“轰！轰！”导弹如同密集的铁雨，砸在废墟之上，烟尘瞬间吞没了半座城市。几乎同时，NERV总部的mAGI系统警报疯狂响起，屏幕上跳动着刺眼的入侵提示。没有了赤木律子的技术拦截，敌方的攻击如同无人之境，mAGI的防御屏障迅速崩溃，系统权限被彻底夺走。
“隔离门失控！权限已被篡改！”操作员的嘶吼声在指挥室里回荡。下一秒，监控画面便传来令人绝望的景象：SEELE直属的战略自卫队武装部队，正以整齐的阵型突入总部入口，装甲车的履带碾过通道，枪口对准了每一个NERV成员。
他们的任务简单而残酷——赶尽杀绝，尤其是EVA适格者。SEELE早已放弃依靠碇源堂，选择用武力攻占NERV，夺取mAGI与EVA，亲手启动“人类补完计划”。这场人类内战，没有使徒的庞然身躯，却有着更甚的高效与冷酷，子弹划过空气的声音，比使徒的咆哮更让人窒息。
指挥室里，碇源堂看着屏幕上混乱的战局，手指轻轻敲击着控制台，眼底没有慌乱，只有一丝复杂的感叹：“果然，最后的敌人，终究是人类自己。”
地表传来剧烈的爆炸声，防御装甲被N2地雷炸得粉碎，阳光第一次穿透废墟，直直照进地下的NERV总部——可这光芒带来的不是希望，而是紧随其后的导弹洪流。
“轰！轰！”爆炸声接连不断，通道震颤，碎石簌簌落下，每一声巨响都在提醒所有人：这里已彻底沦为战场，死亡正顺着走廊蔓延。
血腥味逐渐弥漫，取代了原本的消毒水气息。科研人员、维护工，甚至手无缚鸡之力的老人与孩子，都倒在了战略自卫队的枪口下。士兵们举着冲锋枪扫射，喷火器的火焰吞噬着躲避的身影，哪怕有人举起双手投降，得到的依旧是冰冷的子弹——SEELE的命令里，没有“俘虏”二字。
葛城美里攥着枪，在混乱中找到碇真嗣与明日香时，两人正朝着格纳库的方向奔跑。“原来的路线被封锁了！跟我走备用通道！”她话音刚落，通道另一端便传来沉重的脚步声，全副武装的士兵列队出现，冲锋枪的枪口瞬间对准三人。
“发现第二适格者、第三适格者。”为首的士兵对着对讲机汇报，语气没有丝毫波澜，“抱歉，这就是战争，哪怕是小孩，也必须杀。”
明日香的身体不自觉地发抖，却用力攥紧碇真嗣的手，强撑着不让自己露出怯色。
葛城美里立刻掏出手枪，可士兵的扳机比她更快——就在子弹即将射出的瞬间，碇真嗣周身突然亮起金色的At立场！子弹撞在立场上，尽数被弹开。他眼神一冷，挥手间，被弹开的子弹如同被操控般，精准洞穿士兵们的手与腿，让他们失去战斗力。
“真嗣！”葛城美里突然出声阻止，她举起手枪，对准倒在地上哀嚎的士兵，“这种脏活，不需要你动手。让我这个‘肮脏的大人’来做就好。”话音落下，枪声响起，士兵们的哀嚎戛然而止。
葛城美里放下枪，深吸一口气，看向两人：“没时间犹豫了，快走！”
……
At立场撑开淡金色的屏障，将远处传来的爆炸冲击稳稳隔断。御神言看着窗外不断升腾的硝烟，皱眉感叹：“这里已经不适合养伤了。”
一旁的渚薰刚刚苏醒，脸色还有些苍白，却立刻抓住重点：“现在该怎么办？我想救真嗣。”
“想救他，我们需要更强的力量。”御神言语气笃定。
渚薰瞬间明白：“你是说用EVA放大At立场？可哪里还有多余的EVA？”
“关于这点，我早有准备。”御神言话音刚落，一旁的加持良治便耸耸肩：“事到如今，NERV的烂摊子我插不上手，该准备跑路了。”
“别急着走。”御神言叫住他，“还需要你开车送我们一程——接下来的硬仗要保存体力，而且目的地很安全。放心，葛城美里我会救，她现在应该跟着真嗣，暂时不会有事。”
加持良治抓了抓头发，无奈妥协：“行吧，你们要去哪？”
御神言抬眼看向远处的废墟轮廓，声音清晰：“去你老同学现在待的实验室。”
……
剧烈的爆炸冲击席卷通道，碇真嗣周身的金色At立场瞬间展开，如同坚实的屏障，将炽热的气浪与碎石尽数隔断。
通往格纳库的道路早已被SEELE的战略自卫队彻底占据，每一步都伴随着枪林弹雨——At立场不断弹开呼啸的子弹、拦截轰鸣的导弹，甚至将飞来的手雷提前引爆，三人在火光与硝烟中一路厮杀，脚下踏着敌人的残骸，终于抵达格纳库大门前。
此刻的格纳库已被完全镇压，士兵们手持武器巡逻，初号机与二号机的机身被粘稠的树脂倒灌包裹，牢牢封锁在支架上。
可随着碇真嗣的靠近，初号机突然发出低沉的嗡鸣，周身光芒暴涨，树脂如同冰块般碎裂剥落！它猛地睁开猩红的眼眸，手臂一挥便将周围的士兵尽数驱散，随后俯身，用利爪撕开束缚二号机的树脂，将同伴解放出来。
早已换上作战服的明日香与碇真嗣迅速登上机体，驾驶舱内的神经连接同步完成。“初号机、二号机，出击！”两人异口同声，两台EVA迈着沉重的步伐，冲破格纳库的顶棚，朝着总部内的敌人发起反击。
而指挥室里，战斗同样惨烈。士兵们破门而入，指挥员们手握武器退守高处，凭借地形勉强抵抗，子弹在墙壁上留下密密麻麻的弹孔，鲜血染红了控制台。
无人察觉，碇源堂与冬月早已借着混乱离开，他们穿过秘密通道，前往启动那独属于碇源堂的、真正的“人类补完计划”。