑着病体，派人快马加鞭从成都召来诸葛亮。当丞相风尘仆仆跪倒在床前时，刘备颤抖着抓住他的手，眼中是帝王少有的恳切：“孔明啊，你的才干胜过曹丕十倍不止，定能安定国家、成就大业。若嗣子刘禅值得辅佐，你就尽心帮他；若他实在不成器，这天下，你可以自己拿主意。”
诸葛亮听罢，泪水瞬间浸透了胡须，他以头触地叩首道：“臣定当竭尽辅佐之力，用毕生忠诚践行节操，直至生命尽头！”刘备见他如此，又让人取来笔墨，亲笔写下诏书叮嘱后主刘禅：“你以后跟随丞相办事，要像侍奉父亲一样敬重他。”
孙盛评曰：治国需秉持道义，心存诚信顺服，方能辅佐君主成就功业。常言道，下棋的人举棋不定尚且赢不了对手，何况是君主衡量臣子才能时言语含糊，这怎能让强邻信服、统一天下？刘备对诸葛亮说的这番话，实在是乱政之举！世人有说他是想借此巩固托孤的诚意，安抚蜀地人心。但君子认为并非如此：若托付的是忠贤之臣，何须用这般言语试探；若托付的非人，岂不是开启了篡逆的门路？古往今来的帝王临终遗命，必是恳切箴言，从没有用诡诈之辞托孤的道理。幸好刘禅性情懦弱，没有猜忌阴险之心，而诸葛亮的威望谋略足以震慑异端，才让那些不同心思没有机会滋生。否则，恐怕早已生出祸端。说这是权谋之计，岂不是让人困惑吗？
刘备去世后，刘禅继位，改元建兴。当年，刘禅册封诸葛亮为武乡侯，允许他建立丞相府独立处理政务。不久后，又任命他兼任益州牧。从此蜀汉大小政事，事无巨细都由诸葛亮决断。此时南中地区的越巂、益州等郡趁国丧之际纷纷叛乱，诸葛亮考虑到新丧之下不宜动兵，便先派使者前往东吴。使臣带着蜀锦与玉器，以联姻之议重修盟好，吴蜀两国再次结为盟国。
据《诸葛亮集》记载：这一年，曹魏的司徒华歆、司空王朗、尚书令陈群、太史令许芝、谒者仆射诸葛璋等人纷纷写信给诸葛亮，引经据典大谈天命所归，劝他率蜀汉称臣归附。诸葛亮并未回信，而是写下《正议》驳斥道：“从前项羽兴起时不讲仁德，虽占据中原帝王之地，最终却落得烹杀的下场，成为后世永远的警戒。曹魏不知借鉴，如今也步了后尘，能保住自身已是侥幸，只怕灾祸要留给子孙。而你们几位都已年近花甲，却秉承伪朝旨意来信劝降，就像当年陈崇、张竦称颂王莽功德一样，难道是为了逃避杀身之祸才苟且偷生吗？昔日汉世祖刘秀创业时，仅凭数千疲弱之士，就在昆阳郊外击溃王莽四十万大军。可见秉持道义讨伐淫邪，不在兵力多寡。到了曹操，凭借诡诈权谋，率数十万大军到阳平关救张合，最终却势穷力竭，仅能自保逃脱，精锐之师折损惨重，还丢了汉中之地。他深知天下神器不可妄取，回师途中便忧愤成疾而死。曹丕更是荒淫无度，接着就篡夺汉室江山。即便你们巧舌如簧，搬出苏秦张仪般的诡辩之辞，进献驩兜那样的谄媚之语，想要诋毁我蜀汉如同唐尧，讽劝我们放弃大禹、后稷般的基业，也不过是白费笔墨罢了。这等事，正是君子所不齿的。兵书有云：‘万人一心拼死作战，即可横行天下。’从前轩辕黄帝整肃数万士卒，就能制服四方、安定天下，何况我军以数十万正义之师，讨伐有罪之敌，岂是你们能阻挡的？”