真正的考验降临了。“震海号”庞大的舰体在越来越高的涌浪中变成了一个巨大的跷跷板，时而猛地被推上波峰，时而沉重地跌入波谷，海水不时变成绿色的巨墙迎面扑来，猛烈地冲刷着甲板。固定火炮的额外缆绳被绷得紧紧的，发出令人牙酸的声响。舰队中吨位较小的辅助船只和快船，颠簸得更加厉害，如同醉汉般在浪涛中挣扎，不少水兵吐得昏天黑地。一艘“扬威级”快船的主桅副帆帆索在一阵突如其来的狂风中崩断，帆布瞬间被撕裂，如同受伤的鸟翼般疯狂抽打，几名水手冒着被甩下海或被帆布卷走的巨大危险，系着安全绳奋力抢修。更有一艘新舰的底舱报告发现了轻微渗漏，虽然抽水机足以应对，但无疑给所有人敲响了警钟——大海的威力远超想象。
陈大疤和韩冲几乎彻夜未眠，坚守在摇晃剧烈的舰桥上，凭借罗盘和微弱的星光判断方位，不断接收各舰通过灯号传来的报告，及时调整整体航向，试图寻找相对减轻风浪冲击的角度。尽管环境恶劣，但凌风战前反复强调的“恶劣天气是最佳练兵时机”的理念，以及格物局与老水手们共同制定的详细应急预案，此刻发挥了定海神针般的作用。各舰管带临危不乱，依据预案指挥若定，官兵们虽然身体承受着极大考验，内心难免紧张，但并未出现恐慌混乱，各项处置工作有条不紊地进行着。
这场突如其来的风暴持续了整整一天一夜才渐渐平息。当黎明的曙光再次驱散乌云，照亮一片狼藉却依旧保持着基本队形的舰队时，许多人都松了一口气，脸上露出了疲惫却自豪的笑容。经此一役，官兵们对大海的狂暴有了刻骨铭心的体验，应对突发险情的能力和心理素质也得到了极大的锻炼和提升。陈大疤下令舰队就近寻找一处隐蔽的、有天然屏障的锚地进行休整，全面检查舰体结构、维修受损部位、补充消耗的物资，并组织各舰进行详细的战后总结。
就在舰队于锚地休整、检修的第三天，一艘负责外围警戒巡逻的“扬威级”快船带回了几个意外的“客人”——几名衣衫褴褛、面黄肌瘦的落难者。他们是遭遇海盗劫掠、船只被焚毁的一艘福建商船“金福号”的幸存者，抱着木板在海上漂浮了一天多才被救起。据其中一位看似管事的人哭诉，劫掠他们的并非寻常海盗，船只样式类似倭寇常用的“八幡船”，但船体似乎经过加固，船上匪徒装备的火铳也更为精良，行动极其狡诈凶残，杀人越货后迅速向东南方向的陌生海域逃窜。
“东南方向……那片海域岛礁密布，暗流涌动，我们现有的海图标注十分简略，几乎是一片空白。”陈大疤在“震海号”的军官舱室内，指着铺开的海图，眉头紧锁。他立刻召集了韩冲以及几位主要战舰的管带前来商议。
“疤爷，这伙海匪熟悉那片复杂水域，来去如风，恐怕是盘踞已久的地头蛇，利用地形优势作案。”一位经验丰富的管带分析道。
韩冲沉吟片刻，提出建议：“疤叔，我军新锐，士气正旺，正可借此实战机会，检验一下在陌生海域的搜索、追踪、识别和打击能力。若能剿灭此股顽匪，既可为民除害，解救可能被掳的百姓，也能极大彰显我黑石城舰队护卫海疆、维护商路安全的决心与能力，意义重大。”
陈大疤独眼中精光闪动，权衡利弊后，猛地一拍桌子：“好！就拿这伙不知死活的海匪试刀，给我黑石城舰队祭旗！传令：舰队立即结束休整，分为两个特混编队。第一编队由我亲自指挥，以‘震海’、‘镇远’两舰为核心，配属四艘‘扬威级’快船，呈扇形展开，对可疑海域进行拉网式搜索；第二编队由韩将军统率，带领其余主力舰与辅助船只，保护获救的商船幸存者，在后方建立支援阵地，并负责封锁几条主要的可能逃窜路线，务必形成关门打狗之势。各舰提高警惕，加强了望，仔细辨别目标，务必避免误伤可能存在的其他船只！”
一场以剿匪为目标的海上搜索与攻击行动迅速展开。黑石城舰队庞大的身躯在平静下来的海面上显得格外醒目，如同移动的山峦。各舰利用其高度优势，了望哨配备望远镜轮班值守，不放过任何一丝可疑的踪迹。几艘快船则凭借其机动性，如同猎犬般穿梭于星罗棋布的岛礁之间，探查那些大型战舰无法进入的水道。
功夫不负有心人。两天后，一艘前出侦察的快船发回灯号信号：在西南方向约四十里处，一座无名岛屿的隐蔽湾澳内，发现有多艘船只桅杆，形迹可疑，与幸存者描述的船型有相似之处！陈大疤闻讯，立即下令第一编队进入最高战备状态，各舰炮窗护板缓缓升起，黑洞洞的炮口指向目标区域，炮弹上膛，引信待发。舰队以战斗队形，悄然向目标岛屿合围。
当黑石城舰队那如同海上城堡般的庞大身影，赫然出现在湾澳狭窄的出口处时，岛上的海匪顿时乱作一团。他们试图驾驶船只强行冲出湾澳，但狭窄的水道和黑石城舰队严密的封锁使得突围难如登天。陈大疤下令进行警告性射击，“震海号”一门副炮发出怒吼，一枚实心弹准确地落在企图冲在最前面的匪船前方不足十丈处，激起冲天水柱。
与此同时，信号旗迅速升起：“勒令尔等立即停船，降帆投降！释放所有被掳人员，交出武器！若负隅顽抗，格杀勿论！”
面对绝对优势的火力、严整的战斗阵型以及完全被封锁的退路，湾澳内的海匪们自知抵抗只有死路一条。经过短暂的混乱和内部争执后，几艘匪船相继升起了白旗，表示投降。黑石城水兵组成武装小队，乘小艇登船检查，果然在船舱内发现了部分被劫掠的丝绸、瓷器等财物，以及十余名被捆绑关押的“金福号”船员。经过对匪首的初步分开审讯得知，这伙海匪确实与倭寇有千丝万缕的联系，但其成员复杂，近期也曾劫掠过西班牙的零星补给船，属于在东海至南海北部流窜、唯利是图的职业海盗团伙。